Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatiikka, pöytäkirjat, DNA-RNA-Proteiini proteomiikka

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Biologia Etusivu pöytäkirjojen bioinformatiikan välineitä Biologia Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us!

home > protein > bioinformatics > protein-motifs > index.php etusivu> proteiinin> bioinformatiikka> proteiini-kuviot> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Molecular Biology Etusivu Tiede Uutiset Science Videos DNA-RNA-Proteiini proteomiikka Tutkimus BETA! Bioinformatics Lab-laitteet Molecular Biology Techniques Molecular Biology liittyviä tuotteita ja palveluja Biology Links

Molecular Biology Blog Molecular Biology Blog

Send this page to a friend Send this page to a friend

Intracellular Stations Solunsisäiset asemat

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Vasta Botany yhteisen Puskurit Puskurit Alphabetic Bookstore solubiologian ja kulttuuri geelielektroforeesilla histologian microarray Immunology massaspekrometria mikrobiologian laitos Molecular Imaging peptidi proteomiikka Proteiini Microarray Chips PCR-Real-Time PCR RNAi ja SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot

Protein Protocols Proteiini pöytäkirjat

Protein Encyclopedia Proteiini Encyclopedia

Protein Bioinformatics Protein Bioinformatics

Protein Science Forum Protein Science Forum

Protein Blog Proteiini Blog

DNA News DNA Uutiset

Protein Motif and Protein Domain Prediction Proteiini Motif ja Protein Domain Prediction

Also See Our Link Database of Protein Motif Bioinformatic Tools Katso myös linkki tietokanta Proteiini Motif bioinformatiikan välineitä

Protein motifs and domains are important as they provide clues as to posible functions of the protein, and possible interactions of the protein. Proteiini kuviot ja alueet ovat tärkeitä, sillä ne antavat viitteitä siitä, posible toimintoja, proteiinia, ja mahdolliset yhteisvaikutukset ja proteiinia. If the protein for example has a domain for DNA binding, you would predict that that protein may act by binding to DNA sequences. Jos proteiinin esimerkiksi on verkkotunnuksen DNA sitovia, voit ennustaa, että proteiini voi toimia sitoutumalla DNA-sekvenssejä.

A note on protein motif and protein domain database searches: Most proteins are modular with several domains.  If your protein or unknown proteni is most similar to a protein kinase, this does not necessarily mean that it is a kinase - it is possible the two proteins share several other domains (ie. several SH3 domains). Koskevan muistion proteiini motiivi ja proteiinin verkkotunnuksen hakuja: Useimmat proteiinit ovat modulaarisia, joissa on useita verkkotunnuksia. Jos proteiini tai tuntematon proteni on eniten samanlainen kuin proteiini kinaasi, tämä ei välttämättä tarkoita, että se on kinase - se on mahdollista kahden proteiinien jakaa useiden muiden alojen (eli useita SH3 domains).

See Our Link Database of Protein Motif Bioinformatic Tools Katso linkkitietokantaan proteiini Motif bioinformatiikan välineitä

Protein Motif Databases: Proteiini Motif Tietokannat:

CDD The Conserved Domain Database. CDD The säilytettävä Domain Database. Proteins often contain several modules or domains, each with a distinct evolutionary origin and function. Proteiinit sisältävät usein useita moduuleja tai verkkotunnuksia, joissa jokaisessa on erillinen evolutionaarisen alkuperän ja käyttötarkoituksen mukaan. NCBI's Conserved Domain Database is a collection of multiple sequence alignments for ancient domains and full-length proteins. NCBI: n säilytettävien Domain Tietokanta on kokoelma useita sekvenssi suuntauksiin, antiikin verkkotunnukset ja kokoillan proteiineja. The CD-Search service may be used to identify the conserved domains present in a protein query sequence. CD-Search-palvelua voidaan käyttää tunnistamaan säilytettävä verkkotunnukset läsnä proteiini kyselyn järjestyksessä.

CDD Keyword Search Search the Conserved Domain Database by Keyword at Entrez Pubmed. CDD Avainsanahakutulosten Etsi säilytettävä Domain tietokannasta avainsanan milloin Entrez PubMed.

