Problemillas con la PCR

[Neol]

Hola, tengo un problema con la pcr y quisiera saber si el cambio de un nucleótido en la secuencia de un solo primer puede llevar a que ya no me amplifique.

[danfive]

Si puede pasar que no amplifique. Lo mas rasonable es que si substitues un nucleotido G/C (fuerte) en ves de A/T (debil) puedes amplificar, pero si haces lo contrario y substitues un A/T en ves the un G/C es muy posible que falle el primer. Mucho depende de la sequencia en total, como si el primer tiene mucho sequencia G/C tendra fuerte hibridacion (y el error tendra menos efecto), pero si tiene mucha A/T tendra debil hibridacion (y el efecto sera peor, como meter A/T puede fallar la amplificacion, meter G/C puede amplificar pero no correctamente).

[Neol]

Muchas gracias por tu aporte, ahora voy a pedir prestados unos primers para corroborar que sean estos los que me estan fallando.

[VP4Sec.]

que tal, una de las cosas que puedes hacer es ver si la secuencia que quieres amplificar tiene alguna mutacion con la de tu primer, una, si el primer tiene una mutacion en los primeros nucleotidos puede que no se pegue adecuadamente, dos checa bien la Tm del primer, en ocasiones tienes que modificar un poco las temperaturas de alineamiento, ya que tienes un rango de +-5grados, la tercera, puedes mandar sintetizar un primer degenerado si hay cambios en los nucleotidos. y asi como menciono el anterior post, tienes que ver que tanta citosina y guanina tienen, si hay mas timina y adenida, etc... espero y lo resuelvas hasta luego...