Welcome to Molecular Station! Tervetuloa Molecular Station!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Sinun täytyy rekisteröityä ennen kuin voit lähettää meidän foorumeilla tai käyttää lisätoimintoja. Register Now! Register Now! Its Free and Fast! Sen vapaata ja nopeaa!

Already registered? Oletko jo rekisteröitynyt? Login now below. Login nyt alla.

User Name: User Name:

Password: Salasana:

Remember Me? Remember Me?

Already registered and Forgot your password? Jo rekisteröity ja Unohditko salasanasi? Click below to recover it. Klikkaa alhaalta sitä takaisin.

Recover Lost Password Recover Lost Password

Join now - it's fast and free! Liity nyt - se on nopeaa ja ilmaista!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Molecular Station on suurin verkosto, tutkijat, tiedemiehet ja tieteen ystäville!

Recent Forum Posts Uusi Forum Posts

Comparative Genomics - Bioinformatics Vertaileva genomitutkimus - Bioinformatiikka

Comparative Genomics Introduction Vertaileva genomitutkimus Johdanto

Comparative genomics is the study of relationships between the genomes of different species or strains. Vertaileva genomitutkimus on tutkimuksen väliset suhteet genomien eri lajeja tai kantoja. Comparative genomics is an attempt to take advantage of the information provided by the signatures of selection to understand the function and evolutionary processes that act on genomes. Vertaileva genomitutkimus on pyrkimys hyödyntää antamien tietojen allekirjoitukset valinta ymmärtää funktio ja kehittyvät prosessit, jotka toimivat genomeina. While it is still a young field, it holds great promise to yield insights into many aspects of the evolution of modern species. Vaikka se on vielä nuori alalla, se pitää erittäin lupaavat tuottaa oivalluksia huomioon monia näkökohtia kehittymisen nykyaikaisen lajeja. The sheer amount of information contained in modern genomes (several gigabytes in the case of humans) necessitates that the methods of comparative genomics are mostly computational in nature. Pelkkä tiedon määrä sisältyvät nykyaikainen genomien (useita gigatavua, kun on kyse ihmisten) edellyttää, että menetelmiä vertaileva genomitutkimus ovat enimmäkseen laskennallisen luonteeltaan. Gene finding is an important application of comparative genomics, as is discovery of new, non-coding functional elements of the genome. Gene havainto on tärkeä soveltamisesta vertaileva genomitutkimus, sellaisena kuin se on löydettyään uuden, ei-koodaavien toiminnalliset tekijät genomiin.

Comparative genomics exploits both similarities and differences in the proteins, RNA, and regulatory regions of different organisms to infer how selection has acted upon these elements. Vertaileva genomitutkimus hyödyntää molempia yhtäläisyydet ja erot proteiineja, RNA, ja sääntely-alueilla eri organismit päätellä, miten valinta on toiminut, kun nämä tekijät. Those elements that are responsible for similarities between different species should be conserved through time (stabilizing selection), while those elements responsible for differences among species should be divergent (positive selection). Nämä tekijät, jotka ovat vastuussa yhtäläisyyksiä eri lajit olisi säilytettävä kautta aika (vakauttava valinta), kun taas ne elementit vastuussa eroja lajien pitäisi olla erilaiset (positiivinen valinta). Finally, those elements that are unimportant to the evolutionary success of the organism will be unconserved (selection is neutral). Lopuksi, nämä tekijät, jotka ovat merkityksettömiä, evolutionaarisen menestys, että organismi on unconserved (valinta on neutraali).

Identifying the mechanisms of eukaryotic genome evolution by comparative genomics is one of the important goals of the field. Tunnistaminen mekanismeja eukaryoottisten genomin kehitys vertaileva genomitutkimus on yksi tärkeimmistä tavoitteista alalla. It is however often complicated by the multiplicity of events that have taken place throughout the history of individual lineages, leaving only distorted and superimposed traces in the genome of each living organism. Se on kuitenkin usein monimutkainen, joita on lukuisia tapahtumia, jotka on toteutettu koko historian yksittäisten lineages, jättäen ainoastaan vääristynyt ja päällekkäin jälkiä genomin jokaisen elävän organismin. For this reason comparative genomics studies of small model organisms (for example yeast) are of great importance to advance our understanding of general mechanisms of evolution. Tästä syystä vertaileva genomitutkimus tutkimukset pienten malli organismien (esimerkiksi hiivan) on suuri merkitys etukäteen ymmärrystämme yleisiä mekanismien kehitystä.

Having come a long way from its initial use of finding functional proteins, comparative genomics is now concentrating on finding regulatory regions and siRNA molecules. Ottaa tulevat kaukana sen käytön aloittamista löytää toiminnallisia proteiineja, vertaileva genomitutkimus on nyt keskitytään löytämään sääntely-alueiden ja siRNA-molekyylejä. Recently, it has been discovered that distantly related species often share long conserved stretches of DNA that do not appear to code for any protein. Viime aikoina on huomattu, että kaukaista sukua lajien usein jakaa pitkän säilytettävä Pystyy DNA, jotka eivät näytä olevan koodin mitään proteiinia. It is unknown at this time what function such ultra-conserved regions serve. Se on tuntematon tällä hetkellä, mitä toimia tällaisen ultra-säilyneitä alueita palvelevat.

