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Una molécula con una carga neta se moverá en un campo eléctrico. Este fenómeno, llamado electroforesis ofrece medios de gran alcance de separar las proteínas y otras macromoléculas tales como DNA y ARN. La velocidad de la migración de una proteína (o de cualquie molécula) en un campo eléctrico depende de la fuerza de campo eléctrico, de la carga neta en la proteína y del coeficiente friccional.
La fuerza eléctrica que conduce la molécula cargada hacia el electrodo opuesto cargado es opuesta por la fricción viciosa que se presenta de la fricción entre la molécula móvil y el media. El coeficiente friccional depende de la masa y de la dimensión de una variable de la molécula de la migración y de la viscosidad del media.
La separación de la electroforesis se realiza casi siempre en geles (o en ayudas sólidas tales como papel) algo que en la solución libre por dos razones. Los primeros geles suprimen las corrientes conectivas producidas por pequeños gradientes de temperatura, un requisito para la separación eficaz. Los segundos geles sirven como tamices moleculares que realcen la separación. Moléculas que son pequeñas comparadas con los poros en el movimiento del gel fácilmente a través del gel, mientras que las moléculas mucho más grandes que los poros son casi inmóviles. las moléculas de la Intermedio-talla se mueven a través del gel con varios grados de recurso. Los geles de poliacrilamida son media que utilizan de la opción para el elelectrophoresis porque son químicamente inertes y son formados fácilmente por la polimerización de la acrilamida. Por otra parte, sus tallas del poro pueden ser controladas eligiendo varias concentraciones de acrilamida y de methylenebisacrylamide (un reactivo del cross-linking) a la hora de la polimerización.
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