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€rnesto 12-25-2007 06:53 PM

Codice e significato
 
Alla ricerca del "momento " in cui un codcie diventa significato, nel senso
che emege dal "meccanismo" qual qualcosa in più che potrebbe far avanzare
l'informatica verso l'IA, cerco di caprie che cosa avviene nela genetica.

Allora abbiamo un cidoce, il DNA, abbiamo un traduttore l' RNA, sorvolando
sui meccanismi di copiatur a e trasporto il codcie, preso a triplette, deve
vcodificare per gli aminoacido che formano le proteine.
Uno s'aspetta che ci sia un punto in cui il codice pass al'informazione ed
esce dal meccanismo: invece no.

I ribosomi leggono le triplette delle vasi del DNA e nel citoplasma sono
sparsi innumeri pezzetti di RNA (detti tRNA) che hanno da un parte (codone)
agganciato un amino acido, e dalla parte opposto (anticodone ) hanno la
ciopia del codice delle triplette. E nei ribosomi il tRNA porta in modo
emccanico l'aminoacido che ha incollato alla coda!

Che en so, se è il codice dell'mRNA è UUU (che era TTT nel DNA) gli
siappiccic ail pezzullo di tRNA che si porta appresso l'aminoacido
fenialanina. Così, in mdoo del tutto stolido e meccanico.

Allora il problema va ancor apià a monte: che cosa è successo nel miliardi
di anni dell'evoluzione della vita per far si che il codice del DNA e gli
"appiccichi" sui condoni dei tRNA siano prorpio quelli "giusti"?

C'è stato un momento in cui questi meccanismi hanno inetragito nell'errore e
poi via via si sono selezionati quelli giusti? Anche qui l'orologiaio è
cieco?

Chi sa di più, me lo spiega?

Grazie.

Ernesto



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MarkIII 12-25-2007 07:41 PM

Codice e significato
 
?rnesto ha scritto:


Io non ti posso rispondere, ma se potesse scrivere in una lingua più
simile all'italiano,magari qualcosa si capirebbe...

MarkIII


Buon natale in ritardo e Buon anno nuovo

Guybrush 12-25-2007 08:21 PM

Codice e significato
 
MarkIII ha scritto:


Come non quotarti?
Magari adesso vedo se riesco a capirci qualcosa lo stesso... è da un po'
che non prendo in mano la settimana enigmistica. :-P

Guybrush 12-25-2007 08:33 PM

Codice e significato
 
?rnesto ha scritto:


Ok.


Diciamo che il codice è la corrispondenza tra codoni e aa. Il DNA
diciamo che può essere l'informazione (mantenuta, per l'appunto, tramite
un codice).


Ok.


Questa frase, scusami, ma è un livello di enigmistica troppo avanzato
per me. Cosa vorresti dire?


Sorvolando sul fatto che se dicessi queste cosa in un esame di biologia
molecolare verresti fucilato sul posto, non vedo cosa ci sia di così
inaspettato. Cosa ti saresti aspettato?


ok.


Non esistono gli accoppiamenti "giusti". Se tu, per ipotesi, cambiassi
gli accoppiamenti, ma mantenessi il "prodotto finale", cioè la proteina,
la funzionalità sarebbe mantenuta.

Questo, ovvero la "non necessarietà" del codice genetico, unito alla sua
(almeno parziale) universalità e alla sua ridondanza senza ambiguità, è
portato come indizio della comparsa di questo codice in tempi molto
precoci nell'evoluzione.

Non sono un espertone del campo specifico, ma spero di aver chiarito
qualche tuo dubbio.

danilo 12-25-2007 08:53 PM

Codice e significato
 
Il 25 Dic 2007, 21:33, Guybrush <[Only registered and activated users can see links. Click Here To Register...]> ha scritto:


miliardi
gli

Detta in altro modo, è il risultato del codice e degli appiccichi, ciò che
viene selezionato. Quindi quel codice e quegli appiccichi, se esistono, sono
"giusti" per forza. Quali che siano.

Danilo

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€rnesto 12-27-2007 01:12 AM

Codice e significato
 
Il 25 Dic 2007, 21:53, [Only registered and activated users can see links. Click Here To Register...] (danilo) ha scritto:
Alla ricerca del "momento " in cui un codice diventa significato, nel senso
che emerge dal "meccanismo" quel qualcosa in più che potrebbe far avanzare
l'informatica verso l'IA, cerco di capire che cosa avviene nella genetica.

