GSTP1 promotor - producto no específico

[rob86]

Hola,

Tengo un problema con la interpretación de la longitud de los productos de PCR. La longitud de una secuencia de la DNA del modelo (promotor humano GSTP1) está sobre 1650bp y la longitud de un producto principal de PCR está entre 700-800bp. En la demostración del silico PCRs que el producto debe ser específico. Las condiciones iónicas (magnesio), las temperaturas y el tiempo de las fases de PCR fueron cambiados en gama relativamente amplia. El resultado era siempre igual.

Sin embargo, cuando la cartilla (reversa) derecha se elige para dar un producto más corto, cerca de 1500, que el resultado está correcto.

También hemos utilizado el mfold para simular si la secuencia del modelo puede crear algunas estructuras muy estables. Para el magnesio de las condiciones el 1.5mM del promedio y el Na de los 50mM en la temperatura más alta de 95°C allí puede existir un va'stago-bucle fuerte en la región de 1570-1590bp pero todavía no explica la longitud del producto en el alcance 700-800bp.

¿Usted tiene algunas opiniones, sugerencias útiles para solucionar este problema?

¡Gracias por cualesquiera ayuda!