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Localización Subcelular De la Proteína

La localización de la proteína es importante pues la función de la proteína se puede localizar a las áreas específicas dentro de la célula o dentro de los organelles celulares. Estos programas y bases de datos bioinformatic contienen la información y pueden predecir donde una proteína se puede localizar basó en las secuencias de la señal o las secuencias de la localización contenidas dentro de la proteína. También vea nuestro directorio de la conexión - herramientas subcelulares de Bioinformatic de la localización de la proteína de la categoría

Papeles interesantes de la localización de la proteína: Localización subcelular de la proteína que predice: más allá de, presente, y futuro.

Bases de datos subcelulares de la localización de la proteína y predicción subcelular para:

Eukaryotes

Ratón (Mus Muscularis)

Plantas (Arabidopsis)

Bacterias (Prokaryotes - gramo positivo y negativo)

También vea nuestro directorio de la conexión - localización subcelular de la proteína de la categoría

Bases de datos de la localización de general Eukaryotic Protein Subcellular:

DBSubLoc - base de datos de la localización subcelular de la proteína

Máquina del vector de la ayuda de las aplicaciones de ESLPred (Bhasin y Raghava, 2004) y PSI-BLAST para asignar las proteínas eukaryotic al núcleo, al mitochondrion, al citoplasma, o al espacio extracelular.

Base de datos  de LOCHom de las predicciones subcelulares de la localización basadas en la homología de la secuencia.  Predice actualmente la localización subcelular de proteínas de la base de datos siguiente: Proteínas de SWISS-PROT, thaliana de Arabidopsis (planta), elegans de Caenorhabditis (gusano), melanogaster del drosophila (mosca), musculus de Mus (ratón), y bases de datos subcelulares (humanas) de la localización de la proteína de Homosapiens.

HSLpred (Bhasin et al, 2005) es una herramienta de la predicción de la localización para las proteínas humanas que utiliza la máquina del vector de la ayuda y PSI-BLAST para generar las predicciones para 4 sitios de la localización.

LOCSVMPSI (Xie et al, 2005, NAR en prensa) es un método eukaryotic de la predicción de la localización que incorpora la información evolutiva en sus predicciones. El método utiliza PSI-BLAST y la máquina del vector de la ayuda para generar las predicciones para hasta 12 sitios de la localización.

Base de datos  de LOC3d de la localización subcelular predicha para los encadenamientos eukaryotic de PDB. La localización subcelular se predice actualmente usando cuatro diversos métodos: predictNLS (señal nuclear de la localización), LOChom (que usa la homología), LOCkey (que usa palabras claves) y LOC3d (predicción basada de la red de los nervios). La localización señalada se basa en el método que predice la localización de una proteína dada con la confianza más alta.

LOCtree (Nair y Rost, 2005). LOCtree es una herramienta eukaryotic y prokaryotic de la predicción de la localización disponible en el sitio CÚBICO. Las bases de datos de las predicciones de la localización hechas por los servidores de CUBIC's están también disponibles y se describen abajo.

NucPred (Heddad et al, 2004) utiliza la presencia de las señales nucleares de la localización identificadas con un algoritmo de programación genético como la base de su método de la clasificación.

Predotar se diseña para predecir la presencia de mitochondrial y del plastid que apuntan los peptides en secuencias de la planta.

los predictNLS (Cokol et al, 2000) utilizan adornos nucleares de la señal de la localización para predecir si una proteína se pudo localizar al núcleo

PSLT (Scott et al, 2004) es un método red-basado bayesian que predice la localización humana de la proteína basada en co-suceso de motif/domain. La herramienta no es todavía accesible en línea, no obstante sus predicciones para 9793 proteínas humanas en SWISS-PROT están disponibles para la transferencia directa del sitio de PSLT.

las aplicaciones del pSLIP (Sarda et al, 2005) utilizan la máquina del vector y características physiochemical múltiples de aminoácidos para asignar una proteína eukaryotic a uno de seis sitios de la localización.