Computational approaches to genome comparison have recently become a common research topic in computer science. Computational lähestymistapoja genomin vertailu on viime aikoina tullut yhteinen tutkimusaihe computer science. The development of computer-assisted mathematics (using products such as Mathematica or Matlab) has helped engineers, mathematicians and computer scientists to start operating in this domain, and a public collection of case studies and demonstrations is growing, ranging from whole genome comparisons to gene expression analysis. Kehittäminen atk-tukialueilla matematiikka (käyttävien tuotteiden, kuten Mathematica tai Matlab) on auttanut insinöörejä, matemaatikot ja tietojenkäsittelyasiantuntijat aloittaa toimintansa tällä alalla, ja julkinen kokoelma tapaustutkimuksia ja mielenosoituksia on kasvussa, vaihdellen koko genomin vertailuja geenin ilmaisun analysointia. This has increased the introduction of different ideas, including concepts from systems and control, information theory, strings analysis and data mining. Tämä on lisännyt käyttöönotto erilaisia ajatuksia, kuten käsitteitä, järjestelmiä ja valvonta-, tiedotus-teoria, jousille analyysiä ja data mining. It is anticipated that computational approaches will become and remain a standard topic for research and teaching, while students fluent in both topics start being formed in the multiple courses created in the past few years. On odotettavissa, että laskennallisen lähestymistapoja tulee ja edelleen standardi aihe tutkimusta ja opetusta, kun taas opiskelijoiden sujuvasti molemmat aiheet aloittaa muodostettaessa on useita kursseja luotu viime vuosina.

Evolutionary Conserved Region Bioinformatics Kehitysbiologian säilytettävä alue Bioinformatiikka

Evolutionary Conserved Regions also called ECRs for short are regions of sequence (usually DNA) that have been mapped to align with other genomes and are conserved. Kehitysbiologian säilytettävien alueiden kutsutaan myös ECRs lyhyen ovat alueet sekvenssi (tavallisesti DNA) on kartoittanut yhdenmukaistaa muiden Perimän ja säilytetään.

ECRs within alignments of the genomes are presented in this graphical browser, which depicts and color-codes ECRs in relation to known genes that have been annotated in the base genome. ECRs, suuntauksiin ja genomien esitetään tässä graafinen selain, joka kuvaa ja väri-koodien ECRs suhteessa tunnettu geenejä, jotka on varustettu vuonna peruskokoonpanon geeniperimästä. 'Grab ECR' feature allows users to rapidly extract sequences that correspond to any ECR, to visualize underlying sequence alignments and/or identify conserved transcription factor binding sites. "Grab s."-toiminnon avulla käyttäjät voivat nopeasti otteen sekvenssejä, jotka vastaavat kaikista tuomio, visualisoida taustalla sekvenssi suuntauksiin ja / tai tunnistaa säilytettävä kääntäminen tekijä sitovia sivustoja.

ECR Browser is a new dynamic whole-genome navigation tool for the visualization and study of evolutionary relationships between vertebrates and non-vertebrate genomes. Kok. Browser on uusi dynaaminen koko genomin valikkoon väline, visualisoinnin ja tutkimus kehittyvät suhteet selkärankaiset ja muiden selkärankaisten genomien. ECR Browser is constantly being updated to include the most recently available sequenced genomes (currently: human, dog, mouse, rat, chicken, frog two pufferfish (Fugu and Tetraodon), zebrafish, and 6 fruitflies). Kok. Browser on jatkuvasti päivitettävä myös viimeisimmät saatavilla olevat jaksotelluille genomien (tällä hetkellä: ihmisen, koira, hiiri, rotta, kanan, sammakon kaksi pufferfish (Fugu ja Tetraodon), Seeprakala, ja 6 fruitflies). Ovcharenko, MA Nobrega, GG Loots, and L. Stubbs ECR Browser: a tool for visualizing and accessing data from comparisons of multiple vertebrate genomes Nucleic Acids Research, 32, W280-W286 (2004) Ovcharenko, MA Nobrega, GG Loots, ja L. Stubbs Kok. Browser: työkalu visualizing ja saatavuuden tietojen vertailu useiden selkärankaisten genomien Nukleiinihapot Research, 32, W280-W286 (2004)

ECRbase is the Database of Evolutionary Conserved Regions (ECRs), Promoters, and Transcription Factor Binding Sites in Vertebrate Genomes created using ECR Browser alignments ECRbase on tietokanta kehitysbiologian säilytettävien alueiden (ECRs), Promoottorit, ja Transkriptio Factor Binding Sites, selkärankaisten Genomes luotu käyttämällä Kok. Browser suuntauksiin

Bioinformatics Forum Bioinformatiikka Forum

Discuss and post questions about protein expression in the Bioinformatics Forum . Keskustele ja post kysyttävää proteiini ilmausta on Bioinformatics Forum.