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Outils et logiciel de bio-informatique de reconstruction de phylogénie en ligne.
| CIPRes - http://www.phylo.org/ Le Cyberinfrastructure pour que les objectifs phylogénétiques de projet de recherches (CIPRes) développent une infrastructure de calcul pour la systématique. D'autres buts du projet incluent fournir une ressource centrale permettant la systématique et l'éducation et le traini de calcul - [lu plus de CIPRes] |
| Base de données d'utilisation de codon - http://www.kazusa.or.jp/codon/ Teneur en CHROMATOGRAPHIE GAZEUSE de trouvaille et fréquence d'utilisation de codon pour toute organization qui a un ordre dans GenBank. - [Lu plus de base de données d'utilisation de codon] |
| Site de Joes - programmes de phylogénie - http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html Liste complète de modules de phylogénie, compilée par Joe Felsenstein, créateur de Phylip. - [Lu plus de site de Joes - programmes de phylogénie] |
| MÉGA - http://www.megasoftware.net/ Le MÉGA (analyse évolutionnaire moléculaire de la génétique) est un progiciel pour l'analyse phylogénétique avec une interface utilisateur graphique. Il laisse visualiser et éditer des données alignées d'ordre d'entrée et fournit beaucoup d'outils pour l'ana phylogénétique et statistique - [lu plus de MÉGA] |
| Mesquite - http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html La mesquite est un projet de logiciel libre conçu pour traiter des données comparatives au sujet des organizations et des analyses évolutionnaires. La mesquite contient des modules pour l'analyse phylogénétique, la génétique de population, et l'analyse multivariée non-phylogénétique. - [Lu plus de mesquite] |
| Base de données de taxonomie de NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy Classification taxonomique de toutes les organizations avec des ordres dans GenBank. - [Lu plus de base de données de taxonomie de NCBI] |
| NJplot - http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html NJplot est un outil pour visualiser les arbres binaires tels que les arbres phylogénétiques sortis des programmes de PHYLIP. Availiable pour plusieurs plates-formes comprenant Windows, le MaOS, le Linux et les Solaris. - [Lu plus de NJplot] |
| Service de recherche d'Orthologue - http://dove.embl-heidelberg.de/Blast2e/ SOUFFLEZ un ordre de protéine puis exécutez l'analyse phylogénétique automatisée pour détecter des ordres orthologous. - [Lu plus de service de recherche d'Orthologue] |
| PHYLIP - http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html Ensemble complet de programmes pour des analyses phylogénétiques ; disponible pour le PC et le Mac ; code source disponible pour la compilation facile à UNIX. - [Lu plus de PHYLIP] |
| PhyloBLAST - http://www.pathogenomics.bc.ca/phyloBLAST/ SOUFFLEZ un ordre de protéine, puis exécutez l'analyse phylogénétique automatisée sur des coups ou sur des ordres téléchargés ; analyses PHYLIP-basées. - [Lu plus de PhyloBLAST] |
| PHYML - http://atgc.lirmm.fr/phyml/ Phyml est un programme qui construit les arbres phylogénétiques des cadrages d'ordre suivre la méthode de maximum de vraisemblance. - [Lu plus de PHYML] |
| Puzzleboot - http://hades.biochem.dal.ca/Rogerlab/Software/software.html#puzzleboot Puzzleboot est une séquence type d'interpréteur de commandes interactif d'UNIX facilitant l'analyse d'amorce utilisant TREE-PUZZLE et PHYLIP. Il améliore TREE-PUZZLE en permettant à on d'analyser des ensembles de données multiples, et peut être utilisé pour l'analyse d'amorce de protéine et de distance d'ADN. - [Lu plus de Puzzleboot] |
| Projet Ribosomal de base de données - http://rdp.cme.msu.edu/ Base de données fortement curated des ordres alignés et annotés de rRNA avec accompagner des phylogénies ; données disponibles pour le téléchargement. - [Projet plus ribosomal lu de base de données] |
| Arbre de la vie - http://phylogeny.arizona.edu/ projet Multi-écrit essayant de représenter en ligne la phylogénie entière de la vie sur terre. - [Lu plus d'arbre de la vie] |
| TREE-PUZZLE - http://www.tree-puzzle.de/ l'Arbre-puzzle est un programme qui construit les arbres phylogénétiques des cadrages d'ordre suivre la méthode de maximum de vraisemblance. - [Lu plus de TREE-PUZZLE] |
| TreeJuxtaposer - http://olduvai.sourceforge.net/ TreeJuxtaposer est un outil de logiciel gratuit qui permet une comparaison visuelle de deux arbres dans le format de Newick (phylogénies, taxonomies, arbres de gène, etc.). Il peut fonctionner avec des arbres ayant jusqu'à 500.000 noeuds, et automatiquement calcule et marque les différences. - [Lu plus de TreeJuxtaposer] |
| TreeView - http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html Produit des graphiques gentils des arbres ; lit des formats de fichier multiples d'arbre ; disponible pour le téléchargement au Mac ou au PC. - [Lu plus de TreeView] |
| Aile de phylogénie d'UCMP - http://www.ucmp.berkeley.edu/exhibit/phylogeny.html La « Phylogénie-Diversité de la vie par le temps » est un objet exposé en ligne au musée d'Université de Californie du site Web de paléontologie. Il y a une introduction au phylogenetics et au cladistics, et vous pouvez diriger par un arbre phylogénétique très instructif r - [lu plus d'aile de phylogénie d'UCMP] |
| Évolution d'arrangement - http://evolution.berkeley.edu/evosite/evohome.html site fantastique pour l'évolution d'enseignement/arrangement - [lu plus d'évolution d'arrangement] |
| Weighbor - http://www.t10.lanl.gov/billb/weighbor/index.html Weighbor est un outil pour construire les arbres phylogénétiques des matrices de distance. Il utilise une version pesée de la méthode de voisin-jointure dans laquelle de plus longues distances dans la matrice sont indiquées moins de poids. - [Lu plus de Weighbor] |
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