Bioinformatics, protocoles, protéine Proteomics d'ARN d'ADN
à la maison > bioinformatics > index.php
à la maison > bioinformatics > index.php
 |
|---|
Vous devez s'enregistrer avant que vous puissiez signaler sur nos forum ou utiliser nos dispositifs avançés. Registre maintenant ! Son libre et rapide !
Déjà enregistré ? Procédure de connexion maintenant ci-dessous.
Déjà enregistré et a oublié votre mot de passe ? Clic ci-dessous pour le récupérer.
Récupérez le mot de passe perdu
Joignez maintenant - il est rapide et libre !
La station moléculaire est le plus grand réseau des chercheurs, des scientifiques et des amoureux de la science n'importe où !
Louise- « comment vous avez obtenu ici ? » Johnny- « bien, fondamentalement, là était ce petit point, droite ? Et le point est allé coup et le coup a augmenté. L'énergie a façonné en la matière, matière refroidie, matière a vécu, l'amibe pour pêcher, pêcher à la volaille, à la volaille à la grenouille, à la grenouille au mammifère, au mammifère au singe, au singe à équiper, à l'amat d'amas d'AMO, quiproquo, mori de souvenir, ad infinitum, arroser en fonction un peu de fromage râpé et partir sous le gril jusqu'au jour du Jugement dernier. » ~From le film nu
À la station moléculaire Bioinformatics, vous trouverez presque chaque outil bioinformatic que vous aurez besoin. Nous avons plus de 800 outils bioinformatic pour le bioinformatics d'ADN, le bioinformatics d'ARN, les outils bioinformatic de protéine Bioinformatics, et de Proteomic. Nous fournissons également des databses pour chacune de ces catégories afin de trouver facilement votre ordre d'intérêt de plusieurs bases de données d'ordre.
Domaines de motifs de protéine
Localisation sous-cellulaire de protéine
Structure secondaire de protéine
Analyse d'expression de protéine
Interactions de protéine de protéine
Notre base de données d'outils de Bioinformatic a tous outils bioinformatic que vous aurez besoin jamais et inclut des programmes temps réel et des outils en fonction : ADN Bioinformatics, ARN Bioinformatics, protéine Bioinformatics, Proteomic Bioinformatics, et organizations modèles moléculaires.
Le gène Ontology DISPARAISSENT
TRITON : un outil graphique pour ligand-lier l'ingénierie de protéine. Articles relatifs
TRITON : un outil graphique pour ligand-lier l'ingénierie de protéine.
Bioinformatics. 4 jui. 2008 ;
Auteurs : Prokop M, Adam J, Kríz Z, Wimmerová M, Koca J
RÉSUMÉ : La nouvelle version du programme de TRITON fournit les outils graphiques conviviaux pour modeler des mutants de protéine à l'aide du MODÉLISEUR externe de programme et pour des ligands d'amarrage dans les mutants en utilisant le programme externe AutoDock. TRITON peut maintenant être employé pour concevoir les protéines obligatoires de ligand, pour étudier des mécanismes de liaison de protéine-ligand ou pour accoupler simplement n'importe quel ligand à une protéine. DISPONIBILITÉ : Les fichiers exécutables de TRITON sont disponibles gratuitement pour des utilisateurs d'universitaire au CONTACT de http://ncbr.chemi.muni.cz/triton/ : l'INFORMATION SUPPLÉMENTAIRE de triton@chemi.muni.cz : Les données supplémentaires sont disponibles chez Bioinformatics en ligne.
PMID : 18603567 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]
Informatique de Bioimage : Une nouvelle zone de biologie d'ingénierie.
Bioinformatics. 4 jui. 2008 ;
Auteurs : Peng H
Ces dernières années, le déluge des images microscopiques moléculaires et cellulaires compliquées crée des défis contraignants pour le communauté informatique d'image. Il y a eu un foyer croissant sur le traitement d'image de roman, l'exploitation de données, la base de données, et les techniques se développants de visualisation pour extraire, comparer, rechercher, et contrôler la connaissance biologique dans ces problèmes donnée-intensifs. Cette nouvelle zone naissante de bioinformatics peut s'appeler la « informatique de bioimage ». Cet article passe en revue les avances de cette zone de plusieurs aspects, y compris des applications, de techniques principales, d'outils disponibles et de ressources. Les exemples d'application tels que high-throughput/high-content phenotyping et bâtiment d'atlas pour les organizations modèles démontrent l'importance de l'informatique de bioimage. Les techniques essentielles au succès de ces applications, telles que l'identification de dispositif de bioimage, la segmentation et cheminement, l'enregistrement, l'annotation, l'exploitation, la gestion des données d'image et la visualisation, sont encore récapitulées, avec une brève vue d'ensemble des bases de données disponibles de bioimage, des outils d'analyse, et d'autres ressources.
