Comparaison à trois dimensions de prévision de structure de protéine

Identification de pli de protéine utilisant des profils de l'ordre 1d et 3d ajoutés à la structure secondaire et à l'information de potentiel de solvatisation. - [Lu plus de 3D-pssm]

BioInfo3D est une collection d'outils pour l'analyse structurale des protéines, y compris des outils pour des cadrages structuraux et la prévision des interactions de protéine. - [Lu plus de BioInfo3D]

BSDD (écran-clavier de segment de biomolécules) recherche et affiche des motifs définis pour l'utilisateur d'ordre en structures connues de protéine. Cet outil basé sur le WEB incorpore le logiciel graphique de RASMOL pour la visualisation. - [Lu plus de BSDD]

CaspR est un outil de Web pour établir les modèles structuraux pour des ordres de protéine utilisant la modélisation moléculaire de remplacement et d'homologie. Le logiciel met en application une approche automatisée qui emploie T-COFFEE pour produire des cadrages, MODÉLISEUR pour produire des modèles d'homologie, et - [lu plus de CaspR]

Base de données de classification automatisée de structure de protéine selon la classe (c), l'architecture (a), la topologie (t) et le superfamily homologue (h). - [Lu plus de cathédrale]

Un serveur multiple de cadrage de structure de protéine qui crée un tout-à-tout par paires cadrage utilisant un programme combinatoire d'extension et puis suivre des méthodes d'optimisation de Monte Carlo conduit une optimisation globale itérative. Des résultats sont formatés utilisant JO - [lu plus de CE-MC]

ClusPro est un outil pour calculer automatiquement l'amarrage de deux structures de protéine fournies par l'utilisateur (ou comme IDs d'APB). Le positionnement de résultat est une liste rangée de complexes putatifs, commandée en groupant des propriétés. - [Lu plus de ClusPro]

COLORADO-3D te permet de colorer vos structures de protéine pour indiquer la présence des erreurs potentielles dans la structure de protéine (détectée par ANOLEA, PROSAII, S'AVÉRER ou VERIFY3D), les résidus enterrés, et l'économie d'ordre. Le serveur renvoie un fichier APB-formaté - [lu plus de COLORADO-3D]

Calcule des cadrages structuraux entre deux chaînes de protéine ; ou entre de la banque de données à chaîne unique et entière de protéine. - [Extension plus combinatoire lue du chemin optimal]

Le serveur de consensus aligne un ordre sur un descripteur structural utilisant un consensus de 5 méthodes différentes de cadrage. Une mesure de fiabilité est produite pour chaque position de cadrage afin de prévoir la convenance des régions pour la modélisation comparative. - [Indiqué plus de serveur de consensus]

ConSeq est un outil pour prévoir fonctionellement et structurellement les résidus importants d'acide aminé dans des ordres de protéine. Les prévisions sont basées sur les suppositions que les résidus d'importance fonctionnelle sont souvent économisés et dissolvant-accessibles, et ceux de - [lu plus de ConSeq]

Le serveur de ConSurf permet à on de tracer des niveaux de protéine connue d'économie d'acide aminé structure des zones d'étude d'importance fonctionnelle potentielle sur la surface de la protéine. Un fichier d'APB est exigé comme entrée, et un ordre multiple alignmen - [lu plus de ConSurf]

ElNemo (le modèle de réseau élastique) est un outil pour prévoir les mouvements possibles (IE. modifications conformationnelles et d'autres changements structurels) des macromolécules. Cet outil permet à des utilisateurs de calculer, visualiser, et analyser "copies normale" de basse fréquence d'un prot - [lu plus d'ElNemo]

FATCAT fournit les moyens de comparer deux structures de protéine d'APB-format, ou de rechercher des structures semblables à une structure donnée d'APB. L'utilisateur peut fournir une identification d'APB ou télécharger un fichier de structure. Le web server de FATCAT utilise le cadrage flexible de structure - [lu plus de FATCAT]

