Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatiikka, pöytäkirjat, DNA-RNA-Proteiini proteomiikka

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Biologia Etusivu pöytäkirjojen bioinformatiikan välineitä Biologia Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us!

home > protein-microarrays > index.php etusivu> proteiini-microarray> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Molecular Biology Etusivu Tiede Uutiset Science Videos DNA-RNA-Proteiini proteomiikka Tutkimus BETA! Bioinformatics Lab-laitteet Molecular Biology Techniques Molecular Biology liittyviä tuotteita ja palveluja Biology Links

Molecular Biology Blog Molecular Biology Blog

Send this page to a friend Send this page to a friend

Intracellular Stations Solunsisäiset asemat

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Vasta Botany yhteisen Puskurit Puskurit Alphabetic Bookstore solubiologian ja kulttuuri geelielektroforeesilla histologian microarray Immunology massaspekrometria mikrobiologian laitos Molecular Imaging peptidi proteomiikka Proteiini Microarray Chips PCR-Real-Time PCR RNAi ja SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot

Protein Array Protocols Proteiini Array pöytäkirjat	Protein Array Bioinformatics Proteiini Array Bioinformatiikka	Learn about Protein Arrays Opi Proteiini Järjestää	Protein Array Kits and Products Proteiini Array Kits ja Tuotteet	Protein Array Forum Proteiini Array Forum	Proteomic News Proteomic Uutiset

Protein Microarray Chips Proteiini Microarray Chips

Protein and Antibody Microarrays Proteiini ja Antibody microarray

Table of Contents Table of Contents

Introduction and Background to Protein and Antibody Microarrays Johdanto ja tausta-ja vasta-aineteknologiat microarray

Types of Antibody and Protein Chips Types of Antibody ja proteiinin Chips

Protein and Antibody Attachment Methods - Creation of a Microarray Chip Proteiini ja Antibody Attachment Methods - Luodaan Microarray Chip

Protein Chip Delivery Methods Proteiini Chip Delivery Methods

Protein Chip Capture Molecules and Their Limitations Proteiini Chip Capture molekyylejä ja niiden rajoituksien

Antibody Microarrays: Problems and Solutions Vasta microarray: ongelmia ja ratkaisuja

Protein Microarray Detection Methods and Analysis Proteiini Microarray Detection Methods and Analysis

Protein Production for Protein Arrays Proteiinin tuotanto-Proteiini Järjestää

Applications of Protein Arrays and Protein Chips Hakemukset proteiini Järjestää ja proteiinin Chips

Protein Microarrays: Future Directions and Conclusions Proteiini microarray: Tulevat suunnat ja päätelmät

References for Protein and Antibody Microarrays Viitteet: Proteiini ja Antibody microarray

Introduction and Background to Protein and Antibody Microarrays. Johdanto ja tausta-ja vasta-aineteknologiat microarray.

