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| POINTS CULMINANTS - http://acmes.rnet.missouri.edu/ Les POINTS CULMINANTS (engine assortie contente avancée pour des ordres) est un serveur qui peut être utilisé pour rechercher des répétitions courtes (entre 3 et 10 000 bases) à travers des espèces multiples. Les utilisateurs peuvent limiter des résultats d'une recherche par des recherches par mot-clé. - [Lu plus de POINTS CULMINANTS] |
| AlignACE - http://arep.med.harvard.edu/mrnadata/mrnasoft.html Aligne les éléments économisés d'acide nucléique ; emploie la reconnaissance des structures pour trouver des éléments économisés dans un ensemble d'ordres d'ADN ; libérez pour l'usage non-commercial avec l'accord de licence. - [Lu plus d'AlignACE] |
| BEARR - http://giscompute.gis.a-star.edu.sg/~vega/BEARR1.0/ Traitez en lots l'extraction et l'analyse des régions cis-De normalisation (BEARR) prend une liste d'identificateurs de gène (tels que des IDs de RefSeq et d'Unigene), de configurations de consensus, et (sur option) d'une matrice de poids de position comme entrée et retours une liste d'allumettes pour les configurations dans le bot - [lu plus de BEARR] |
| BioMart - http://www.ebi.ac.uk/biomart/ BioMart est un système interactif d'intégration de données facilitant des requêtes de grande puissance de données. Il peut être installé intérieurement et utilisé, ou avec un des points d'émission de données existants auxquels est a été déjà appliqué (IE. UniProt, Ensembl). - [Lu plus de BioMart] |
| BioProspector - http://robotics.stanford.edu/~xsliu/BioProspector/ Serveur qui balaye d'amont des gènes dans la même batterie d'expression de gène pour des motifs de normalisation d'ordre utilisant une stratégie de prélèvement de Gibbs. Le modèle de fond de Markov est utilisé pour des bases de non-motif, améliorant la spécificité des emplacements prévus de motif. - [Lu plus de BioProspector] |
| Base de données d'utilisation de codon - http://www.kazusa.or.jp/codon/ Teneur en CHROMATOGRAPHIE GAZEUSE de trouvaille et fréquence d'utilisation de codon pour toute organization qui a un ordre dans GenBank. - [Lu plus de base de données d'utilisation de codon] |
| CompareProspector - http://compareprospector.stanford.edu/ Le serveur qui essaye d'identifier tous les motifs a associé aux gènes prévus aux éléments de normalisation de part. Il modifie le prélèvement de Gibbs en polarisant des recherches vers des ordres économisés à travers des espèces multiples. - [Lu plus de CompareProspector] |
| Consite - http://www.phylofoot.org/consite/ Détectez les accepteurs de facteur de transcription dans des ordres genomic utilisant l'empreinte phylogénétique et les profils obligatoires expérimental-confirmés. - [Lu plus de Consite] |
| CRÈME - http://creme.dcode.org/ La CRÈME (explorateur Cis-De normalisation de module pour le génome humain) est un outil pour identifier et visualiser les modules cis-de normalisation pour un ensemble donné de gènes qui Co-sont potentiellement exprimés ou Co-réglés. Elle prend comme entrée une liste de numéros de référence, et Re - [lu plus de CRÈME] |
| Base de données d'empreinte de pas de la DNase I de drosophile - http://www.flyreg.org/ Base de données des accepteurs de facteur de transcription créés du curation de littérature et de l'annotation systématiques de génome des empreintes de pas de la DNase I pour la drosophile. - [Lu plus de base de données d'empreinte de pas de DNase I de drosophile] |
| eBioinformatics - http://www.ebioinformatics.org/ Ce site fournit plusieurs outils logiciels de bio-informatique emballés ensemble pour l'installation facile sur des ordinateurs de MacOSX. Le logiciel inclut des outils de NCBI, LES GRAVE EN REFIEF, ClustalW, Staden, T-Café et Primer3. - [Lu plus d'eBioinformatics] |
| GRAVEZ - http://cbrmain.cbr.nrc.ca/EMBOSS/ en refief Suite diverse des outils pour l'analyse d'ordre ; beaucoup de programmes analogues à GCG ; aide sensible au contexte pour chaque outil. - [Lu plus GRAVEZ EN REFIEF] |
| Eponine - http://www.sanger.ac.uk/Users/td2/eponine/ Eponine est une méthode probabiliste pour détecter des sites de début de transcription (SOLIDES SOLUBLES TOTAUX) dans l'ordre genomic mammifère, avec la bonne spécificité et l'excellente exactitude de position. - [Lu plus d'Eponine] |
| VENTILATEUR - http://bioinf.man.ac.uk/cgi-bin/neil/ntfront.pl Ordres de nucléotide de recherches de VENTILATEUR (analyse d'empreinte digitale des ordres de nucléotide) contre la base de données d'IMPRESSION, une collection d'empreintes digitales de protéine employées pour assigner des ordres non caractérisés aux familles connues et par conséquent pour impliquer des fonctions expérimentales. - [Lu plus de VENTILATEUR] |
