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Predicción de la estructura secundaria del ARN. la ' estructura 2 del ARN usando M-Plegable, mfold, las herramientas bioinformatic en línea y software para predecir bucles del plegamiento y de horquilla del ARN.
| CARNAC - http://bioinfo.lifl.fr/carnac El servidor que predice conservó elementos de la estructura secundaria de RNAs homólogo. La entrada de información de un conjunto de secuencias del ARN no se requiere para ser alineada previamente. - [Leído más CARNAC] |
| DEQOR - http://cluster-1.mpi-cbg.de/Deqor/deqor.html Filetee que ayuda en el diseño y el control de calidad de pequeño RNAs de interferencia (siRNAs) para interferencia del ARN (RNAi) y silenciar del gene. Evalúa la potencia inhibitoria de las secuencias potenciales del siRNA así como la identificación de las regiones del gene que tienen un alto sil - [leído más DEQOR] |
| ERPIN - http://tagc.univ-mrs.fr/erpin/ ERPIN (identificación fácil del perfil del ARN) toma como entrada de información una alineación de la secuencia del ARN y una anotación de la estructura secundaria e identificará una gran variedad de adornos sabidos del ARN (tales como tRNAs, rRNAs 5S, snoRNAs del rectángulo del ARN de SRP, de C/D, adornos del hammerhead, miRNAs y othe - [leído más ERPIN] |
| ILM - http://cic.cs.wustl.edu/RNA/ El servidor que proporciona iteró el bucle que corresponde con y el máximo cargaron los algoritmos que correspondían con para el pseudoknot que contenía la predicción de la estructura secundaria del ARN. Los algoritmos pueden aplicar la información termodinámica y comparativa, y se pueden utilizar así para o alineado o - [leído más ILM] |
| Kinefold - http://kinefold.u-strasbg.fr/ Kinefold calcula (y anima) la cinética plegable de las secuencias del ARN incluyendo pseudoknots. - [Leído más Kinefold] |
| Mfold - http://www.bioinfo.rpi.edu/applications/mfold/old/rna/ Prediga la estructura secundaria del ARN de la secuencia; no predice pseudoknots - vea PKNOTS. - [Leído más Mfold] |
| MolMovDB - http://molmovdb.org/ La base de datos de los movimientos macromoleculares (MolMovDB) contiene una colección de proteína y de estructuras animated del ARN para asistir a la exploración de la flexibilidad macromolecular. El software para el análisis de estructura está también disponible. - [Leído más MolMovDB] |
| MOLPROBITY - http://kinemage.biochem.duke.edu/molprobity/main.php?use_king=1 MOLPROBITY es un análisis de estructura y un programa de la validación que puede calcular y visualizar estérico, una H-vinculación, e interacciones de van der Waals para las estructuras sabidas de proteínas, de ácidos nucléicos, y de complejos. - [Leído más MOLPROBITY] |
| PKNOTS - http://www.genetics.wustl.edu/eddy/software/#pk Prediga las estructuras del pseudoknot en secuencia del ARN; código fuente solamente. - [Leído más PKNOTS] |
| RDfolder - http://rna.cbi.pku.edu.cn:1977/rna/index.php Un programa que ejecuta dos métodos, uno de la predicción de la estructura secundaria del ARN basó en empilar al azar y el otro basado en distribuciones helicoidales de la región. - [Leído más RDfolder] |
| RNAfold - http://www.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi Prediga la estructura secundaria del ARN de la secuencia; observe el límite de la longitud de la secuencia. - [Leído más RNAfold] |
| RNAsoft - http://www.rnasoft.ca/ Software para la predicción y el diseño de la estructura secundaria de RNA/DNA - [leído más RNAsoft] |
| Sfold - http://sfold.wadsworth.org Servidor con tres herramientas para el diseño racional de pequeño RNAs de interferencia (Sirna), de oligonucleótidos antisentido (Soligo), y de transporte-hender los ribozymes (Sribo). Una cuarta herramienta, Srna, vuelve salida incluyendo características plegables generales. - [Leído más Sfold] |
| siDirect - http://design.RNAi.jp/ Servidor para computar las pequeñas secuencias de interferencia del ARN (siRNA) que son más adecuadas para interferencia mamífera del ARN (RNAi). El sitio valida una secuencia como entrada de información y devuelve una lista de candidatos del siRNA. - [Leído más siDirect] |
| servidor de la selección del siRNA - http://jura.wi.mit.edu/bioc/siRNA Servidor que ayuda al diseño de RNAs de interferencia corto (siRNAs) proporcionando a la información en estabilidad, SNPs y la especificidad de un siRNA potencial. - [Leído más servidor de la selección del siRNA] |
| siRNAdb - http://sirna.cgb.ki.se/ Este recurso incluye el siSearch, AOSearch, y un siRNAdb que proporcione a una plataforma para minar una base de datos del siRNA, y la búsqueda para los emparejamientos no específicos a su siRNA (pequeño RNAs de interferencia). - [Leído más siRNAdb] |
| SStructView - http://smi-web.stanford.edu/projects/helix/sstructview/ Applet del espectador de la estructura secundaria del ARN; debe ser integrado en el Web page que se ejecutará; puede conectar a de cómputo múltiple se centraliza. - [Leído más SStructView] |
| PISADO - http://www.cellbio.unige.ch/RNAi.html Ayudas oligas del diseñador de T7 RNAi (PISADO) en el diseño de oligonucleótidos de la DNA para la síntesis de interferencia corta del ARN (siRNA) con la polimerasa de ARN T7. Toma una entrada de información de una secuencia del cDNA y hace salir una lista de oligos de la DNA para ordenar. - [Leído PISADO] |
| Conjunto del ARN de Viena - http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/ Abarca la biblioteca del código del A.C. y varios programas independientes para la predicción y la comparación de las estructuras secundarias del ARN. - [Leído más conjunto del ARN de Viena] |
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