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Génomique Comparative - Bioinformatics

Introduction Comparative de Génomique

La génomique comparative est l'étude des rapports entre les génomes de différentes espèces ou les contraintes. La génomique comparative est une tentative de tirer profit de l'information fournie par les signatures de la sélection pour comprendre la fonction et des processus évolutionnaires qui agissent sur des génomes. Tandis que c'est toujours une jeune zone, il tient la grande promesse de rapporter des perspicacités dans beaucoup d'aspects de l'évolution des espèces modernes. La quantité de l'information fine contenue en génomes modernes (plusieurs gigaoctets dans le cas des humains) rend nécessaire que les méthodes de génomique comparative sont la plupart du temps de calcul en nature. La conclusion de gène est une application importante de génomique comparative, de même que découverte de nouveau, les éléments fonctionnels de non-codage du génome.

La génomique comparative exploite des similitudes et des différences dans les protéines, l'ARN, et les régions de normalisation de différentes organizations pour impliquer comment la sélection a agi sur ces éléments. Ces éléments qui sont responsables des similitudes entre différentes espèces devraient être économisés par le temps (sélection stabilisante), alors que ces éléments responsables des différences parmi des espèces devraient être divergents (sélection positive). En conclusion, ces éléments qui sont sans importance au succès évolutionnaire de l'organization seront unconserved (la sélection est neutre).

L'identification des mécanismes de l'évolution eukaryotic de génome par génomique comparative est l'un des buts importants de la zone. Elle cependant est souvent compliquée par la multiplicité d'événements qui ont eu lieu dans toute l'histoire de différentes lignées, laissant les traces seulement tordues et superposées dans le génome de chaque organization vivante. Pour cette raison les études comparatives de génomique de petites organizations modèles (par exemple levure) soyez de grande importance pour avancer notre arrangement des mécanismes généraux de l'évolution.

Après être venu loin de son utilisation initiale de trouver les protéines fonctionnelles, la génomique comparative se concentre maintenant sur trouver des régions de normalisation et des molécules de siRNA. Récemment, on l'a découvert que les longs bouts droits économisés de part lointainement relative d'espèces souvent de l'ADN qui ne semblent pas ne coder pour aucune protéine. Il est inconnu à ce moment quelle fonction de telles régions ultra-économisées remplissent.

Les approches de calcul à la comparaison de génome sont récemment devenues un sujet commun de recherches en informatique. Le développement des mathématiques assistées par ordinateur (en utilisant des produits tels que Mathematica ou Matlab) a aidé des ingénieurs, des mathématiciens et des informaticiens à commencer à fonctionner dans ce domaine, et une collection publique d'études de cas et de démonstrations est croissance, s'étendant des comparaisons entières de génome à l'analyse d'expression de gène. Ceci a augmenté l'introduction de différentes idées, y compris des concepts des systèmes et commande, théorie de l'information, analyse de chaînes de caractères et exploitation de données. On le prévoit que les approches de calcul deviendront et demeureront un sujet standard pour la recherche et l'enseignement, alors que des étudiants fluents dans les deux sujets commencent à être formée dans les cours multiples créés en dernières années.

Région Économisée Évolutionnaire Bioinformatics

Les régions économisées évolutionnaires ECRs également appelé pour le short sont des régions de l'ordre (habituellement ADN) qui ont été tracés pour aligner avec d'autres génomes et sont économisées.

ECRs dans des cadrages des génomes sont présentés dans ce navigateur graphique, qui dépeint et les couleur-codes ECRs par rapport aux gènes connus qui ont été annotés dans le génome de base. dispositif 'saisissez caisse enregistrrice électroniqîche 'permet à des utilisateurs d'extraire rapidement les ordres qui correspondent à n'importe quelle caisse enregistrrice électroniqîche, pour visualiser des cadrages fondamentaux d'ordre et/ou pour identifier les accepteurs économisés de facteur de transcription.

Le Navigateur de caisse enregistrrice électroniqîche est un nouvel outil dynamique de navigation d'entier-génome pour la visualisation et l'étude des rapports évolutionnaires entre les vertébrés et les génomes de non-vertébré. Le Navigateur de caisse enregistrrice électroniqîche constamment est mis à jour pour inclure les génomes ordonnancés le plus récemment disponibles (actuel : humain, chien, souris, rat, poulet, pufferfish de la grenouille deux (Fugu et Tetraodon), zebrafish, et 6 fruitflies). Ovcharenko, M.A. Nobrega, G.G. Loots, et L. Stubbs ECR navigateur : un outil pour visualiser et accéder à des données des comparaisons de la recherche vertébrée multiple d'acides nucléiques de génomes, 32, W280-W286 (2004)

ECRbase est la base de données des régions économisées évolutionnaires (ECRs), des instigateurs, et des accepteurs de facteur de transcription en génomes vertébrés créés en utilisant des cadrages de Navigateur de caisse enregistrrice électroniqîche

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