In spite of recent advancements in our understanding of molecular biology, in many cases we are unable to implicate specific proteins with a disease.  Genomics and microarray technology have allowed us to analyze thousands of mRNAs at one time and determine whether mRNA expression is changed in disease states.  However, researchers have long known that the concentration of an mRNA within a cell is poorly correlated with the actual abundance of that protein (1,2,3). Huolimatta viimeaikaisista edistysaskeleista ymmärrystämme molekyylibiologia, monissa tapauksissa emme voi koskea erityiset proteiinit, joiden tauti. Genomitutkimus ja microarray teknologia ovat antaneet meille mahdollisuuden analysoida tuhansien mRNAs yhdellä kertaa ja päättää, onko mRNA ilmaisu on muuttunut taudin valtioissa. kuitenkin tutkijat ovat jo pitkään tiedossa, että pitoisuus on mRNA-solu on huonosti korreloivat todellinen runsaasti, että proteiini (1,2,3).  This is due to the fact that the rate of degradation of individual mRNAs and proteins differ, post-transcriptional control of protein translation (4), a number of post-transcriptional modifications of protein (5), and protein degradation by proteolysis (6). Tämä johtuu siitä, että korko huonontumisesta yksittäisten mRNAs ja proteiinien erilaisia, post-transcriptional valvonta proteiini käännös (4), useita post-transcriptional muutoksia proteiinin (5), ja proteiinin hajoaisi proteolysis (6) .
By measuring the amount of the specific protein directly, we are measuring a true level of gene function.  However, when one takes into consideration the large number of post-translational modifications, human cells may contain a million or more different protein variants, any of which could be altered in disease making the task of analyzing all of them a huge task. Mittaamalla erityisvalmisteveron määrän proteiinia suoraan, olemme mittalaitteiden todellinen taso geenin tehtävä. Kuitenkin kun otetaan huomioon suuri joukko post-translaatiotutkimuksessa muutoksia, ihmisen soluja voi olla miljoona tai useamman eri proteiinin vaihtoehdot, mikä tahansa jotka voitaisiin muuttaa taudin tehdä tehtävänä on analysoitava kaikki ne valtava tehtävä.  Protein microarrays or protein chips may allow for a solution to this problem.  A slide or "chip" could be spotted with thousands of known antibodies or peptides like a DNA microarray, a biological sample spread over the chip, and any binding determined. Proteiini microarray tai proteiini-sirut voivat sallia, että ratkaisu tähän ongelmaan. Levyllä tai "siru" voitaisiin havaita tuhansia tiedetään vasta-aineita tai peptidejä, kuten DNA microarray, biologinen näyte porrastaa sirulle, ja mitään sitovaa määritetty.  Binding could also be analyzed using standard proteomic techniques such as time-of-flight mass spectrometry (MS) and peptide mass fingerprinting. Sitovat voitaisiin myös analysoinut käyttäen standardin proteomic tekniikoita, kuten aika-lennon massaspektrometriaa (MS) ja peptidi massa sormenjälkien.  Protein chips can thus become a fast and high-throughput method of profiling protein changes in disease. Proteiini siruja voi siis tulla nopeasti ja korkea-läpijuoksu menetelmä profilointi proteiini muutoksia tauti. (7)

Protein chips have the potential to function in many other applications including the study of protein–protein, protein–drug interactions, DNA-protein interactions, protein localization, antigen-antibody interactions, enzyme-substrate, and receptor-ligand interactions all of which may be amendable to array-type high-throughput screening (7,8). Proteiini-sirut on mahdollisuuksia toimia monissa muissa sovelluksissa, mukaan lukien tutkimus proteiini-proteiini-, proteiini-huumeiden vuorovaikutukset, DNA-proteiini vuorovaikutusten, proteiini localization, antigeeni-vasta-aineiden yhteisvaikutukset, entsyymi-substraatti, ja reseptori-ligandi vuorovaikutusten kaikki, jotka voivat on tarkistettavissa array-tyyppisten korkea-läpijuoksu seulonta (7,8).

Two approaches have been used in order to characterize multiple proteins in a biological sample.  The first approach is 2-dimensional gel electrophoresis, which has been widely used to separate and visualize up to 2000-10,000 proteins in a single experiment by excision and identification by mass spectrometry (MS) (9).  This method is both time consuming and even with MS, only the most abundant proteins can be detected.  Also, reproducibility is problematic, even though pre-cast gels and commonly used reagents, protocols, and hardware components have led to improved performance (17).  Due to the limitations of 3D-gel separation technology, increasing attention is focusing on the development of the second approach, the development of protein microarrays as an alternative and complementary approach (10-12). Kaksi lähestymistapoja on käytetty, jotta voidaan luonnehtia useita proteiineja biologinen näyte. Ensimmäinen lähestymistapa on 2-ulotteinen geelielektroforeesilla, joka on laajasti käytetty erillinen ja visualisoida jopa 2000-10000 proteiineja yhden kokeilun, jonka excision ja tunnistamista massaspektrometriaa (MS) (9). Tämä menetelmä on sekä aikaa vievää ja jopa MS, vain kaikkein runsaasti proteiineja voidaan havaita. Myös uusittavuus on ongelmallista, vaikka pre-cast geelit ja yleisesti käytetyt reagenssit, protokollien ja hardware komponentit on johtanut parempaan suorituskykyyn (17). Johtuen rajoituksista 3D-geeliä erottaminen teknologia, kasvava huomio keskittyy kehittämisestä annetun toisen lähestymistavan kehittämistä proteiini microarray jotka muodostavat vaihtoehtoisen ja täydentävän lähestymistavan (10-12).
The theoretical background for protein microarray-based ligand binding assays was initially developed by Ekins et al. Teoreettinen tausta proteiini microarray-pohjainen ligandi sitovia Määrityksissä on alun perin kehitetty Ekins et al. in the late 1980s (13-16).  According to the model, antibody microarrays not only would permit simultaneous screening of an analyte panel, but would also be more sensitive and rapid than conventional screening methods.  Interest in screening large protein sets only arose as a result of the achievements in genomics by DNA microarrays and the Human Genome Project (17). vuonna 1980-luvun lopulla (13-16). mallin mukaisesti, antibody microarray ei ainoastaan mahdollistaisi samanaikaisesti seulonnasta tutkittavan paneeli, mutta olisi myös herkempiä ja nopea kuin perinteiset seulontamenetelmät. Korot seulonnan suuri proteiinin asetetaan vain syntyi kuin seurauksena saavutusten genomitutkimus DNA microarray ja Human Genome Project (17).

