Bioinformatics, Protocolos, Proteína Proteomics del RNA de la DNA
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Los adornos y los dominios de la proteína son interacciones importantes como proporcionan a pistas en cuanto a las funciones posible de la proteína, y posibles de la proteína. Si la proteína por ejemplo tiene un dominio para el atascamiento de la DNA, usted prediría eso que la proteína puede actuar atando a las secuencias de la DNA.
Una nota sobre adorno de la proteína y base de datos del dominio de la proteína busca: La mayoría de las proteínas son modulares con varios dominios. Si su proteína o proteni desconocido es el más similar a un kinase de proteína, ésta no significa necesariamente que es un kinase - es posible las dos proteínas comparte varios otros dominios (IE varios dominios SH3).
Vea nuestra base de datos de la conexión de las herramientas de Bioinformatic del adorno de la proteína
CDD La Base de datos Conservada Del Dominio. Las proteínas contienen a menudo varios módulos o dominios, cada uno con un origen evolutivo distinto y función. La base de datos conservada NCBI's del dominio es una colección de las alineaciones múltiples de la secuencia para los dominios antiguos y las proteínas integrales. El servicio de CD-Search se puede utilizar para identificar los dominios conservados presentes en una secuencia de la interrogación de la proteína.
Búsqueda de la búsqueda de palabra clave de CDD la base de datos conservada del dominio de Keyword en Entrez Pubmed.
CDART: Herramienta Conservada De la Extracción De la Configuración Del Dominio
InterPro InterPro es una base de datos de las familias de la proteína, dominios y los sitios funcionales en los cuales las características identificables encontraron en proteínas sabidas se pueden aplicar a las secuencias desconocidas de la proteína.
PROSite PROSITE es una base de datos de las familias y de los dominios de la proteína. Consiste en los sitios, los modelos y los perfiles biológico significativos que ayudan a identificar confiablemente a qué familia sabida de la proteína (si cualquiera) pertenece una nueva secuencia.
Pfam Pfam es una colección grande de alineaciones múltiples de la secuencia y de los modelos ocultados de Markov que cubren muchos dominios comunes de la proteína. La versión 7.7b (octubre de 2002) de Pfam contiene las alineaciones y los modelos para 4832 familias de la proteína, basados en el Swissprot 40 y SP-TrEMBL
Base de datos Del Dominio De la Proteína De ProDom
PairsDB el algoritmo
automático de la descomposición del dominio (ADDA) se utiliza para
generar una base de datos de las familias del dominio de la proteína
con la cobertura completa de todas las secuencias de la proteína.
Las secuencias están partidas en dominios y los dominios se
agrupan en las familias del dominio de la proteína en un proceso
totalmente automatizado. La base de datos actual contiene los
dominios para más de 1.5 millones de secuencias en más de 40 000
familias del dominio. En detalle, hay 3828 familias del dominio
de la novela que no solapan con curated las bases de datos Pfam, SCOP
e InterPro del dominio. Datos isfreely disponibles para
descargar y preguntar vía un interfaz del Web. Vea también:
Búsqueda De las Familias Del Dominio De PairsDB
Las Familias Del Dominio De PairsDB Hojean
Las IMPRESIONES de las IMPRESIONES son un compendio de las huellas digitales de la proteína. Una huella digital es un grupo de adornos conservados usados para caracterizar una familia de la proteína; su potencia de diagnóstico es refinada por la exploración iterativa de un compuesto de SWISS-PROT/TrEMBL. Los adornos no solapan generalmente, sino se separan a lo largo de una secuencia, aunque pueden estar contiguos en 3D-space. Las huellas digitales pueden codificar dobleces y funciones de la proteína más fexiblemente y de gran alcance que puede escoger adornos, potencia de diagnóstico completa que deriva del contexto mutuo proporcionado por los vecinos del adorno.
Los golpes de la exploración del adorno de los GOLPES son una base de datos libre dedicada a los dominios de la proteína. Es también una colección de las herramientas para la investigación de los lazos entre las secuencias de la proteína y los adornos descritos en ellos. Estos adornos son definidos por una colección heterogénea de predictors, que incluye actualmente expresiones regulares, perfiles generalizados y los modelos ocultados de Markov
Herramienta Modular Simple ELEGANTE De la Investigación De la Configuración. Meta: para permitir la identificación y la anotación automáticas de dominios en secuencias user-supplied de la proteína.
