Welcome to Molecular Station! Tervetuloa Molecular Station!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Sinun täytyy rekisteröityä ennen kuin voit lähettää meidän foorumeilla tai käyttää lisätoimintoja. Register Now! Register Now! Its Free and Fast! Sen vapaata ja nopeaa!

Already registered? Oletko jo rekisteröitynyt? Login now below. Login nyt alla.

User Name: User Name:

Password: Salasana:

Remember Me? Remember Me?

Already registered and Forgot your password? Jo rekisteröity ja Unohditko salasanasi? Click below to recover it. Klikkaa alhaalta sitä takaisin.

Recover Lost Password Recover Lost Password

Join now - it's fast and free! Liity nyt - se on nopeaa ja ilmaista!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Molecular Station on suurin verkosto, tutkijat, tiedemiehet ja tieteen ystäville!

Recent Forum Posts Uusi Forum Posts

Gene Expression Analysis - Bioinformatics Gene Expression Analysis - Bioinformatiikka

Gene expression can be determined by several methods including in broad terms protein expression, and mRNA expression. Geenien ilmentyminen voidaan määrittää useita menetelmiä myös väljästi proteiini sananvapautta, ja mRNA ilmaisua.

mRNA Expression Analysis mRNA Expression Analysis

mRNA expression analysis or expression of mRNA levels can be assayed by multiple techniques at a large-scale level these include: mRNA ilmaisun analyysiä tai ilmaus mRNA tasoja voidaan testattava useiden tekniikoiden laajamittaiset tasolla näitä ovat muun muassa:

• cDNA microarray analysis cDNA microarray analyysi
• EST or expressed cDNA sequence tags EST tai ilmaistaan cDNA sekvenssi tags
• SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) SAGE (Serial analyysi geenien ilmentyminen)
• Massively Parallel Signature Sequencing (MPSS) Massively Parallel allekirjoittaneet jaksottamisessa (MPSS)
• multiplexed in-situ hybridization multipleksoituna in-situ hybridization

At a smaller scale or to confirm results of a larger-scale one can use the following mRNA expression techniques: Samaan pienemmässä mittakaavassa tai vahvistamaan tulokset suuremman mittakaavan voidaan käyttää seuraavia mRNA ilmaisun tekniikoita:

• RT-PCR
• Real-Time PCR Real-Time PCR
• Ribonuclease protection assay (RPA) Ribonukleaasin suojelun määritysalustaan (RPA)

However, bioinformatic analysis can be used. Kuitenkin bioinformatiikan analyysi voidaan käyttää. Bioinformatic analysis allows the bypassing of biological measurement bias and noise of the specific techniques and uses statistical tools to separate significant change in gene expression from noise in large-scale or high-throughput gene expression studies. Bioinformatiikan analyysin avulla ohittaminen biologisia mittaus ennakkoluulottomasti ja melua koskevien erityisten tekniikoiden ja käyttää tilastollisia työkaluja erillinen merkittävä muutos geenien ilmentyminen, melu laajamittaisesti tai korkea-läpijuoksu geenien ilmentyminen tutkimuksia.

Such studies can be employed to determine the genes implicated in a disorder: one might compare microarray data from cancerous epithelial cells to data from non-cancerous cells to determine the transcripts that are up-regulated and down-regulated in a particular population of cancer cells. Tällaiset tutkimukset voivat olla työssä määrittää geenien yhteys sairaus: yksi voisi verrata microarray tiedot cancerous epiteelinäytteet solujen tietoja ei-cancerous solujen määrittää transkriptiota, jotka ovat up-säänneltyjen ja alas-säännellään erityisesti väestön syöpä solujen .

Affymetrix GeneChip Technology Analysis Affymetrix GeneChip Technology Analysis

Affymetrix GeneChip Technology is used frequently to analyse mRNA expression patterns using a microarray approach. Affymetrix GeneChip teknologiaa käytetään usein analysoida mRNA ilmaisun muotoja käyttäen microarray lähestymistapaa.

Raw data generated from GeneChip probe arrays can be analyzed using the Affymetrix (MAS)4.0 and MAS5.0 (Microarray Analysis Suite) software. Raaka-data tuottaa GeneChip koetin taulukot voidaan analysoida käyttäen Affymetrix (MAS) 4,0 ja MAS5.0 (Microarray Analysis Suite)-ohjelmisto.

Microarray Analysis Suite software is able to calculate a variety many measurements using the hybridization intensities measured by the scanner from the probe arrays. Microarray Analysis Suite-ohjelmisto on voitava laskea eri monet mittaukset käyttäen hybridization intensiteetit mitataan skannerista, koetin taulukot.

Some Affymetrix analysis algorithms Jotkut Affymetrix analyysin algoritmit

Raw Data Analysis Raw Data Analysis

The intensity from the entire probe array is used for Background and Noise calculations in raw data analysis. The intensiteettiä koko koetin jono on käytetty tausta ja Noise laskelmat raaka data-analyysi.

Other metrics compare the intensities of the sequence-specific Perfect Match (PM) probe cells with their control Mismatch (MM) probe cells for each probe set to determine if a transcript is Present (P), Marginal (M), or Absent (A). Muut käyttötiedot vertailla intensiteetit järjestysnumero-Perfect Match (PM) koetin solujen ja niiden valvonta Mismatch (MM) koetin solujen kunkin koetin asetetaan selvittämään, onko transkripti on läsnä (P), marginaalinen (M), tai se puuttuu (A ). Next, the numbers of Positive and Negative probe pairs are determined for every probe set. Seuraava numerot, myönteisiä ja kielteisiä koetin paria määritetään jokaisen koetin asetetaan. The numbers of Positive and Negative probe sets are then used to derive metrics that describe the performance of each probe set, the Positive Fraction and the Pos/Neg Ratio. Sen numeroiden myönteisten ja kielteisten koetin asetetaan ovat sitten käytetään saada vertailulukuja, jotka kuvaavat, miten kukin koetin asettaa, Positiiviset jakeen ja POS / NEG Ratio. Raw data analysis also results in Absence and Presence Calls, Average difference, and Expression Levels. Raw data-analyysi myös tulosten puuttuessa ja olotila vaatii, keskimääräinen ero, ja Expression Levels.

Comparison Analysis Vertailu-analyysi

Comparison analysis gives Normalization and Scaling, Fold Change Calculation and Correlation Coefficients. Vertailu analyysi antaa normalisointi ja skaalaus, Fold Muuta laskeminen ja korrelaatiokertoimet.

Functional Relationships Toiminnalliset Ihmissuhteet

Functional Relationships can be assayed by using several methods including: Toiminnalliset Ihmissuhteet voivat olla testattava käyttämällä useita menetelmiä, mukaan lukien:

• Listing genes by changes in their expression including fold-Increase or Decrease Listing geenien muutokset niiden sananvapautta, mukaan lukien fold-lisätä tai vähentää
• Phylogenetic Trees Phylogenetic Puut
• Self-Organizing Maps Self-Organizing Maps
• Relevance Networks Tarkoituksenmukaisuus Networks

Protein Expression Analysis Protein Expression Analysis

See protein expression analysis for more information on this topic. Katso proteiini ilmaisun analysointia varten enemmän tietoa tästä aiheesta.

Gene Expression Bioinformatics Forum Gene Expression Bioinformatics Forum

Discuss and post questions about gene expression in the Bioinformatics Forum . Keskustele ja lähettää kysymyksiä geenien ilmentyminen, Bioinformatics Forum.