Bioinformatics, Protocolos, Proteína Proteomics del RNA de la DNA
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En la estación molecular Bioinformatics, usted encontrará todos los programas del bioinformatics que usted necesitará. Tenemos sobre 800 herramientas bioinformatic para el bioinformatics de la DNA, el bioinformatics del RNA, las herramientas bioinformatic de la proteína Bioinformatics, y de Proteomic. También proporcionamos a los databses para cada uno de estas categorías para encontrar fácilmente su secuencia del interés de varias bases de datos de la secuencia.
Nuestra base de datos de las herramientas de Bioinformatic tiene todas las herramientas bioinformatic que usted necesitará siempre e incluye programas en línea y las herramientas encendido:
regiones genomic Ca'ncer-asociadas (CAGRs) y RNAs noncoding: bioinformatics e implicaciones terapéuticas.
Genoma de Mamm. el 2008 de julio 18;
Autores: Rossi S, Sevignani C, Sc De Nnadi, Siracusa Ld, Calin GA
MicroRNAs (miRNAs) es RNAs noncoding pequeño (los ncRNAs, RNAs que no cifran para las proteínas) que regulan la expresión de los genes de la blanco en el nivel del posttranscriptional o del posttranslational. Muchos miRNAs han conservado secuencias entre los organismos distante relacionados, sugiriendo que estas moléculas participan en de desarrollo esencial y los miRNAs physiologic de los procesos pueden actuar como genes u oncogenes del supresor del tumor en cánceres humanos. Las mutaciones, las cancelacínes, o las amplificaciones se han encontrado en cánceres humanos y se han mostrado para alterar los niveles de la expresión de las transcripciones maduras y/o del precursor del miRNA. Por otra parte, una fracción grande de genomic ultraconserved las regiones (UCRs) codifica un conjunto determinado de los ncRNAs que expresión se altera en cánceres humanos. Los miRNAs y UCRs están situados con frecuencia en los sitios frágiles y las regiones genomic afectados en los varios cánceres, nombrados las regiones genomic ca'ncer-asociadas (CAGRs). Los estudios de Bioinformatics están emergiendo como herramientas importantes para identificar asociaciones y/o las correlaciones entre perfilar de miRNAs/ncRNAs y del ncRNA de CAGRs. han permitido la identificación de las firmas específicas asociadas a diagnosis, a pronóstico, y a respuesta al tratamiento de tumores humanos. Varias anormalidades podían contribuir a la alteración de los perfiles de la expresión del miRNA en cada clase de tumor y en cada clase de tejido fino. Esta revisión se centra en los miRNAs y los ncRNAs como los genes que afectaban riesgo del cáncer, y nosotros proporcionamos a un catálogo actualizado de los miRNAs y de UCRs situados en los sitios frágiles o en los lugares geométricos de la susceptibilidad del cáncer. Estos tipos de estudios son el primer paso de progresión hacia los descubrimientos que conducen a los acercamientos de la novela para las terapias del cáncer.
PMID: 18636290 [ PubMed - según lo provisto por el editor ]
Expresión de TMEM87B que obra recíprocamente con el tipo humano 18 del papillomavirus oncogene E6 en la biblioteca hela de la DNA por un sistema del dos-hi'brido de la levadura.
