Interacciones y caminos de la proteína

La detección y la validación automatizadas de la interacción de Co-Evolución (CONSEJO) toma una lista de secuencias de la proteína o de pares de la secuencia como entrada de información y utiliza secuencias orthologous para evaluar la semejanza en la historia evolutiva de las proteínas. Es t sugerido - [leído más CONSEJO]

Proporciona a varias herramientas incluyendo WIT2, el EMP, MPW, SENTRA y PatScan; otras herramientas están también disponibles. - [Leído más laboratorio nacional de Argonne - bases de datos de cómputo de la biología]

ArrayXPath es un servicio en Internet para los perfiles de la gene-expresión del microarray que corresponden con con caminos biológicos sabidos. La entrada de información es un perfil arracimado de la gene-expresión en un formato de texto tabulación-delimitado. La salida incluye diagramas del camino. - [Leído más ArrayXPath]

Descripciones completas de los almacenes de interacciones, de complejos moleculares y de caminos; los investigadores pueden presentar nuevos récores. - [Leído más LAZO - la base de datos de red biomolecular de la interacción]

incluye: TRANSFAC - base de datos del factor de la transcripción; DB de Patho - formas transformadas de factores de la transcripción y de puntos de enlace que son patológico relevantes; DB de S/MARt - base de datos de la transacción de la matriz del andamio; TRANSPATH - base de datos reguladora del camino del gene. - [Leído más bases de datos de regla del gene de BIOBASE]

Información sobre la función del gene, caminos proteomic, e intercambio el reactivo; diagramas muy claros del camino; puede buscar para los caminos por título u hojear una lista ordenada. - [Leído más BioCarta]

BioCyc es una colección de bases de datos del camino/del genoma derivó o de la literatura (EcoCyc y MetaCyc) o de cómputo (IE. HumanCyc). EcoCyc se utiliza para visualizar la disposición del gene, reacciones bioquímicas, y los caminos para el cromosoma de Escherichia Coli; MetaCy - [leído más biblioteca del conocimiento de BioCyc]

Información sobre la reacción y especificidad, modificaciones poste-de translación, estructura, estabilidad, y referencias a otras bases de datos; libere para el académico. - [Leído más BRENDA - el sistema de información comprensivo de la enzima]

CNplot es una herramienta de la visualización de la red que se puede utilizar para las redes en grande, mientras pre-se arracimen. - [Leído más CNplot: Visualización de redes Pre-Arracimadas]

Cytoscape es una plataforma de la visualización para el uso con las redes moleculares de la interacción. Los datos de la interacción se pueden integrar con otros datos del estado tales como perfiles de la expresión de gene. La entrada de información a Cytoscape incluye listas de pares de la interacción, y delimi de la tabulación/del espacio - [leído más Cytoscape]

La base de datos de las proteínas que obran recíprocamente (INMERSIÓN) permite que los utilizadores busquen para las proteínas que obran recíprocamente. Las listas de los resultados pueden ser buscadas y/o ser visualizadas (estáticamente o dinámicamente). Los utilizadores pueden someter nuevas interacciones de la proteína-proteína y entradas de la base de datos de la actualización. - [Leído más INMERSIÓN]

Depósito de la información de la nomenclatura de la enzima; selección útil de referencias cruzadas a otras bases de datos; libere para los propósitos de la investigación solamente. - [Leído más ENZIMA - base de datos de la nomenclatura de la enzima]

El sistema integrado para el análisis de datos con la información sobre redes de la expresión y del gene, también contiene la base de datos reguladora transcriptiva de las regiones (TRRD). - [Leído más GeneExpress2.1]

el iHOP (información Hyperlinked sobre las proteínas) es un sistema que permite que uno navegue a través de una red de los genes y de las proteínas basados en el contenido de los extractos de PubMed. Para cada búsqueda del gene, el iHOP señala sentencias de los extractos que la asocian al otro g - [leído más iHOP]

La meta de IntEnz es crear una sola base de datis relacional que contiene datos de la enzima a partir de tres diversas fuentes: la versión oficial de la nomenclatura de la enzima que abarca las recomendaciones del comité de la nomenclatura de la unión internacional del bio ch - [leído más IntEnz: Base de datos emparentada integrada de la enzima]

