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Herramientas de análisis de la alineación de la secuencia
| CUMBRES - http://acmes.rnet.missouri.edu/ Las CUMBRES (motor que corresponde con contento avanzado para las secuencias) son un servidor que se puede utilizar para buscar para las repeticiones cortas (entre 3 y 10 000 bases) a través de la especie múltiple. Los utilizadores pueden limitar resultados de una búsqueda por búsquedas de palabra clave. - [Leído más CUMBRES] |
| Agenda - http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/agenda/ La agenda es una herramienta del Web que compara las secuencias genomic de organismos evolutionarily relacionados para hacer predicciones del gene. Toma pares de secuencias genomic como entrada de información, alinea las secuencias, y hace las predicciones basadas en las señales del empalme, comienzo y - [leído más agenda] |
| ASmodeler - http://genome.ewha.ac.kr/ECgene/ASmodeler/ Gene que modela el servidor que se centra en el modelado de empalmar alternativo. Se basa en la alineación del mRNA, del EST y de las secuencias de la proteína y combina al ensamblaje genoma-basado del agrupamiento y de la transcripción. Utiliza los genomas del ser humano, del ratón y de la rata. - [Leído más ASmodeler] |
| ConSurf - http://consurf.tau.ac.il/ El servidor de ConSurf permite que uno asocie niveles de proteína sabida de la conservación del aminoácido estructura para áreas de estudio de la importancia funcional potencial en la superficie de la proteína. Un fichero del PDB se requiere como entrada de información, y una secuencia múltiple alignmen - [leído más ConSurf] |
| CRASP - http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/programs/crasp/ El análisis de correlación de las substituciones del aminoácido en las secuencias de la proteína (CRASP) toma alineaciones múltiples de las secuencias de aminoácido como entrada de información, y detecta substituciones coordinadas del residuo. Estas substituciones pueden sugerir la evolución dependiente de funcional - [leído más CRASP] |
| Hojeador del ECR - http://ecrbrowser.dcode.org/ El hojeador del ECR (regiones conservadas evolutivas) es una herramienta en Internet para visualizar y navegar con alineaciones enteras del genoma de varias especies vertebradas. Los utilizadores pueden también someter las secuencias para la alineación con uno de los genomas representados. - [Leído más hojeador del ECR] |
| eShadow - http://eshadow.dcode.org/ Una herramienta para sombrear filogenético de secuencias múltiples de especies estrechamente vinculadas. Esto los análisis de las alineaciones múltiples de la secuencia se puede utilizar para predecir elementos funcionales supuestos. - [Leído más eShadow] |
| Cubilete - http://goblet.molgen.mpg.de/ El cubilete permite que el utilizador ARRUINE uno o más secuencias de la proteína o de nucleótido contra las bases de datos que tienen secuencias asociadas a los términos de la ontología del gene (VAYA). Los resultados se pueden ver para las secuencias individuales, o como estadísticas de la encuesta para el grupo si más de un s - [leído más cubilete] |
| Godzilla - http://pipeline.lbl.gov/ La tubería a.k.a. Godzilla del genoma de Berkeley, proporciona a los diagramas precomputed de VISTA de la conservación de la secuencia entre los pares de ser humano, el ratón o los genomas de la rata. - [Leído más Godzilla] |
| LowComplexity - http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/programs/low_complexity/ LowComplexity es una herramienta que busca para las regiones bajas de la complejidad de secuencias de la DNA o de la proteína. Usando LowComplexity usted puede buscar secuencias largas (cromosomas, genomas) o un conjunto de secuencias alineadas. Este recurso también contiene conexiones a otros algoritmos f - [leído más LowComplexity] |
| MAVL/StickWRLD - http://www.microbial-pathogenesis.org/stickwrld/ La máquina para hacer chorizos múltiple de la variación de la alineación (MAVL) examina un conjunto pre-alineado de secuencias del nucleótido o de la proteína y detecta correlaciones positivas y negativas del interpositional. Los resultados se pueden entonces ver como representación de StickWRLD. - [Leído más MAVL/StickWRLD] |
| PDA - http://pda.uab.es/ PDA (análisis de la diversidad de la tubería) es un servidor que busca para las secuencias polimórficas en bases de datos grandes, y estima su diversidad genética. Los resultados contienen las alineaciones de la secuencia (generadas por ClustalW) e incluyen estadísticas sobre el polimorfismo, synonymo - [leído más PDA] |
| PipMaker - http://bio.cse.psu.edu/ PipMaker computa alineaciones de regiones similares en dos secuencias de la DNA. MultiPipMaker permite que el utilizador vea lazos entre más de dos secuencias. - [Leído más PipMaker] |
| Viscoso - http://viscose.ifg.uni-muenster.de/ La viscosa (visualización y comparación de las secuencias de consenso) es una herramienta en Internet que toma un conjunto de secuencias (alineadas o sin alinear) y calcula una secuencia de consenso y las tarifas de la conservación para la alineación de la secuencia, produciendo un fácil al interpre - [más viscosos leída] |
| VISTA - http://www-gsd.lbl.gov/vista/ Conjunto de las herramientas para la genómica comparativa; permite la visualización de las alineaciones largas de la secuencia de la DNA a partir de 2 o más especies con la información de la anotación; capaz de combinar búsqueda de base de datos del punto de enlace del factor de la transcripción con análisis comparativo de la secuencia. - [Leído más VISTA] |
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