Outils de Bioinformatic de Microarray

La base de données de l'information de clone d'alignement (ACIDE) est une ressource rechercheable pour des informations sur l'humain, la souris, et les clones de cDNA de rat. Chaque clone contient les informations sur les batteries assignées d'UniGene, emplacement dans la transcription intégrale, assignée le gène Ontario - [lu plus d'ACIDE]

Permet la corrélation des résultats d'alignement de GeneChip avec la conception d'alignement et l'information d'annotation ; permet d'accéder à l'information de contenu d'alignement, y compris des ordres de sonde et des annotations de gène ; l'enregistrement libre est exigé. - [Lu plus de centre d'analyse d'Affymetrix NetAffx]

Le dépôt public pour le microarray a basé des données d'expression de gène ; contient plusieurs ensembles de données curated d'expression de gène. - [Lu plus d'ArrayExpress]

ArrayPipe permet à des utilisateurs de personnaliser une canalisation de traitement pour l'analyse des données de microarray. Inclut des méthodes pour l'estimation de qualité des glissières, de la visualisation de données, de la normalisation, et de la détection des gènes différentiel exprimés. La sortie se compose du repor - [lu plus d'ArrayPipe]

ArrayProspector est un ensemble d'associations fonctionnelles prévues entre les gènes qui ont été impliqués des données d'expression de microarray de la base de données de Microarray de Standford. Les utilisateurs peuvent rechercher des gènes joints pour questionner ou des liens entre deux gènes. - [Lu plus d'ArrayProspector]

ArrayXPath est un service basé sur le WEB pour des profils assortis de gène-expression de microarray avec des voies biologiques connues. L'entrée est un profil groupé de gène-expression dans une mise en forme de texte onglet-délimitée. La sortie inclut des diagrammes de voie. - [Lu plus d'ArrayXPath]

Analyse bayésienne des niveaux d'expression de gène (BAGEL). Ce logiciel a été utilisé pour de nombreuses études en avant, y compris deux édités dans la Science, et deux édités dans PNAS. Jeffrey Townsend. - [Analyse plus bayésienne lue de niveaux d'expression de gène (BAGEL)]

Traitez en lots l'extraction et l'analyse des régions cis-De normalisation (BEARR) prend une liste d'identificateurs de gène (tels que des IDs de RefSeq et d'Unigene), de configurations de consensus, et (sur option) d'une matrice de poids de position comme entrée et retours une liste d'allumettes pour les configurations dans le bot - [lu plus de BEARR]

Bioconductor est une source ouverte et un projet de logiciel ouvert de développement qui vise à permettre d'accéder à un éventail de méthodes statistiques et graphiques puissantes pour l'analyse des données genomic. - [Lu plus de Bioconductor]

Serveur qui balaye d'amont des gènes dans la même batterie d'expression de gène pour des motifs de normalisation d'ordre utilisant une stratégie de prélèvement de Gibbs. Le modèle de fond de Markov est utilisé pour des bases de non-motif, améliorant la spécificité des emplacements prévus de motif. - [Lu plus de BioProspector]

Le MGuide (version 2.0). Les laboratoires de Brown terminent le guide de microarraying pour le biologiste moléculaire. - [Lu plus construction votre propre arrayer]

L'information, disponibilités et expertise de contact des centres canadiens de microarray ; inclut les laboratoires qui assurent le cDNA ou les alignements repérés par oligonucléotide et d'autres services, et les laboratoires qui peuvent analyser ARN avec Affymetrix ébrèche. - [Ressources plus canadiennes lues de Microarray]

Serveur qui analyse le microarray et les données d'ordre d'instigateur liés à une réponse à un stimulus spécifique. Après analyse un réseau de normalisation transcriptional potentiel est créé. CARRIE détermine également quels facteurs de transcription étaient invol probable - [lu plus de CARRIE]

Le centre pour la base de données d'expression de gène de biologie de l'information (CIBEX) est un dépôt public pour des données expérimentales d'expression de gène. Le système de base de données est conforme avec la norme de MIAME. - [Lu plus de CIBEX]