PROClass la base de datos de ProClass es una base de datos no-redundante de la proteína ordenada según lazos de la familia según lo definido colectivamente por los modelos de ProSite y las superfamilias de PIR. La base de datos de ProClass puede facilitar la recuperación de datos de la familia de la proteína, revelar lazos del dominio y de la familia, y clasificar multi-domained las proteínas, por combinar global y semejanzas del adorno en un solo esquema de la organización de la familia.
Servidor molecular de la biología del índice investigable del SUIZO PROT de ExPASY de la universidad de Ginebra: contiene el índice investigable de SWISS-PROT.
ExPASY PROSITE PROSITE es una base de datos de las familias y de los dominios de la proteína. Consiste en los sitios, los modelos y los perfiles biológico significativos que ayudan a identificar confiablemente a qué familia sabida de la proteína (si cualquiera) pertenece una nueva secuencia.
Base de datos de la familia de la proteína de SYSTERS de Motifs
La base de datos de TIGRFAM es familias de la proteína basadas en los modelos ocultados o HMMs de Markov.
la búsqueda del eMotif los eMOTIFS se deriva de las alineaciones múltiples de la secuencia en la base de datos de BLOCKS+.
ADORNO: Puede buscar bases de datos múltiples incluyendo: Modelo de PROSITE, perfil de PROSITE, BLOQUES, ProDom, IMPRESIONES, Pfam, Pfam_fs para los fragmentos, y una biblioteca definida por el usario del perfil.
Búsqueda de HMM - búsqueda del adorno de una secuencia de la proteína usando la base de datos de Pfam-A de los dominios de la proteína - centro de Sanger (Reino Unido).
Búsqueda de HMM - búsqueda del
adorno de una secuencia de la proteína usando la base de datos de
Pfam-A de los dominios de la proteína - WUSTL (los E.E.U.U.).
MÁSTIL - herramienta de la alineación y de la búsqueda del adorno - instalación de Pasteur (Francia).
MEME - EM múltiple para el adorno Elicitation - el instituto de Pasteur (Francia).
ADORNO - Servicio De Búsqueda Del Modelo - Estado U (los E.E.U.U.) De Iowa.
PatternFind - búsqueda del modelo de
la búsqueda del modelo de la secuencia de varias bases de datos
incluyendo: Suizo-Prot, TrEMBL, variantes del empalme del
Suizo-Prot, trEST, trGEN,
trome, peptides actuales para todas las especies,
proteomes completos microbianos, desbloquear de RefSeq,
actualizaciones semanales de RefSeq, PATTINPROT - búsqueda de ENSEMBL
del modelo de la secuencia de la interrogación - poste
Bio-Informatique Lyonnaise (Francia), Pratt2.1 - herramienta del
descubrimiento del modelo, Pratt - U Helsinki (Finlandia),
instalación de Pratt - de Pasteur (Francia), Pratt - instalación
Informatik-U Bergensis (Noruega), Pratt - EBI (Reino Unido).
PROSITE - búsquedas de los adornos del perfil de la base
de datos de ProSite.
Búsqueda de PROSITE - Genestream - IGH Montpellier (Francia).
ScanProsite - explore una secuencia
de la proteína contra el DB de PROSITE - ExPASy (Suiza).
PHYTOPROT el procedimiento general detrás de PHYTOPROT consiste en la ejecución de una "todo-por-toda" comparación de las secuencias (supuestas) de la proteína con el software de BIOFACET, construyendo racimos de las secuencias (Mohseni-Zadeh et al., Recomb 2003) basadas en su semejanza y finalmente visualizando el la Prodom del à los dominios compartieron por las secuencias en cada racimo
Integr8 Arabidopsis Thalania proporciona a la información sobre la proteína usando búsqueda de palabra clave. Contiene la información del dominio dentro de la búsqueda.
Familias De la Proteína De Pfam Arabidopsis
Base de datos Del Adorno Del Parásito De la Búsqueda Del Adorno Del Parásito. Bases de datos de: Todo el Leishmania, Leishmania Friedlin importante, brucei de Trypanosoma, cruzi de Trypanosoma, todo el Crithidia, todos los kinetoplastids, falciparum del plasmodium, todo el plasmodium, gondii del toxoplasma, todo el Apicomplexa, todo el Schistosoma, todo el Filarioidea.
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