Representante De Oncol. 2008 Aug;20(2):421-7
Autores: Li S, Liu P, XI L, Jiang X, Wu M, Deng D, Wei J, Zhu T, Zhou L, Wang S, Xu G, Meng L, Zhou J, MA D
El oncoprotein humano de riesgo elevado 18 E6 (HPV18 E6) del papillomavirus se asocia al cáncer de la cerviz. Este estudio fue conducido para identificar la proteína 87B (TMEM87B) del transmembrane como proteína obligatoria de la novela que obraba recíprocamente con el oncoprotein de HPV18 E6 y realizar un análisis inicial del bioinformatics. La tensión AH109 de la levadura fue transformada con pGBKT7-HPV18 E6 y el análisis de acoplamiento de la levadura fue utilizado para identificar la interacción entre TMEM87B y HPV18 E6 en la biblioteca hela humana de la DNA. El mRNA de TMEM87B fue detectado en células hela usando RT-PCR. La estructura del gene de TMEM87B, la localización genomic, las características de la comprobación y del producto químico, la localización subcelular y el dominio funcional fueron predichos, así como el análisis sistemático de la evolución en las proteínas similares entre varias especies. En el análisis del dos-hi'brido de la levadura, el mRNA de HPV18 E6 fue expresado y no había uno mismo-activacio'n y toxicidad en la tensión AH109. La expresión especial del mRNA de TMEM87B fue detectada en células hela y el azul se reproduce fue validado por el análisis de acoplamiento de la levadura. Un análisis eficiente del bioinformatics identificó fundamental que TMEM87B es una proteína de la secretaria, conteniendo muchos sitios del phosphorylation y adornos funcionales e implicado posiblemente en el transduction de la señal y el control del transcriptional en carcinogénesis. Fue indicado que el sistema del dos-hi'brido de la levadura es eficiente para las proteínas que obran recíprocamente de la investigación. El gene TMEM87B de la novela puede obrar recíprocamente con HPV18 E6 y puede ser una blanco potencial del oncogenesis según el análisis del bioinformatics.
PMID: 18636207 [ PubMed - en proceso ]
El perfilar de la expresión del gene de la fibrosis submucous oral usando el oligonucleotide microarray.
Representante De Oncol. 2008 Aug;20(2):287-94
Autores: Hu Y, Jian X, Peng J, Jiang X, Li N, Zhou S
Aunque la fibrosis submucous oral (OSF) es la lesión precancerosa más común de la cavidad bucal en Asia suroriental donde está popular el hábito del quid del betel (BQ) que mastica, sus características biológicas moleculares son en gran parte desconocidas. La puntería de este estudio era identificar los genes responsables de su patogenesia y transformación mala usando el oligonucleotide microarray. Los perfiles de la expresión de 14.500 genes en fibrosis submucous oral humana y control normal eran analizados usando las matrices de Affymetrix U133A 2.0 GeneChip. Los resultados revelaron que eran 716 genes upregulated y eran 149 genes downregulated en OSF. El arracimar jerárquico reveló que los perfiles de la expresión del gene de normal y de OSF eran claramente distintos por estos diversos genes de la expresión. El gene Ontology (VAYA) y las herramientas relevantes del bioinformatics identificaron una lista de los genes diferenciado expresados significativos implicados en la inmunorespuesta, la respuesta inflamatoria y la transición epitelial-mesenchymal (EMT) inducidas por camino que señalaba TGF-beta. Cinco genes EMT-relacionados incluyendo SFRP4, THBS1, MMP2, ZO-1, y CK18 fueron validados con RT-PCR. Nuestros datos sugirieron que las anormalidades del gene en la inmunorespuesta, la respuesta inflamatoria y EMT inducidos por fuerza TGF-beta desempeñen un papel importante en la patogenesia y la transformación mala de OSF.
PMID: 18636188 [ PubMed - en proceso ]
Un estudio comparativo de la supervivencia modela para el pronóstico del cáncer de pecho basado en datos microarray: ¿un solo gene los bate todos?
Bioinformatics. el 2008 de julio 17;
Autores: Haibe-Kains B, Desmedt C, Sotiriou C, Bontempi G
MOTIVACIÓN: La predicción de la supervivencia de los pacientes del cáncer de pecho (A.C.) independientemente del tratamiento, también conocido como pronóstico, es una tarea compleja puesto que clínico los tumores similares del pecho, además de sean molecular heterogéneos, puede exhibir diversos resultados clínicos. En años recientes, el análisis de los perfiles de la expresión del gene por medio de las herramientas que minaban de los datos sofisticados emergió como tecnología prometedora para traer penetraciones adicionales en A.C. biología y para mejorar la calidad del pronóstico. La puntería de este trabajo es evaluar cuantitativo la exactitud de la predicción obtenida con las técnicas avanzadas del análisis de datos para los datos A.C. microarray a través de un marco independiente y completo. RESULTADOS: debido a the.large.number.of variables, a la cantidad reducida de muestras y al alto grado de ruido, los métodos complejos de la predicción se exponen altamente a la degradación del funcionamiento a pesar de el uso de las técnicas de la validación cruzada. Nuestro análisis muestra que los métodos más complejos no son perceptiblemente mejores que el más simple, un modelo univariate que confía en un solo gene de la proliferación. Este resultado sugiere que la proliferación pudiera ser el proceso biológico más relevante para A.C. el pronóstico y que la pérdida de interpretability que deriva del uso de los métodos del overcomplex se puede contrapesar no suficientemente por una mejora de la calidad de la predicción. DISPONIBILIDAD: El estudio de la comparación se pone en ejecucio'n en un conjunto de R llamado survcomp y está disponible de http://www.ulb.ac.be/di/map/bhaibeka/software/survcomp/. CONTACTO: INFORMACIÓN SUPLEMENTARIA de bhaibeka@ulb.ac.be: Los datos suplementarios están disponibles en Bioinformatics en línea.