The first array approaches attempted to miniaturize biochemical and immunobiological assays usually performed in 96-well microtiter plates (18-19).  96-well antibody arrays were first created with 144 elements each for standard enzyme-linked immunosorbent assays (ELISAs) (20).  Similar arrays were used to measure prostate-specific antigen (PSA) and cytokines (21). Ensimmäinen jono lähestymistapoja yritti miniaturize biokemiallisten ja immunobiologiset Määrityksissä tavallisesti suoritettava 96-hyvin Mikrotiitterilevyjen kilvet (18-19). 96-hyvin-vasta-järjestelmät oli ensin luotu 144 elementit kukin standardi entsyymi-immunologiset määritykset (ELISA) (20) . Samanlaisia taulukot käytettiin mittaamaan eturauhasen-antigeenin (PSA) ja sytokiinien (21).

Filter membranes were also initially used because of their superior protein binding capacity.  They were mostly probed with antibodies using ELISA techniques.  A low density array of 48 purified proteins involved in transcription was developed for the investigation of specific interactions of proteins with radiolabeled DNA, RNA, ligands, and other small chemicals (22).  A membrane-based high density array was developed for the purpose of screening a human fetal brain cDNA expression library consisting of 37830 clones.  Purified proteins were spotted onto PVDF membranes at a density of 300 samples/cm2 (23).  Other filter based arrays were constructed but the limitations were the low resolution and considerable background making it difficult to use them in applications with limiting sample quantities such as protein expression profiling of tumor biopsies. Suodattimen kalvot olivat myös alun perin käytetty, koska heidän esimiehensä proteiineihin. Ne olivat enimmäkseen probed kanssa vasta-aineiden ELISA-tekniikoilla. Alhaisen tiheyden array, 48 puhdistetun proteiinien mukana kääntäminen on kehitetty tutkintaa varten erityinen vuorovaikutus proteiinien kanssa radioaktiivisesti DNA, RNA , Ligands, ja muut pienet kemikaaleja (22). Membrane-pohjainen high density jono oli kehitetty varten seulonta ihmisen sikiön aivojen cDNA ilmaisun kirjasto koostuu 37830 klooneja. Puhdistettu proteiinit olivat täplikkäät onto PVDF-kalvot ja jonka tiheys on 300 näytettä / cm2 (23). Muut suodatin perustuvat järjestelmät on rakennettu, mutta rajoitukset olivat matala resoluutio ja huomattavia tausta minkä vuoksi on vaikea käyttää niitä sovelluksia, joilla rajoitetaan näytteen suureita, kuten proteiinien ilmaisun profilointi kasvain biopsies.

Protein arrays are compromised of a library of proteins or antibodies immobilized in a 2D addressable grid on a chip (see Figure 1).  Protein microarray biochips extract and retain targets from liquid media and are distinct from microfluidic biochips, which separate and process proteins in a transport medium in situ using microfluidic devices (24,25).  A typical array may contain 103-104 spatially distinct elements within a total area of 1 cm2 (26). Proteiini taulukot ovat vaarassa, kirjasto proteiinien tai vasta seisonta-, 2D osoitteellinen grid-siru (ks. kuva 1). Proteiini microarray biochips uutetta ja säilyttää tavoitteita nestemäisten tiedotusvälineiden ja ovat erillään mikrokanava biochips, joka erillinen ja käsitellä proteiineja, liikenteen keskisuurten in situ käyttäen mikrokanava laitteet (24,25). Tyypillinen jono voi sisältää 103-104 alueellisesti erilliset elementit joka kokonaispinta-ala on 1 cm2 (26).

Next: Types of Antibody and Protein Chips Seuraava: Types of Antibody ja proteiinin Chips

References for Protein and Antibody Microarrays Viitteet: Proteiini ja Antibody microarray