Server gesucht

Hallo NG,

ich bin auf der Suche nach einem Server, der orthologe Bereiche zu
Sequenzen (intergeneische Regionen) für alle bis jetzt sequenzierte
Genome ausgibt. -am besten auch alle trace-archive, oder einfach alles
was an Sequenzdaten da ist durchsucht.

danke
Robert

"Querfurth" <[Only registered users see links. ].de> schrieb im Newsbeitrag
news:djb0ep$2juc$[Only registered users see links. ].de...

Was genau fehlt Dir an NCBI?

Ernst-Ludwig Brust

Ernst-Ludwig Brust schrieb:


Bei NCBI ist es meines Wissens nicht mölich mit einer Anfrage alle
Datenbanken zu durchsuchen. Oder?

gruß
Robert

Hallo, Robert !

Bei NCBI kannst Du Dir ein Programmpaket namens "netblast" runterladen.
Es enthält ein Programm namens "blastcl3", mit dem Du die
gewöhnlichen Sequenzabfragen an den www-NCBI-Seiten vorbei direkt an
den NCBI-Server richten kannst. Da sind dann auch flexiblere Abfragen
möglich, z.B. mehrere Datenbanken gleichzeitig. Das Programmpaket gibt
es auch für Windows. Ich bin mir nicht sicher, ob die Installation des
normalen "Blast"-Pakets nicht vielleicht Voraussetzung ist (auch dort
runterladbar).

Zwei Nachteile:
1) Zur Installation des Programms muß man etwas mehr tun, als es nur
zu öffnen.
2) Die Abfragen laufen dann über Kommandozeileneingabe, und es dauert
etwas, bis man raushat, wie man die besseren Möglichkeiten nutzen kann
(s. documents).

Nützliche Seiten:
[Only registered users see links. ]
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/documents/
[Only registered users see links. ]

Tschüß
Markus

vielen Dank!
Robert