El servidor subcelular de la localización del analista de Proteome (Lu et el al, 2004) este servidor especializado disponible en el sitio del analista de Proteome del PENCE puede clasificar las proteínas gram-negative, gram-positive, de los hongos, de la planta y del animal a muchos sitios de la localización. Una base de datos de predicciones está también disponible y se describe abajo.

el pTARGET (Guda y Subramaniam, 2005) utiliza la composición de aminoácido y los dominios localizacio'n-especi'ficos de Pfam para asignar una proteína eukaryotic a uno de nueve sitios de la localización.

El merodeador de la proteína (Boden y Hawkins, 2005) clasifica señales que apuntan eukaryotic como secretoras, el mitochondrion, el cloroplasto u otro.

PSORTII

SecretomeP (Bendtsen et al, 2004) predice las proteínas eukaryotic que se secretan vía un mecanismo secretor no tradicional.

SignalP (Bendtsen et al, 2004) predice los peptides tradicionales de la señal de la N-terminal en proteínas prokaryotic y eukaryotic.

Las aplicaciones de SubLoc (Hua y sol, 2001) utilizan la máquina del vector para asignar una proteína prokaryotic a los sitios citoplásmicos, periplasmic, o extracelulares, y a una proteína eukaryotic a los sitios citoplásmicos, mitochondrial, nucleares, o extracelulares. Una versión modificada de SubLoc fue utilizada en PSORT-B v.1.1 para distinguir las proteínas citoplásmicas y no-citopla'smicas.

TargetP (Emanuelsson et al, 2000) predice la presencia de los peptides de la señal, de los peptides del tránsito del cloroplasto, y de los peptides que apuntan mitochondrial para las proteínas de planta, y de la presencia de los peptides de la señal y de los peptides que apuntan mitochondrial para las proteínas eukaryotic.

Bases de datos subcelulares de la localización de la proteína del ratón:

LOCALICE es a curated la base de datos que contiene los datos que describen la organización de la membrana y la localización subcelular de proteínas del conjunto de la secuencia de la proteína del ratón de RIKEN FANTOM3. La organización de la membrana es predicha por el alto-rendimiento de procesamiento, nota de cómputo de la tubería. Las localizaciones subcelulares fueron determinadas por un alto-rendimiento de procesamiento, análisis inmunofluorescencia-basado y manualmente repasando las publicaciones par-repasadas.

Bases de datos subcelulares de la localización de la proteína para las plantas (y Arabidopsis):

Base de datos  de LOCHom de las predicciones subcelulares de la localización basadas en la homología de la secuencia.  Predice actualmente la localización subcelular de proteínas del thaliana siguiente de Arabidopsis (planta).

Base de datos subcelular de la localización de la proteína de la secuencia de la planta de PSORT para las plantas.

Base de datos Subcelular De Arabidopsis Proteomic (SUBA)

La búsqueda específica de la base de datos de la planta de Gene Family

Bases de datos subcelulares de la localización de la proteína de Prokaryotic para las bacterias:

PSORT PSLpred (Bhasin et el al, 2005) es una herramienta de la predicción de la localización para las bacterias gram-negative que utiliza la máquina del vector de la ayuda y PSI-BLAST para generar las predicciones para 5 sitios de la localización.

LOCtree (Nair y Rost, 2005). LOCtree es una herramienta eukaryotic y prokaryotic de la predicción de la localización disponible en el sitio CÚBICO. Las bases de datos de las predicciones de la localización hechas por los servidores de CUBIC's están también disponibles y se describen abajo.

Las aplicaciones del VIOLONCELO (Yu et al, 2004) utilizan la máquina del vector basada en la composición del n-n-peptide para asignar una proteína gram-negative al citoplasma, a la membrana interna, al periplasm, a la membrana externa o al espacio extracelular.

Las aplicaciones de SubLoc (Hua y sol, 2001) utilizan la máquina del vector para asignar una proteína prokaryotic a los sitios citoplásmicos, periplasmic, o extracelulares, y a una proteína eukaryotic a los sitios citoplásmicos, mitochondrial, nucleares, o extracelulares. Una versión modificada de SubLoc fue utilizada en PSORT-B v.1.1 para distinguir las proteínas citoplásmicas y no-citopla'smicas.

SignalP (Bendtsen et al, 2004) predice los peptides tradicionales de la señal de la N-terminal en proteínas prokaryotic y eukaryotic.