CDART: Conserved Domain Architecture Retrieval Tool CDART: säilytettävien Domain Arkkitehtuuri Retrieval Tool

InterPro InterPro is a database of protein families, domains and functional sites in which identifiable features found in known proteins can be applied to unknown protein sequences. InterPro InterPro on tietokanta proteiinin perheille, verkkotunnukset ja toiminnallisia alueita, joissa tunnistettavia piirteitä löytyy tunnettuja proteiineja voidaan soveltaa tuntematon proteiinien sekvenssejä.

PROSite PROSITE is a database of protein families and domains. PROSite PROSITE on tietokanta proteiinin perheiden ja verkkotunnuksia. It consists of biologically significant sites, patterns and profiles that help to reliably identify to which known protein family (if any) a new sequence belongs. Se koostuu biologisesti merkittäviä alueita, käyttötavat ja-profiileja, joiden avulla voidaan luotettavasti tunnistaa, joiden tiedetään proteiinin perhe (tarvittaessa) uusi sekvenssi kuuluu.

Pfam Pfam is a large collection of multiple sequence alignments and hidden Markov models covering many common protein domains. Pfam Pfam on laaja kokoelma useita sekvenssi suuntauksiin ja kätketty Markovin malleja, jotka kattavat monia yhteisiä proteiini verkkotunnuksia. Pfam version 7.7b (October 2002) contains alignments and models for 4832 protein families, based on the Swissprot 40 and SP-TrEMBL Pfam versio 7.7b (lokakuu 2002) sisältää suuntauksiin ja mallit 4832 proteiini perheille, jotka perustuvat Swissprot 40 ja SP-TrEMBL

ProDom Protein Domain Database ProDom Protein Domain Database

PairsDB The Automatic Domain Decomposition Algorithm (ADDA) is used to generate a database of protein domain families with complete coverage of all protein sequences. PairsDB Automaattinen Domain Decomposition Algoritmi (Aatami) on käytettävä, jotta voitaisiin luoda tietokanta proteiini verkkotunnuksen perheiden kanssa täydellinen kattavuus kaikkien proteiinien sekvenssejä. Sequences are split into domains and domains are grouped into protein domain families in a completely automated process. Sequences on jaettu aloilla ja aloilla on ryhmitelty proteiini verkkotunnuksen perheitä on täysin automatisoitu prosessi. The current database contains domains for more than 1.5 million sequences in more than 40 000 domain families. Nykyinen tietokanta sisältää verkkotunnukset yli 1,5 miljoonaa sekvenssien yli 40 000 verkkotunnusta perheille. In particular, there are 3828 novel domain families that do not overlap with the curated domain databases Pfam, SCOP and InterPro. Erityisesti on 3828 romaani verkkotunnuksen perheitä, jotka eivät ole päällekkäisiä kanssa kuratoitu verkkotunnusten tietokantojen Pfam, SCOP ja InterPro. Data isfreely available for downloading and querying via a web interface. Tiedot isfreely ladata ja hakujen avulla web-käyttöliittymästä. See also: Katso myös:
PairsDB Domain Families Search PairsDB Domain Families Etsi
PairsDB Domain Families Browse PairsDB Domain Families Selaa

PRINTS PRINTS is a compendium of protein fingerprints. Tulosteet tulosteita on kooste proteiini sormenjäljet. A fingerprint is a group of conserved motifs used to characterise a protein family; its diagnostic power is refined by iterative scanning of a SWISS-PROT/TrEMBL composite. Sormenjälki on ryhmä säilytettävien kuviot, luonnehtimiseen käytetään proteiinin perhe; sen diagnostinen teho on paranneltu iteratiivisia skannaus on SWISS-PROT/TrEMBL komposiitti. Usually the motifs do not overlap, but are separated along a sequence, though they may be contiguous in 3D-space. Yleensä kuviot eivät ole päällekkäisiä, vaan ne ovat erillään pitkin järjestyksessä, vaikka ne voivat olla vierekkäisiä 3D-tilassa. Fingerprints can encode protein folds and functionalities more flexibly and powerfully than can single motifs, full diagnostic potency deriving from the mutual context provided by motif neighbours. Sormenjäljet voidaan koodata proteiineja folds ja toiminnot joustavammin ja voimakkaasti kuin voi yksin kuviot, täysi-diagnostiikkaan vaikutuskyvyn johtuvat keskinäistä yhteydessä antamien motiivi naapureille.

