Bovine Serum Albumin

Ciao, avrei bisogno di tutte le informazioni possibili sull' albumina
bovina : struttura primaria, secondaria, terziaria, quaternaria ;
gruppi ionizzabili , cariche esposte in soluzione acquosa, folding
unfolding.... Praticamente tutto!
Grazie mille

"Slv" <[Only registered users see links. ]> ha scritto nel messaggio news:1118998359.880938.237060@z14g2000cwz.googlegr oups.com...


it.scienza.chimica

Ciao
--
Andrea
***
Io ne ho viste cose che voi Umani non potreste immaginare...
(Blade Runner - 1982)

La sequenza non è che l'inizio...
(J. Craig Venter, Celera Genomics - 2000)

Slv wrote:
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Slv wrote:

troppo vaga... cmq non credo esista una struttura 3D sperimentale, pero'
esiste un modello costruito per omologia su quella umana, che probabilmente e'
molto buono vista l'alta identita' di sequenza (76%). Trovi il link a modbase
sulla pagina di swiss-prot (expasy). Una curiosita': perche' ti interessa
questa proteina?

> troppo vaga... cmq non credo esista una struttura 3D sperimentale, pero'

Grazie per le informazioni , dovrò quindi leggere qualcosa su hsa
visto che sto cercando di ricavare in qualche modo, se possibile, la
distanza media tra i gruppi carichi negativi della bsa.
Sto studiando questa proteina per la mia tesi in biofisica .
Grazie ancora ciao

Slv wrote:


In questo caso credo che il modello della bovina che trovi su modbase vada
piu' che bene, vista l'alta omologia, soprattutto se misuri le distanze tra i
C alfa. Ci possono essere differenze maggiori sulla posizione delle catene
laterali, ma io sarei cmq abbastanza fiducioso del modello.

Visto che non sono pratica di queste banche dati e soprattutto non
conosco il linguaggio utilizzato sai come è possibile avere una
immagine 3 D dell'Albumina bovina?

Slv wrote:


Ti scarichi il PDB (formato utilizzato dalla Protein Data Bank, il sito dove
sono depositate le strutture proteiche ottenute tramite cristallografia a
raggi X oppure NMR). In questo file ci sono le coordinate di tutti gli atomi
non-idrogeno della proteina. Poiche' non esiste una struttura sperimentale
della proteina bovina, scarica il modello dalla pagina di modbase scegliendo
"Coordinate file" nel menu delle azioni:

[Only registered users see links. ]

(salva il file con estensione .pdb)
La stessa pagina ti da molte informazioni sul templato (= la struttura
sperimentale) usato per la costruzione del modello, in questo caso la proteina
umana, la cui struttura e' depositata nella protein data bank con codice 1n5u
(puoi trovare immagini di quest'ultima anche nella PDB,
[Only registered users see links. ] )

A questo punto ti basta un software per la visualizzazione e manipolazione dei
PDB. Uno molto buono e free per windows e' rastop
[Only registered users see links. ] oppure per tutte le piattaforme c'e' lo
Swiss-PdbViewer [Only registered users see links. ]

Con questo puoi visualizzare tutti o solo alcuni degli aminoacidi, colorarli
diversamente a seconda delle caratteristiche, oppure visualizzare la struttura
secondaria, o solo il backbone, misurare distanze anche con script, ecc. prova
a giocarci un po'.

btw, su swiss-prot ( [Only registered users see links. ] ) nella sezione
Cross-References trovi dei link ad altri database che hanno informazioni sulla
proteina bovina.

Molto chiaro, grazie!