Welcome to Molecular Station! Tervetuloa Molecular Station!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Sinun täytyy rekisteröityä ennen kuin voit lähettää meidän foorumeilla tai käyttää lisätoimintoja. Register Now! Register Now! Its Free and Fast! Sen vapaata ja nopeaa!

Already registered? Oletko jo rekisteröitynyt? Login now below. Login nyt alla.

User Name: User Name:

Password: Salasana:

Remember Me? Remember Me?

Already registered and Forgot your password? Jo rekisteröity ja Unohditko salasanasi? Click below to recover it. Klikkaa alhaalta sitä takaisin.

Recover Lost Password Recover Lost Password

Join now - it's fast and free! Liity nyt - se on nopeaa ja ilmaista!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Molecular Station on suurin verkosto, tutkijat, tiedemiehet ja tieteen ystäville!

Recent Forum Posts Uusi Forum Posts

Proteomics Home Proteomiikka Etusivu	Proteomic Protocols Molecular Station Proteomic pöytäkirjojen Molecular Station	Proteomic Protocols (external links) Proteomic pöytäkirjat (External Links)	Proteomic Bioinformatics Proteomic Bioinformatiikka	Proteomic FAQ Proteomic FAQ	Proteomic Kits and Products Proteomic Kits ja Tuotteet	Proteomic Forum Proteomic Forum	Proteomics Blog Proteomiikka Blog	Books on Proteomics Kirjat proteomiikka	Proteomic News Proteomic Uutiset

Protein Identification Techniques Protein Identification Techniques

Proteins can be seperated by 2-D Gel Electrophoresis and Identified with Mass Spectrometry Proteiinit voidaan erottaa toisistaan 2-D geelielektroforeesilla ja tunnistetaan massaspekrometria