FoldMiner aligne une structure écrite par l'utilisateur ou identifiée de requête sur une base de données des cibles simples de domaine pour découvrir les voisins structuraux et les motifs caractéristiques. Des structures de requête peuvent également être alignées sur un ou plusieurs structures personnalisées par l'utilisateur utilisant le LOC - [lu plus de FoldMiner et de SERRURE 2]

le serveur d'iMOT (motif de interaction) est conçu pour rechercher des motifs dans l'espace de interaction parmi des protéines partageant les structures à trois dimensions semblables. - [Lu plus d'iMOT]

Programme pour afficher l'information 3D structurale en cadrage multiple d'ordre. - [Lu plus de JOIE]

Homologie ou modélisation comparative des structures de la protéine 3D. - [Lu plus de modéliseur]

Excellent cours d'instruction à commande manuelle de Suisse-PdbViewer/profondément de vue ; un obligatoire avant d'essayer d'utiliser le Suisse-PdbViewer. - [Modélisation plus moléculaire lue pour des débutants]

Le serveur qui permet à des utilisateurs de convertir des fichiers d'APB en PQR classe en ajoutant les atomes manquants, optimalisant l'hydrogène collant et assignant des paramètres atomiques de charge et de rayon. Le fichier en résultant de PQR peut être utilisé pour les calculs électrostatiques qui peuvent donner la perspicacité - [indiqué plus de serveur de PDB2PQR]

PDBSiteScan prend un fichier d'APB comme entrée, et recherche les allumettes stuctural avec l'ensemble de PDBSite de sites fonctionnels connus. - [Lu plus de PDBSiteScan]

PepBuild est un outil qui facilite la construction, de l'ordre connu et des structures secondaires/tertiaires, des protéines couvertes ou débouchées. La sortie produite est dans le format d'APB. - [Lu plus de PepBuild]

Persistance de la vision Raytracer ; utilisation en même temps que le Suisse-PdbViewer de créer des graphiques pour la présentation et la publication. - [Lu plus de POV-Rayon]

ProteinDBS prend une identification d'APB ou une structure comme entrée, et recherche les structures tertiaires de protéine semblable utilisant des techniques de visualisation d'ordinateur. La superposition des structures et du composant aligné de l'ordre peut alors être visualisée au-dessus du Web. - [Lu plus de ProteinDBS]

ProteMiner-SSM recherche l'APB des protéines avec les sous-structures tertiaires semblables à une spécifiques par l'utilisateur. Un procédé de filtration est employé pour accélérer de manière significative l'analyse. - [Indiqué plus de ProteMiner-SSM]

le pvSOAR prend une identification d'APB ou un fichier de structure comme entrée, et recherche d'autres protéines avec les régions extérieures qui sont semblables à la structure de requête. - [Lu plus de pvSOAR]

Le serveur de Robetta fournit la lecture d'alanine d'outils et d'interface de prévision de structure de protéine. La prévision de structure est accomplie par le comparatif modelant ou la méthode de mise en place de fragment de de novo Rosetta. La lecture d'alanine d'interface est emplo - [lu plus de Robetta]

SA-Recherchez est un outil qui convertit d'abord un fichier de structure d'APB en représentation unidimensionnelle utilisant un alphabet structural, et puis recherche des similitudes suivre des méthodes standard pour le cadrage d'ordre. - [Lu plus SA-Recherchez]

SCit est un ensemble d'outils facilitant l'analyse et l'édition des conformations de chaîne latérale de protéine. Utilisant un fichier d'APB comme entrée, les outils permettent à l'utilisateur d'effectuer des tâches telles que la liste et/ou modifiante les valeurs des angles dièdre, mentionnant le structurall - [lu plus de SCit]

Classification structurale des protéines - base de données créée par une combinaison d'inspection manuelle et de méthodes automatisées. - [Lu plus de SCOP]