PMID : 18603566 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]
Identification de micro-RNAs dans le coton.
Biochimie de Physiol d'usine. 28 mai 2008 ;
Auteurs : Khan Barozai MON, Irfan M, Yousaf R, Ali I, Qaisar U, Maqbool A, Zahoor M, Rashid B, Hussnain T, Riazuddin S
Le génome d'usine a économisé de petits gènes de microRNAs de non-codage (miRNAs) environ 20-24 nucléotides longtemps. Ils jouent un rôle essentiel dans le règlement de gène à de diverses étapes de flore. Leur nature économisée parmi les diverses organizations suggère non seulement leur évolution tôt dans les eukaryotes mais leur fait également une bonne source de la nouvelle découverte de miRNA par recherche d'homologie à l'aide des outils de bioinformatics. Une approche systématique de recherche a été utilisée pour des orthologues d'interspecies des précurseurs de miRNA, des ordres connus de Gossypium dans GenBank. L'étude a eu comme conséquence 22 miRNAs appartenant à 13 familles. Nous avons trouvé 7 familles de miRNA (miR160, 164, 827, 829, 836, 845 et 865) pour la première fois dans le coton. Chacun des 22 précurseurs de miRNA forme la structure libre minimum stable de boucle de tige d'énergie (mfe) pendant que leurs orthologues forment dans Arabidopsis et les miRNAs mûrs résident dans la partie de tige de la structure de boucle de tige. Quinze miRNAs appartiennent à la fibre la plus commerciale du monde produisant le coton de montagne (hirsutum de Gossypium), cinq sont de raimondii de Gossypium et on est de herbaceum de Gossypium et d'arboreum de Gossypium. Leurs cibles se composent des facteurs de transcription, des protéines de division de cellules et du gène de régulation de réponse de virus. La découverte de 22 miRNAs sera utile à l'avenir pour la détection de la fonction précise de chaque miRNA à une étape particulière dans le cycle de vie du coton.
PMID : 18603441 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]
Base de données cérébelleuse de transcriptome de développement (CDT-DB) : Profilage de l'expression spatio-temporelle de gène pendant le développement postnatal du cervelet de souris.
Netw neural. 4 jun. 2008 ;
Auteurs : Sato A, Sekine Y, Saruta C, Nishibe H, Morita N, Sato Y, Sadakata T, Shinoda Y, Kojima T, Furuichi T
Une grande quantité de l'information génétique est consacrée au développement et au fonctionnement de cerveau. Le circuit neural du cervelet de souris se développe par une série d'événements cellulaires et morphologiques (prolifération neuronale y compris et transfert, axogenesis, dendritogenesis, synaptogenesis et myelination) tous dans un délai de trois semaines de naissance. Tous ces événements sont contrôlés par les groupes spécifiques de gène, dont des profils temporels et spatiaux d'expression doivent être encodés dans le génome. Pour comprendre le développement cérébelleux fondamental de circuit de base génétique, nous avons analysé l'expression de gène (transcriptome) pendant les étapes développementales sur une base génome-large. des données Spatio-temporelles d'expression de gène ont été rassemblées en utilisant l'hybridation in situ pour la résolution (cellulaire et régionale) spatiale et l'affichage différentiel de fluorescence, le GeneChip, microarray et RT-PCR pour la résolution temporelle (de série chronologique développementale), et ont été annotées en utilisant le gène Ontology (terminologie commandée pour des gènes et des produits de gène) et le contexte anatomique (les types de cellules et les structures cérébelleux de circuit). Les données expérimentales annotées ont été intégrées dans une base de données de ressource de la connaissance, la base de données cérébelleuse de Transcriptome de développement (CDT-DB http://www.cdtdb.brain.rike.jp), avec des liens sans couture à l'information appropriée à de divers sites Web de base de données de bioinformatics. Le CDT-DB fournit non seulement un seul outil d'informatique pour le mien de l'information de configuration spatiale et temporelle sur l'expression de gène dans les cerveaux se développants de souris, mais fournit également des possibilités d'élucider le transcriptome pour le développement cérébelleux.
PMID : 18603407 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]
L'écoulement zone-coulent fractionnement : Une méthode pré-analytique pour le proteomics.