Protein content of a cell is estimated to consist of thousands of different types of proteins Proteiini sisältö solu on arvioitu kuuluu tuhansia erilaisia proteiineja
with a dynamic range of expression. jonka dynaaminen alue sananvapautta. The technology that is currently being used involves the retrieval of the protein components, fractionation of this very complex mixture, Teknologia on parhaillaan käytetään kuuluu retrieval olevan proteiinin osia, fraktiointiin tämän erittäin monimutkainen seos,
enzymatic proteolysis of each separated and isolated species, extensive mass spectrometric analysis and finally matching the structural data generated against a database of known proteins or anticipated genome expression products. entsymaattisilla proteolysis kunkin erotettu ja eristetty laji, laaja massaspektrillä määritettyä analyysin ja lopulta vastaavia rakenteellisia tietojen vastaan tietokannan tunnetuista proteiineja tai ennakkoperintönä genomin ilmaisun tuotteita.
This procedure involves an initial step using 1- or 2-dimensional electrophoresis (DE). Tämä menettely edellyttää ensimmäinen askel käyttäen 1 - tai 2-ulotteinen elektroforeesi (DE). Using 1-DE, proteins are separated on the basis of molecular mass; the technique is reproducible and can be used for proteins in the mass range of 10–300 kDa, but does have limited resolution. Käytettäessä 1-DE, proteiinit ovat erillään perusteella molekyylimassa; tekniikka on toistettavissa, ja niitä voidaan käyttää proteiinien massa valikoima 10-300 kda, mutta siinä on rajoitettu päätöslauselmaa.
For separation of more complex protein mixtures, 2-DE is the preferred method. Niiden erottaminen monimutkaisempi proteiini seokset, 2-DE on suositeltavin menetelmä. This involves separating the proteins first according to their net charge by an isoelectric focusing step and then, in the second dimension, according to their molecular mass employing sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) which gives a high separation efficiency. Tämä edellyttää erottamalla proteiinien ensimmäinen mukaan heidän netto-maksu, joka isoelectric keskittyen askel, ja sitten, toinen ulottuvuus, mukaan heidän molekyylimassa työllistävät natriumdodekyylisulfaattia-polyakryyliamideista geelielektroforeesilla (SDS-PAGE), joka antaa korkea Erotusteho.
Mass spectrometry (MS) is the method of choice for the identification Massaspektrometriaa (MS) on menetelmä valinta tunnistus
of the separated proteins, and 2-DE and mass spectrometry on erotettu proteiineja, ja 2-DE-ja massaspektrometria
now represent a technology by which several thousand proteins can be separated, detected and identified in an automated fashion. nyt edustavat tekniikan, jossa useita tuhansia proteiineja voidaan erottaa toisistaan, havaitaan ja tunnistetaan joka automatisoidusti.
Proteomics methodology is initially done by protein separation and location by 2-DE followed by excision of the proteins of interest which then undergo proteolytic digestion to yield a mixture of peptide fragments. Proteomiikka menetelmä on alun perin tehnyt proteiinin erottaminen ja sijainti 2-DE seurasi excision, proteiineja intressi, joka sitten tehdään proteolyyttiset ruuansulatuksen tuottaa seosta peptidi fragmentit. The peptides are analysed by mass spectrometry, initially using MALDI-MS for molecular mass determination and generation of a peptide mass fingerprint. The peptidejä analysoidaan massaspektrometria, aluksi käyttämällä MALDI-MS-molekyylimassa päättäväisyyttä ja sukupolven peptidi massa sormenjälki. If database searching at this stage yields ambiguous results, a second mass spectrometric analysis, ESI-MS/MS, is used to generate sequence information which is used for more stringent database searching. Jos tietokannasta hakuja tässä vaiheessa tuotosten moniselitteisiä tuloksia, toinen massa määritettyä analyysi, ESI-MS/MS, käytetään tuottamaan sekvenssitietojen jota käytetään tiukempia tietokannasta hakuja.
From the mass spectrum obtained on analysis of the protein digest mixture, the peptide mass map or peptide mass fingerprint ie the molecular masses of the peptide fragments, can be ascertained. From the massaspektri saatu analyysin perusteella proteiini pilkkoo seos, peptidi massa karttaa tai peptidi massa sormenjälki eli molekyyli massoja, peptidi-fragmentit, voidaan todeta. Often, if the amino acid sequence is sufficiently unique and the mass Usein, jos aminohappojärjestys on niin ainutlaatuinen ja massa
accuracy sufficiently high, the mass map can be used to search databases 12–15 to identify the protein successfully without the need for further analyses. tarkkuus riittävän suuri, massa kartta voidaan käyttää hakuun tietokannat 12-15 tunnistaa proteiinin menestyksekkäästi ilman, että tarvitaan lisää analyyseja. If, however, database searching leads to ambiguous results, then further MS analyses, involving the use of tandem mass spectrometry (MS/MS), are undertaken sequentially on each peptide in the mixture to generate a sequence, or partial sequence, known as a sequence tag, for these peptides. Jos kuitenkin tietokanta etsivät johtaa moniselitteisiä tuloksia, niin edelleen MS-analyysit, joissa käytetään tandem massaspektrometria (MS / MS), ovat sitoutuneet peräkkäin kunkin peptidi, seoksen luoda järjestystä tai osittainen järjestys, jota kutsutaan sekvenssi-koodi, näitä peptidejä. This is frequently achieved by the use of ESI-MS/MS19 and usually an additional purification step must be performed to separate the peptides from the salts and detergents that may be present which cause attenuation of the peptide signal. Tämä on usein saavuttaa käytön ESI-MS/MS19 ja yleensä ylimääräistä puhdistus-vaihe on suoritettava erottaa peptidejä, suolat ja pesuaineita, jotka voivat olla läsnä, jotka aiheuttavat attenuation, peptidi-signaalia.

Further database searching with both the molecular mass of the peptide Lisäksi tietokannasta hakuja sekä molekyylimassa on peptidi
and the sequence tag information should lead to unambiguous protein identification. ja järjestysnumero tag tiedot pitäisi johtaa yksiselitteinen proteiinin tunnistus.