HITS Motif Scan Hits is a free database devoted to protein domains. HITS Motif Scan Hits on maksuton tietokanta omistettu proteiini verkkotunnuksia. It is also a collection of tools for the investigation of the relationships between protein sequences and motifs described on them. Se on myös kokoelma työkaluja tutkintaa varten väliset suhteet proteiinien sekvenssien ja kuviot kuvattu niitä. These motifs are defined by an heterogeneous collection of predictors, which currently includes regular expressions, generalized profiles and hidden Markov models Nämä kuviot on määritelty joka heterogeeninen kokoelma ennustavina, joka sisältää nykyisin säännöllisiä lausekkeita, yleistynyt profiilit ja piilossa Markov mallit

SMART Simple Modular Architecture Research Tool.  Goal: to allow automatic identification and annotation of domains in user-supplied protein sequences. SMART Simple Modular Architecture Research Tool. Tavoite: mahdollistaa automaattisen tunnistamisen ja annotation verkkotunnusten käyttäjän toimittama proteiinien sekvenssejä.

PROClass The ProClass database is a non-redundant protein database organized according to family relationships as defined collectively by ProSite patterns and PIR superfamilies. PROClass The ProClass tietokanta ei ole tarpeeton, proteiini-tietokanta järjestäytyneen mukaan perhesuhteita sellaisina kuin ne on määritelty kollektiivisesti ProSite malleja ja PIR superfamilies. The ProClass database can facilitate protein family information retrieval, unveil domain and family relationships, and classify multi-domained proteins, by combining global and motif similarities into a single family organization scheme. The ProClass Tietokannasta voi helpottaa proteiinin perhe information retrieval, paljastaa domain-ja perhesuhteet, ja luokittelee multi-domained proteiineja, yhdistämällä maailmanlaajuisen ja motiivi yhtäläisyyksiä yhdeksi perhe-organisaation piiriin.

ExPASY SWISS PROT Searchable index Molecular Biology Server of the University of Geneva: contains searchable index of SWISS-PROT. ExPASY SWISS PROT Haettavat hakemisto Molecular Biology Server, University of Geneve: sisältää haettavissa indeksi SWISS-PROT.

ExPASY PROSITE PROSITE is a database of protein families and domains. ExPASY PROSITE PROSITE on tietokanta proteiinin perheiden ja verkkotunnuksia. It consists of biologically significant sites, patterns and profiles that help to reliably identify to which known protein family (if any) a new sequence belongs. Se koostuu biologisesti merkittäviä alueita, käyttötavat ja-profiileja, joiden avulla voidaan luotettavasti tunnistaa, joiden tiedetään proteiinin perhe (tarvittaessa) uusi sekvenssi kuuluu.

SYSTERS Protein Family Database by Motifs SYSTERS Proteiini Family tietokannan Motifs

TIGRFAM Database are protein families based on Hidden Markov Models or HMMs. TIGRFAM Database ovat proteiinin perheet perustuvat Hidden Markov Models tai HMMs.

eMotif Search The eMOTIFS are derived from the multiple sequence alignments in the BLOCKS+ database. eMotif Etsi eMOTIFS ovat peräisin useita sekvenssi suuntauksiin, korttelin +-tietokannasta.

MOTIF : Can search multiple databases including: PROSITE Pattern, PROSITE Profile, BLOCKS, ProDom, PRINTS, Pfam, Pfam_fs for fragments, and a user-defined profile library. Motif: Voiko hakuja useisiin tietokantoihin myös: PROSITE kaava, PROSITE profiili, harkkoina, ProDom, painotyöt, Pfam, Pfam_fs-fragmentit, ja käyttäjän on määritelty profiilin kirjastoon.

HMM Search - Motif Search of a Protein Sequence using the Pfam-A Database of Protein Domains - Sanger Centre (UK). HMM Search - Motif-haku on Protein Sequence käyttäen Pfam-tietokannan Protein Domains - Sanger Centre (UK).

HMM Search - Motif Search of a Protein Sequence using the Pfam-A Database of Protein Domains - WUSTL (US). HMM Search - Motif-haku on Protein Sequence käyttäen Pfam-tietokannan Protein Domains - WUSTL (US).

MAST - Motif Alignment and Search Tool - Pasteur Inst (France). MAST - Motif Kohdistusta ja hakutyökalu - Pasteur Inst (Ranska).

