Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatiikka, pöytäkirjat, DNA-RNA-Proteiini proteomiikka

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Biologia Etusivu pöytäkirjojen bioinformatiikan välineitä Biologia Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us!

home > protein-microarrays > protein-chip-attachment > index.php etusivu> proteiini-microarray> proteiini-siru-liite> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Molecular Biology Etusivu Tiede Uutiset Science Videos DNA-RNA-Proteiini proteomiikka Tutkimus BETA! Bioinformatics Lab-laitteet Molecular Biology Techniques Molecular Biology liittyviä tuotteita ja palveluja Biology Links

Molecular Biology Blog Molecular Biology Blog

Send this page to a friend Send this page to a friend

Intracellular Stations Solunsisäiset asemat

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Vasta Botany yhteisen Puskurit Puskurit Alphabetic Bookstore solubiologian ja kulttuuri geelielektroforeesilla histologian microarray Immunology massaspekrometria mikrobiologian laitos Molecular Imaging peptidi proteomiikka Proteiini Microarray Chips PCR-Real-Time PCR RNAi ja SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot

Protein Array Protocols Proteiini Array pöytäkirjat	Protein Array Bioinformatics Proteiini Array Bioinformatiikka	Learn about Protein Arrays Opi Proteiini Järjestää	Protein Array Kits and Products Proteiini Array Kits ja Tuotteet	Protein Array Forum Proteiini Array Forum	Proteomic News Proteomic Uutiset

Protein Attachment to Microarray Chips Proteiini liitetiedoston Microarray Chips

Protein and Antibody Microarrays Proteiini ja Antibody microarray

Creation and Manufacture of Protein and Antibody Microarray Chips Creation-ja valmistus-ja vasta-aineteknologiat Microarray Chips