Allora abbiamo un codice, il DNA, abbiamo un traduttore l' RNA, sorvolando
sui meccanismi di copiatura e trasporto il codice, preso a triplette, deve
codificare per gli aminoacidi che formano le proteine.
Uno s'aspetta che ci sia un punto in cui il codice passa l'informazione ed
esce dal meccanismo: invece no.

I ribosomi leggono le triplette delle vasi del DNA e nel citoplasma sono
sparsi innumeri pezzetti di RNA (detti tRNA) che hanno da un parte (codone)
agganciato un amino acido, e dalla parte opposto (anticodone ) hanno la
copia del codice delle triplette. E nei ribosomi il tRNA porta in modo
meccanico l'aminoacido che ha incollato alla coda!

Esempio: se è il codice dell'mRNA è UUU (che era TTT nel DNA) gli
si appiccica il pezzullo di tRNA che si porta appresso l'aminoacido
fenilalanina. Così, in mdoo del tutto stolido e meccanico.

Allora il problema va ancora più a monte: che cosa è successo nei miliardi
di anni dell'evoluzione della vita per far si che il codice del DNA e gli
"appiccichi" sui condoni dei tRNA siano proprio quelli "giusti"?

C'è stato un momento in cui questi meccanismi hanno interagito nell'errore e
poi via via si sono selezionati quelli giusti? Anche qui l'orologiaio è
cieco?

Chi sa di più, me lo spiega?

Grazie.

Ernesto



sono

Lo so che sono "giusti" per forza vedendoli dal risultato. Io cercavo di
capirne la genesi, la meccanica attraverso cui possono essere diventati
"giusti": sopratutto mi interesserebbe il punto in cui "qualcosa" emerge da
"qualcos'altro" dando un senso a un copmplicatissimo meccanismo che
apparenetemente non avendo una finalità e/o un progetto pare davvero
curioso.

buon anno!!

ernsto


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Guybrush 12-27-2007 11:32 AM

Codice e significato
 
?rnesto ha scritto:


Ma proprio non ha senso parlare di giusto o sbagliato.
Facciamo l'esempio di un altro codice.
Noi Italiani, quando vediamo un simbolo il carattere con questa forma
"M", lo interpretiamo col fonema /m/. Quando vediamo un cerchio, lo
interpretiamo con una /o/.
Cosa fa si che questi accoppiamenti "segni"/"suoni" siano giusti? N
Nulla. Infatti ci sono accoppiamenti "segni"/"suoni" differenti da
lingua a lingua.


Ma non riesco a capire perchè, secondo te, tale processo sia senza
finalità/progetto. Riesci ad immaginarti un modo per mantenere
codificata l'informazione della sequenza proteica senza la
corrispondenza codone/aminoacido? Tieni conto che l'informazione *deve*
stare in qualcosa simile al DNA, per ragioni di stabilità, replicazione,
etc. etc...

Se ti interessano proprio le proprietà emergenti, ti consiglierei di
spostare il tiro verso la Systems Biology e la "robustezza" dei sistemi
biologici.

Ciao!

P.S.
Ti consiglierei di dare un'occhiata anche ai complicatissimi meccanismi
del quoting.

fuzzy 12-27-2007 08:54 PM

Codice e significato
 
On 27 Dic, 02:12, [Only registered and activated users can see links. Click Here To Register...] (EURO rnesto) wrote:

l'"emersione" di qualcosa da qualcos'altri, in casi come questi, non
dipende solo dall'oggetto, ma dal soggetto che osserva. In altre
parole se emerge un significato nuovo significa che nell'osservatore è
cambiato qualcosa: o è diventato osservatore e prima non lo era,
oppure ha cambiato il punto d'osservazione .

Riguardo al resto che hai scritto, c'e' molta confusione: il
significato non è una proprietà oggettiva, che pertiene ad un oggetto,
ma è una costruzione istituita da un gruppo di osservatori.

Ci sarebbe poi da discutere il perche i termini "codice" e
"informazione" non sono metafore adeguate - anche se ormai entrate nel
gergo - a descrivere i meccanismi di cui parli. In ottica sistemica
non ha senso parlare di informazione, anzi è sbagliato.

...e il problema che non puoi analizzare il dna se non in ottica
sistemica, ossia il dna come un elemento di un sistema di elementi
interagenti, ecc. ecc.

l'apporccio analitico-meccanicista non funziona....

quello che vuoi sapere te è impossibile... rassegnati.

fuzzy


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