MEME - Multiple EM for Motif Elicitation - Pasteur Institute (France). MEME - Useampi EM-Motif Elicitation - Pasteur Institute (Ranska).

MOTIF - Pattern Search Service - Iowa State U (US) . Motif - Kaavan Search Service - Iowa State U (US).

PatternFind - Sequence Pattern Search- Pattern Search of several databases including: Swiss-Prot, TrEMBL, Swiss-Prot splice variants, trEST, trGEN, PatternFind - Sequence Kaavan haku-Pattern Search useita tietokantoja, mukaan lukien: Swiss-PROT, TrEMBL, Swiss-PROT splice vaihtoehdot, trEST, trGEN,
trome, Current ENSEMBL peptides for all species, Microbial complete proteomes, RefSeq Release, RefSeq weekly updates, PATTINPROT - Query Sequence Pattern Search - Pole Bio-Informatique Lyonnaise (France), Pratt2.1 - Pattern Discovery Tool, Pratt - U Helsinki (Finland), Pratt - Pasteur Inst (France), Pratt - Inst Informatik-U Bergensis (Norway), Pratt - EBI (UK). trome, Current ENSEMBL peptidejä kaikkia lajeja, mikrobien täydellinen proteiinien, RefSeq Release, RefSeq viikoittain päivitykset, PATTINPROT - Query Sequence Kaavan Search - Pole Bio-Informatique Lyonnaise (Ranska), Pratt2.1 - Pattern Discovery Tool, Pratt - U, Helsinki (Suomi ), Pratt - Pasteur Inst (Ranska), Pratt - Inst Informatik-U Bergensis (Norja), Pratt - EBI (UK).

PROSITE - Profile Motifs Searches of ProSite Database. PROSITE - Profiili Motifs haut ProSite Database.

PROSITE Search - Genestream - IGH Montpellier (France). PROSITE Search - Genestream - vaihdenapojen Montpellier (Ranska).

ScanProsite - Scan a Protein Sequence against the PROSITE DB - ExPASy (Switzerland). ScanProsite - Scan proteiini Sequence vastaan PROSITE DB - ExPASy (Sveitsi).

Plant Protein Motif Databases: Kasvivalkuaisen Motif Tietokannat:

PlantP PlantP

PHYTOPROT The general procedure behind PHYTOPROT consists in performing an "all-by-all" comparison of (putative) protein sequences with the BIOFACET software, building clusters of sequences (Mohseni-Zadeh et al., Recomb 2003) based on their similarity and finally displaying à la Prodom the domains shared by the sequences in each cluster PHYTOPROT olevan yleisen menettelyn taustalla PHYTOPROT koostuu suorittamisessa "all-all" vertailu (putative) proteiinien sekvenssien kanssa BIOFACET ohjelmistot, rakentamisen klustereita sekvenssien (Mohseni-Zadeh et al., Recomb 2003), joka perustuu niiden samankaltaisuus ja lopulta näyttämällä à la Prodom aloilla yhteisiä sarjoissa kunkin klusterin

Integr8 Arabidopsis Thalania Provides information about protein using keyword search. Integr8 Arabidopsis Thalania tarjoaa tietoa proteiinin käyttäen avainsanan hakuun. Contains Domain information within the search. Sisältää Domain tiedon etsintää.

Pfam Arabidopsis Protein Families Pfam Arabidopsis Proteiini Families

Parasite Protein Motif Databases: Parasite Proteiini Motif Tietokannat:

Parasite Motif Search Parasite Motif Database. Parasite Motif Etsi Parasite Motif Database. Databases of: All Leishmania, Leishmania major Friedlin, Trypanosoma brucei, Trypanosoma cruzi, All Crithidia, All kinetoplastids, Plasmodium falciparum, All Plasmodium, Toxoplasma gondii, All Apicomplexa, All Schistosoma, All Filarioidea. Tietokannat: Kaikki Leishmania, Leishmania suuria Friedlin, Trypanosoma brucei, Trypanosoma cruzi, Kaikki Crithidia, Kaikki kinetoplastids, Plasmodium falciparum, Kaikki Plasmodium, toksoplasma gondii, Kaikki Apicomplexa, Kaikki Schistosoma, Kaikki Filarioidea.

Other Species Protein Motif Databases: Muut lajit Proteiini Motif Tietokannat:

Other Species at Integr8 Muita lajeja Integr8

Pfam other species Pfam muiden lajien