Attachment Attachment
To attach proteins to a solid surface, the surface of the substrate has to be modified to achieve maximum binding capacity (8,27).  The proteins are attached to the chip on a protein attachment layer (see Figure 3).  This layer is typically an organic film which varies with the nature of the application.  A variety of materials have been studied including agarose (39), dextran-based hydrogel (40), porous polyacrylamide hydrogel  hydrophilic polymers and polyamino acids (41). Jos haluat liittää proteiineja vankka pinta-alasta, pinta-ala on substraatti on muutettu, jotta saavutettaisiin mahdollisimman sitova kapasiteetti (8,27). Proteiinien liitteenä on pelimerkki proteiini liitetiedostona layer (ks. kuva 3). Tämä kerros on tyypillisesti orgaanisen kalvon, joka vaihtelee sen mukaan, millaisia soveltamista. monenlaisia materiaaleja on tutkittu myös agaroosi (39), dextran-pohjainen hydrogeeliä (40), huokoinen polyakryyliamideista hydrogeeliä Vesihakuinen polymeerit ja polyamino hapot (41).
A convenient attachment method used nitrocellulose-membrane or poly-L-Lysine coated glass such that proteins could be passively absorbed onto the surface through non-specific interactions (34,42,43).  The attached proteins bind onto the surface in random orientations and can be washed off under stringent washing conditions.  However, the noise level is usually higher because of the non-specific absorption/adsorption. A convenient liitetiedostona käytetty menetelmä nitroselluloosa-kalvo tai poly-L-lysiini pinnoitettu lasi sellainen, että proteiineja voisi olla passiivisesti absorboitunut onto pinnan kautta ei ole erityisiä vuorovaikutus (34,42,43). Liitteenä proteiineja sitomaan onto pinnan satunnaisia linjauksista ja voidaan pestä pois tiukassa pesu edellytykset. kuitenkin, että melutaso on yleensä korkeampi, koska ei-Specific Absorption / adsorptio.
A more specific and stronger attachment is achieved by creating reactive surfaces on glass that can covalently cross-link to proteins (31,36,26).  A bifunctional silane cross-linker is used to form a self-assembled monolayer (SAM), which has one functional group that reacts with the hydroxyl groups on glass the glass surface, and another group which is free to react with primary amine groups of proteins or can be further chemically modified to reach maximum specificity (44,45).  Another variation is gold-coated glass (46,47).  The advantage of gold-coated chips is that SPR and mass spectrometry can be integrated as detection methods to monitor the dynamics of the reaction, and to identify the captured molecules. Yksityiskohtaisemman ja vahvempi kiinnitys on saavuttaa luomalla reaktiivinen pinta, lasi, että voi covalently cross-link proteiineihin (31,36,26). Bifunctional silaani cross-linker käytetään muodostamaan itsenäisesti monolayer (SAM), jotka on yksi toiminnallinen ryhmä, joka reagoi kanssa hydroksyyli ryhmien lasi lasin pintaan, ja toiseen ryhmään, joka on vapaasti reagoida ensisijainen amiini ryhmien proteiinien tai voidaan edelleen kemiallisesti muuntamattomat päästä enintään spesifisyys (44,45). Toinen muutos on kultaa - pinnoitettu lasi (46,47). etuna kulta-pinnoitettu sirut on, että SPR ja massaspektrometria voidaan integroida kuten havaitsemisen menetelmiä, joilla seurataan dynamiikkaa reaktio, ja yksilöidä kaapattu molekyylejä.
The above-mentioned covalent cross-linking approaches however have a disadvantage. Edellä mainitut covalent rajat yhdistävät lähestymistavat on kuitenkin haitaksi. Due to the fact that reactive ligands also exist in the side chains of proteins it is possible that their random attachment may alter the native confirmation of proteins, reduce the activity of proteins, or make them inaccessible to probes (8,27). Johtuu siitä, että reaktiivisen ligands myös olemassa sivuvaikutuksia ketjujen proteiinien se on mahdollista, että niiden satunnaisesti liittymiä voi muuttaa natiivi vahvistus proteiineja, vähentää toiminnan proteiineja, tai tehdä niistä näe luotaimiin (8,27).
In order to orient proteins uniformily away from the surface of the chip, proteins may be fused with a high-affinity tag at their amino or carboxy termini.  With this method, immobilized proteins/antibodies are more likely to remain in their native conformation, thus allowing the analytes efficient access to the active sites of the proteins.  This method was first successfully demonstrated with the attachment of 5800 fusion proteins containing a His tag onto a nickel-coated glass slide (26).  Other affinity methods such as glutathione/GST have also been used (48). Jotta suuntaavat proteiinien uniformily pois pinta-ala on siru, proteiineja voidaan sulatettu, joilla on korkea affiniteetti tag niiden amino tai karboksi terminaaleista. Tällä menetelmällä, seisonta-proteiinien / vasta-aineet ovat todennäköisesti pysymään niiden kotoperäisessä lihakkuus, joten sallimalla analyytit tehokas pääsy aktiivisen sivustoille proteiineja. Tämä menetelmä on ensimmäistä kertaa onnistuneesti osoitettu takavarikointi 5800 fuusio proteiineja sisältävä Hänen tag johonkin nikkeli-pinnoitettu lasi, slide (26). Muut lankoussuhteista menetelmiä, kuten glutationin / GST on Lisäksi on käytetty (48).
Streptavidin based immobilization methods have been also widely employed to attach any biotinylated biological element to the array surface (49). Streptavidiini perustuu poistettu menetelmät on myös laajalti palveluksessa liittää kaikki biotinyylillä biologinen merkitys array-ala (49).
The chip support material is important because proteins are highly sensitive to physiochemical properties.  For example, polar arrays are chemically treated to bind to hydrophilic proteins however such surfaces are unsuitable for cell membrane proteins (eg G-protein coupled receptors) as they possess hydrophobic domains (9). Sirulle tukevan materiaalin on tärkeää, koska proteiinit ovat erittäin herkkiä Fysikaalis-kemiallisten ominaisuuksia. Esimerkiksi napa-taulukot ovat kemiallisesti käsiteltyjä sitoutuvan Vesihakuinen proteiinien kuitenkin tällaiset pinnat ovat sopimattomia solun kalvojen proteiineja (esim. G-proteiini kytkettäväksi reseptorit), koska ne omistavat hydrofobinen verkkotunnukset (9).
Proteins do not behave like nucleic acids, and different proteins will behave in different ways when exposed to the same surface chemistry.  Different types a surface chemistries will thus promote the retention of some proteins and cause denaturation or loss of activity of others.  Therefore, the proper choice of surface chemistry is important as this will allow immobilized proteins of diverse types to retain their secondary and tertiary structures, and thus their biological activity.  This problem is magnified when the number of different spots on the chip increases, as there may be 100 different ways to immobilize 100 different proteins in order to obtain proper folding and function of all the proteins.  Also a significant problem is because the functions of most proteins are currently unknown, so there is no method to actually test whether they are still functional on the chip (7). Proteiinit eivät käyttäydy kuten nukleiinihapot, ja eri proteiineja käyttäytyy eri tavoin kun alttiina samalle pinta-kemia. Erilaisia pinta kemianteollisuuden näin edistää säilyttäminen joidenkin proteiinien ja aiheuttaa denaturointi tai menettäminen toiminta toiset. Näin ollen asianmukainen valinta pinta kemia on tärkeä, koska tämä mahdollistaa seisonta-proteiineja eri tyypit voivat säilyttää ja korkea-asteen rakenteita, ja siten niiden biologinen aktiivisuus. Tämä ongelma on suurentaa, kun useita eri paikoissa sirulle lisää, sillä voi olla 100 eri tavoin immobilize 100 eri proteiineja saadakseen asianmukaisen taittuvat ja tehtävä kaikki proteiineja. myös merkittävä ongelma on, koska tehtävät eniten proteiineja ovat tällä hetkellä tunneta, joten ei ole mitään menetelmää todellisuudessa testata, ovatko ne edelleen toiminnallisia, siru (7).

Next: Protein Chip Delivery Methods Seuraava: Proteiini Chip Delivery Methods

References for Protein and Antibody Microarrays Viitteet: Proteiini ja Antibody microarray

Back to: Takaisin:

Introduction and Background to Protein Chips and Antibody Chips. Johdanto ja tausta Proteiini-sirut ja Antibody Chips.

Types of Antibody and Protein Chips Types of Antibody ja proteiinin Chips