Tag SNP

[n-a-d]

Ciao a tutti, avrei bisogno di aiuto per un saggio di discriminazione allelica. Il mio problema è questo:
una volta trovati tutti gli snp del mio gene (ad esempio da HapMap.org) come faccio a capire quali sono quelli "tag" , ovvero quelli che sono più informativi della mia sequenza?
Dunque, i dati li ho scaricati da HapMap.org (HapMap Genome Browser Phase 1 & 2 - full dataset : "scarica genotyping data" del mio gene)in un file che ho poi inserito in Haploview (la vesione è l'ultima,ovvero 4.0).
quello che non capisco è:ho cercato i tag snp sia su hapmap.org, sia con Haploview, dal momento che le informazioni sulla sequenza sono le stesse (sono prese direttamente da HapMap.org in entrambi i casi) e si dovrebbero basare entrambi sull'algoritmo di Tagger, perchè ottengo risultati diversi?come dovrei interpetrarli?
Ringrazio infinitamente chiunque mi rispondesse, perchè è la prima volta che mi trovo ad affrontare questi programmi e diciamo più in generale la "bioinformatica" e al di là dei manuali scaricabili on-line non ho molte risorse...