PMID: 18635567 [ PubMed - según lo provisto por el editor ]
Consideración de dependencia entre genes y etiquetas de plástico para el control falso del descubrimiento en asociar del eQTL.
Bioinformatics. el 2008 de julio 17;
Autores: Chen L, Pinzas T, Zhao H
MOTIVACIÓN: El ajuste múltiple de la comparación es una edición estadística significativa y desafiadora en estudios biológicos en grande. En estudios anteriores, la dependencia entre genes se no hace caso en gran parte. Sin embargo, tal dependencia puede ser fuerte para algún genomic-escala estudios tales como genomics genético (también llamado la expresión los lugares geométricos cuantitativos del rasgo (eQTL) que asocian) en el cual los millares de genes se traten como rasgos cuantitativos y se asocien a diversas etiquetas de plástico genéticas. Además de la dependencia entre etiquetas de plástico, la dependencia entre los niveles de la expresión de genes puede también tener un impacto significativo en análisis y la interpretación de datos. RESULTADOS: En este papel, proponemos considerar ambos el medio tan bien como la variación del número falso del descubrimiento para que el ajuste múltiple de la comparación maneje dependencia entre hipótesis. Esto es alcanzada desarrollando un perito de la variación para el número falso del descubrimiento, y usando el límite superior de la proporción falsa del descubrimiento (uFDP) para el control falso del descubrimiento. Más importantemente, introducimos una versión cargada del control del uFDP (wuFDP) para mejorar la potencia estadística de la identificación del eQTL. Además, el acercamiento del wuFDP puede mejorar positivos falsos del control que acercamientos falsos de la tarifa (FDR) y del uFDP del descubrimiento cuando las etiquetas de plástico están en desequilibrio del acoplamiento. El funcionamiento relativo del control del uFDP y del control del wuFDP se ilustra con estudios de la simulación y análisis de datos verdadero. Contactos: liang.chen@usc.edu, INFORMACIÓN SUPLEMENTARIA de hongyu.zhao@yale.edu: Las figuras, los vectores, y los apéndices suplementarios están disponibles en Bioinformatics en línea.
PMID: 18635565 [ PubMed - según lo provisto por el editor ]
transportadores del cassette ATP-que atan en los escherichia coli.
Acta De Biochim Biophys. el 2008 de junio 18;
Autores: Moussatova A, Kandt C, O'Mara Ml, DP De Tieleman
los transportadores del cassette ATP-que atan (ABC) son las proteínas integrales de la membrana que transportan activamente las moléculas a través de las membranas de la célula. En los escherichia coli consisten sobre todo en los sistemas de la importación que implican además del transportador sí mismo del ABC una proteína obligatoria del substrato y receptores o porins externos de la membrana, y un número de transportadores con funciones variadas. Las estructuras cristalinas recientes de un número de dominios del aTPase, de proteínas obligatorias del substrato, y de transportadores integrales han dado la nueva penetración en la base molecular del transporte. Los acercamientos de Bioinformatics permiten una identificación aproximada de todos los transportadores del ABC en E. coli y su relación a otros transportadores sabidos. Los acercamientos de cómputo que implican modelar y la simulación están comenzando a rendir la penetración en la dinámica de los transportadores. Resumimos la función de los transportadores sabidos del ABC en E. coli y penetraciones mecánicas de estudios estructurales y de cómputo.
PMID: 18634750 [ PubMed - según lo provisto por el editor ]
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