Base de datos de los orthologs de la proteína que obran recíprocamente (los interologs) y las proteínas con lazos reguladores conservados a través de las especies (regulogs). Contiene los datos para los elegans, la Drosophila, Arabidopsis, y la levadura de la C. - [Leído más base de datos de Interolog/Regulog]

InterWeaver es una herramienta que emplea dos acercamientos para detectar interacciones potenciales de la proteína buscando para e interpretando la evidencia disponible de bases de datos en línea. El primer acercamiento encuentra los homólogos para una secuencia y busca para los socios que obran recíprocamente - [leído más InterWeaver]

Correspondencias del camino, catálogos moleculares, correspondencias del genoma y catálogos del gene que capturan conocimiento sobre interacciones en términos de caminos de la información. KEGG abarca varias bases de datos, incluyendo BRITE (interacciones de la proteína-proteína), el CAMINO (redes de la interacción para - [leído más KEGG: Enciclopedia de Kyoto de genes y de genomas]

La base de datos de Curated con un foco en datos moleculares experimental verificados de la interacción recogió de la literatura científica. Énfasis en organismos mamíferos. - [Leído más MENTA - una base de datos molecular de las interacciones]

El centro de información de Munich para los proyectos de las secuencias de la proteína incluye: análisis fungicida del genoma, bioinformática del genoma de la planta, anotación estructural de la genómica, del proteomics y del genoma. Los proyectos y las bases de datos incluyen: CYGD, MNCDB, NGFN, MPPI, SIMAP, QUIPOS, MATDB, M - [leído más MIPS]

PathBLAST es una herramienta para la comparación cross-species de las redes de la interacción de la proteína. PathBLAST toma un camino corto de la interacción de la proteína como entrada de información y busca contra una red disponible del interation de la proteína-proteína especificada por el utilizador. - [Leído más PathBLAST]

Análisis del Shortest-Path de las aplicaciones de la herramienta del cazador del camino (PHT) para reconstruir y para visualizar caminos bioquímicos. El utilizador puede encontrar el Shortest-Path entre dos metabilitos, o encuentre todos los productos o educts accesibles para un metabilito dado. - [Leído más herramienta del cazador del camino]

El minero del camino es una herramienta para buscar listas de genes para las asociaciones en datos sabidos del camino de KEGG, de BioCarta, y de GenMAPP. También proporciona a análisis estadísticos. - [Leído más minero del camino]

La lista del recurso del camino (PRL) es una base de datos de las conexiones 150+ a los recursos para las interacciones de la proteína-proteína, metabólica y de señalización de caminos, factor de la transcripción y las redes de la interacción, los diagramas del camino, las secuencias de la proteína, y proteína-compuesto genéticos - [leído más lista del recurso del camino]

Reactome es una base de datos de caminos humanos y de procesos biológicos que se extienden de procesos básicos del metabolismo a los caminos reguladores complejos. Los datos curated por los biólogos y peer-reviewed posteriormente para la exactitud y el estado coherente. Referencias cruzadas w - [leído más Reactome - una base de conocimiento de procesos biológicos]

La base de datos de la enzima de la restricción, una colección de información sobre las enzimas de la restricción y proteínas relacionadas. - [Leído más REBASE]

La CADENA (herramienta de la búsqueda para la extracción de genes/de proteínas que obran recíprocamente) es una base de datos de la interacción/de la asociación de la proteína-proteína. Las interacciones sabidas y previstas son incluidas. Las interacciones se derivan de fuentes de datos de existencia y literatura y franco - [leído más CADENA]

Taverna es una herramienta para crear y ejecutar flujos de trabajo de la bioinformática. - [Leído más Taverna]

Base de datos de interacciones genéticas y físicas; contiene datos de la interacción de varios genoma/proteome ancho-estudia, la base de datos de las MIPS, y LAZO; proporciona a un sistema de gran alcance de la visualización para mirar interacciones gráficamente. - [Más leído La REJILLA - depósito general para los grupos de datos de la interacción]

Aplicación para gráficamente representar interacciones biológicas físicas y genéticas; se junta con el depósito general de los grupos de datos de la interacción (La REJILLA); disponible para Unix y Windows. - [Más leído el sistema de la visualización de la red del Osprey]