Le serveur qui essaye d'identifier tous les motifs a associé aux gènes prévus aux éléments de normalisation de part. Il modifie le prélèvement de Gibbs en polarisant des recherches vers des ordres économisés à travers des espèces multiples. - [Lu plus de CompareProspector]

Le détecteur économisé d'accepteur de facteur de transcription (CONFAC) prend une liste de noms humains et d'identificateurs de gène comme entrée, et les compare à leurs orthologues de souris pour identifier les accepteurs économisés de facteur de transcription. Les informations supplémentaires de t - [lu plus de CONFAC]

Ce site Web contient le logiciel d'analyse de microarray (Argus et Z-regroupement), une base de données endothéliale d'expression de cellules, et d'autres ressources liées à la recherche vasculaire d'endothélium. Voyez les abrégés sur PubMed pour plus d'information. - [Lu plus de programmes Transcriptional de définition dans l'endothélium vasculaire]

Doelan est un outil conçu pour surveiller la qualité de la production de microarray d'ADN. - [Lu plus de Doelan]

Le profileur d'expression est une plate-forme basée sur le WEB pour l'analyse de données de microarray développée à l'EBI. Cette ressource est intégrée avec la base de données d'ArrayExpress, un dépôt public pour des données de microarray. - [Indiqué plus de profileur d'expression]

L'analyseur de données d'expression de gène (GEDA) est un outil pour découvrir l'expression de gène différentielle dans un sous-ensemble de patients. Il est conçu en fonction des études cancer-connexes de microarray et offre des options étendues pour la visualisation, la classification et la normalisation. - [Lu plus d'analyseur de données d'expression de gène]

GenMAPP (profileur de voie de MicroArray de gène) est un outil de visualisation de données d'expression de microarray, permettant à des données d'être visualisées sur des cartes représentant des groupements de gène et des voies biologiques. - [Lu plus de GenMAPP]

Gisement de données d'alignement d'expression et d'hybridation de gène ; ressource en ligne pour la recherche des données d'expression de gène de toute organization ou source artificielle. - [Lu plus de GEO - Omnibus d'expression de gène]

La suite d'analyse de configuration d'expression de gène (GEPAS) est une collection d'outils pour l'analyse des données de microarray comprenant le prétraitement de données, groupant, comparaison d'échantillon, exploitation de données basée en fonction VONT des limites (FatiGO), et annnotation. Également inclus sont des outils - [lu plus de GEPAS]

Le découvreur intégré fonctionnel de génome (GFINDer) prend une liste d'IDs de gène/clone avec l'information de classification comme entrée, et permet à l'utilisateur de caractériser les différentes classes de gène dans la liste utilisant des annotations de divers types de plusieurs différents - [lu plus de GFINDer]

Le lexique automatisé par Ontology de gène (BUT) est un outil pour l'analyse fonctionnelle des données de la SAUGE et des expériences de microarray. Des termes d'Ontology de gène sont utilisés comme base pour l'analyse statistique. - [Lu plus de BUT]

GoMiner organise et permet la visualisation de grands ensembles de gènes basés sur des classifications d'Ontology de gène. - [Lu plus de GoMiner]

GoSurfer est un outil pour visualiser et comparer des positionnements de gène en les traçant sur l'information d'Ontology de gène (ALLEZ) sous forme d'arbre hiérarchique. Il est utile pour étudier les résultats des analyses de microarray ou des calculs génome-larges. - [Lu plus de GoSurfer]

Logiciel pour l'analyse d'image de microarray. - [Lu plus de GridGrinder]

Le KARMA (gestionnaire et annotateur d'alignement de Keck) vous permet comparent et annotent vos propres microarrays contre d'autres alignements disponibles. La comparaison des alignements peut être réalisée dans les mêmes espèces comme à travers des espèces (la comparaison d'alignement est basée sur UniGene Clu - [lu plus de KARMA]

MatchMiner est un outil pour comparer et convertir des identificateurs de gène. Les utilisateurs peuvent traduire simple ou des listes d'identificateurs d'une forme à l'autre, ou comparez deux listes d'identificateurs pour des références communes de gène. - [Lu plus de MatchMiner]