J Proteomics. 10 jun. 2008 ;
Auteurs : Reschiglian P, lune MH
L'analyse de Proteome exige une approche complète comprenant des méthodes à rendement élevé élevées de séparation, l'analyse spectrométrique de la masse, et le bioinformatics. Tandis que les avances récentes dans la spectrométrie de masse (MME.) ont mené aux améliorations remarquables de la capacité de caractériser les mélanges complexes des biomolécules dans le proteomics, une étape appropriée de séparation de pré-MME. des protéines/des peptides est encore exigée. Le besoin de la séparation à rendement élevé et/ou de l'isolement/des techniques de purification des protéines est augmentation, due à l'importance des protéines exprimées aux niveaux extrêmement bas en échantillons de proteome. Dans cette revue, l'écoulement zone-coulent le fractionnement (F4) est présenté comme méthode pré-analytique complémentaire de séparation pour la séparation/isolement de protéine, qui peuvent être pertinemment utilisés pour la recherche proteomic. F4 est un ensemble de techniques élution-basées qui sont capables de séparer des macromolécules par des différences dans le coefficient de diffusion et, en conséquence, dans la taille hydrodynamique. F4 fournit la séparation de protéine sans interaction extérieure de l'analyte en medias d'emballage ou de gel. La séparation est effectuée dans une structure ouverte de canal par un jet d'écoulement d'une phase mobile de n'importe quelle composition, et elle est seulement basée sur l'interaction des analytes avec un écoulement perpendiculaire-appliqué et secondaire du fluide. Par conséquent, des analytes biologiques telles que des protéines peuvent être gardées sous un environnement bio-amical sans détruire leur configuration structurale initiale. D'ailleurs, des protéines fractionnées sur une taille/base de forme peuvent aisément être rassemblées pour davantage de caractérisation ou analyse proteomic par l'utilisation de MME., par exemple, en ligne ou les méthodes off-line basées sur l'ionisation electrospray (ESI) ou la méthode matrice-aidée de la désorption-ionisation de laser (MALDI). Cette revue se concentre sur les avantages de F4 comparé aux techniques plus-évaluées de séparation/isolement pour le proteomics, et sur des applications choisies basées sur la séparation taille-dépendante de proteome. De nouveaux développements de méthode basés sur la coupure d'un mot de F4 avec la MME. en ligne ou off-line, et avec d'autres méthodes de séparation telles que la mise au point isoélectrique capillaire (CIEF) sont également décrits.
PMID : 18602503 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]
Neuropeptide-comme la diversité de protéine dans le phylum Nematoda.
J interne Parasitol. 25 mai 2008 ;
Auteurs : McVeigh P, l'Alexandre-Archer S, le veau E, Mousley A, marque NJ, Maule AG
Cette étude indique l'identification du nématode neuropeptide-comme des sequelogs de protéine (nlp) de la base de données de l'étiquette d'ordre exprimée par GenBank (est), en utilisant la méthodologie de recherche de SOUFFLE (outil local de base de recherche de cadrage). Des chaînes de caractères de recherche dérivées des peptides encodés par les 45 gènes connus de nlp d'elegans de Caenorhabditis ont été employées pour identifier plus ESTs de 1000 encodant un total de 26 sequelogs de nlp de multi-espèces. Les 18 nlps restants (nlp-4, -16, -24 à -36, à -39, à -41 et à -45) ont été identifiés seulement dans des elegans de C., alors que le représentant unique d'est de nlp-23 était de remanei de Caenorhabditis. Plusieurs on a observé ESTs encodant les peptides antibactériens putatifs semblables à ceux encodés par les gènes nlp-24-33 d'elegans de C. dans plusieurs espèces de parasite. Un gène de roman (nlp-46) a été identifié, encodant un dodecapeptide simple et amidé (dg de NIA [I/T] GR [G/A] [F/L] RPG) dans huit espèces. Des peptides sécréteurs de signal ont été identifiés dans au moins les espèces une représentant chaque sequelog de nlp, confirmant que chacun des 46 gènes de nlp de nématode encode les peptides sécréteurs. Un sous-ensemble aléatoire d'elegans NLPs de C. a été testé physiologiquement dans des essais biologiques de muscle de mur d'ovijector et de corps de suum d'ascaride. Aucun des peptides testés ne pouvait moduler l'activité d'ovijector, alors que seulement trois affichaient le myoactivity mesurable sur le muscle somatique de mur de corps. AFAAGWNRamide (de nlp-23) et AVNPFLDSIamide (nlp-3) tous les deux ont produit une relaxation de muscle de mur de corps, alors qu'AIPFNGGMYamide (nlp-10) induit une contraction passagère. Les analyses numériques de nlp-encoder ESTs démontrent que nlp-3, -13, -14, -15 et -18 sont parmi les transcriptions le plus fortement représentées dans l'ensemble de données. En utilisant les ressources disponibles de bioinformatics, cette étude trace le complément de nlp du phylum Nematoda, fournissant une source riche des ligands de neuropeptide pour le deorphanisation des récepteurs de neuropeptide de nématode.
PMID : 18602104 [PubMed - comme fourni par l'éditeur]
Déni/limites de service | Politique d'intimité| ©2005-2007 Station.com moléculaire, tous droits réservés.
Envoyez cette page à un ami