| FirstEF - http://rulai.cshl.org/tools/FirstEF/ Le premier détecteur d'Exon (FirstEF) est ' programme terminal de prévision de l'exon des 5 et de l'instigateur. Il se compose de différentes fonctions discriminantes structurées comme arbre de décision. - [Lu plus de FirstEF] |
| GCUA : Analyseur graphique d'utilisation de codon - http://gcua.schoedl.de Représentation graphique de polarisation de codon - [lu plus de GCUA : Analyseur graphique d'utilisation de codon] |
| Échantillonneur de motif de Gibbs - http://bayesweb.wadsworth.org/gibbs/gibbs.html Cet outil te permet d'identifier des motifs ou des régions économisées dans la protéine ou les ordres d'ADN. - [Lu plus d'échantillonneur de motif de Gibbs] |
| Moissonneuse - http://harvester.embl.de/ La moissonneuse fournit à accès rapide aux bases de données et aux serveurs bioinformatic publics pour les protéines humaines. Des résultats sont retournés comme HTML page simple qui contient la sortie cachée et réticulée des bases de données/des serveurs suivants : Uniprot/SWISSprot, ensEMBL, - [lu plus de moissonneuse] |
| Groupe de bio-informatique d'IBM et de découverte de configuration - http://cbcsrv.watson.ibm.com/Tspd.html Serveur étendu possédant un éventail d'outils pour la découverte de configuration dans des ordres d'ADN et de protéine aussi bien qu'en le texte. Les outils pour le cadrage multiple d'ordre, la découverte de gène, l'annotation de protéine, et d'autres applications existent également sur ce serveur. Un détail - [lu plus de groupe de bio-informatique d'IBM et de découverte de configuration] |
| IslandPath - http://www.pathogenomics.sfu.ca/islandpath/ IslandPath facilite la détection genomic d'île dans des seqeunces procaryotiques de génome, utilisant des dispositifs tels que la polarisation de dinucléotide, G+C, emplacement des gènes de tRNA, annotations des gènes de mobilité, îles etc. Genomic sont définis ici en tant que régions genomic de horizonta potentiel - [lu plus d'IslandPath] |
| IsoFinder - http://bioinfo2.ugr.es/IsoF/isofinder.html IsoFinder est un outil pour la prévision des isochores pour un ordre écrit par l'utilisateur. - [Lu plus d'IsoFinder] |
| JASPAR - http://jaspar.cgb.ki.se/cgi-bin/jaspar_db.pl JASPAR est une collection non-redundant et curated de profils obligatoires de facteur de transcription. Chaque profil est produit des accepteurs édités et expérimentalement définis de facteur eucaryotique de transcription. - [Lu plus de JASPAR] |
| LowComplexity - http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/programs/low_complexity/ LowComplexity est un outil qui recherche de basses régions de complexité des ordres d'ADN ou de protéine. Utilisant LowComplexity vous pouvez rechercher de longs ordres (chromosomes, génomes) ou un ensemble d'ordres alignés. Cette ressource contient également des liens à d'autres algorithmes f - [lu plus de LowComplexity] |
| MartView - http://www.ensembl.org/Multi/martview Le navigateur de génome d'Ensembl EnsMart (MartView) est un outil pour l'exploitation d'extraction de données et de données qui intègre des données d'Ensembl. Par l'interface de Web MartView te permet d'appliquer une série de filtres pour créer les ensembles de données faits sur commande qui peuvent être convertis en s - [lu plus de MartView] |
| MaskerAid - http://blast.wustl.edu/maskeraid/ MaskerAid est un perfectionnement à RepeatMasker qui peut effectuer environ une augmentation de 30 fois de la vitesse de RepeatMasker tout en mettant à jour la sensibilité. - [Lu plus de MaskerAid] |
| MatInspector - http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html#matinspector Recherche des accepteurs de facteur potentiel de transcription dans vos propres ordres utilisant des matrices de TRANSFAC ; libérez pour l'usage non-commercial. - [Lu plus de MatInspector] |
| McPromoter - http://genes.mit.edu/McPromoter.html Les statistiques d'utilisations de serveur de prévision d'instigateur de chaîne de Markov (McPromoter) pour prévoir les sites eucaryotiques de début de transcription d'ADN. - [Lu plus de McPromoter] |
| MDscan - http://robotics.stanford.edu/~xsliu/MDscan/ Le serveur a conçu pour indiquer exactement des sites de l'interaction protéine-ADN aux paires de base de niveau. Les utilisations Puce-rangent des données, l'énumération de mot et la matrice position-spécifique de poids mettant à jour pour rechercher des motifs représentant ces sites d'interaction. - [Lu plus de MDscan] |
| MEME - http://meme.sdsc.edu/meme/website/meme.html Analyse un ensemble d'ordres d'ADN ou de protéine pour des similitudes parmi elles et produit une description (motif) pour chaque configuration qu'elle découvre. - [Lu plus de MEME] |
| Méta-MEME - http://metameme.sdsc.edu/ Crée le modèle caché de Markov du motif de la sortie de MEME et recherche la base de données d'ordre des allumettes à ce motif. - [Lu plus de Méta-MEME] |
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