Comparación De la Predicción De la Estructura De la Proteína 3-D

Reconocimiento del doblez de la proteína usando los perfiles de la secuencia 1d y 3d juntados con la estructura y la información secundarias del potencial del solvation. - [leído más los 3D-pssm]

BioInfo3D es una colección de las herramientas para el análisis estructural de proteínas, incluyendo las herramientas para las alineaciones estructurales y la predicción de las interacciones de la proteína. - [leído más BioInfo3D]

BSDD (dispositivo de visualización de segmento de las biomoléculas) busca para y visualiza adornos definidos utilizador de la secuencia en estructuras sabidas de la proteína. Esta herramienta basada Web incorpora el conjunto de gráficos de RASMOL para la visualización. - [leído más BSDD]

CaspR es una herramienta del Web para construir los modelos estructurales para las secuencias de la proteína usando modelar molecular del reemplazo y de la homología. El software pone un acercamiento en ejecucio'n automatizado que utilice T-COFFEE para producir las alineaciones, MODELADOR para producir modelos de la homología, y - [leído más CaspR]

Base de datos de la clasificación automatizada de la estructura de la proteína según la clase (c), la configuración (a), la topología (t) y la superfamilia homóloga (h). - [leído más catedral]

Un servidor múltiple de la alineación de la estructura de la proteína que crea una todo-a-toda en parejas alineación usando un programa combinatorio de la extensión y después con métodos de la optimización de Monte Carlo conduce una optimización global iterativa. Se formatan los resultados usando JO - [leído más CE-MC]

ClusPro es una herramienta para automáticamente computar el muelle de dos estructuras de la proteína provistas por el utilizador (o como identificaciones de PDB). El conjunto del resultado es una lista alineada de complejos supuestos, pedida arracimando características. - [leído más ClusPro]

COLORADO-3D permite que usted coloree sus estructuras de la proteína para indicar la presencia de errores potenciales en la estructura de la proteína (detectada por ANOLEA, PROSAII, PROVE o VERIFY3D), residuos enterrados, y la conservación de la secuencia. El servidor vuelve un fichero PDB-formatado - [leído más COLORADO-3D]

Calcula alineaciones estructurales entre dos encadenamientos de la proteína; o entre un solo encadenamiento y el banco de datos entero de la proteína. - [extensión  más combinatoria leída del camino óptimo]

El servidor del consenso alinea una secuencia con un modelo estructural usando un consenso de 5 diversos métodos de la alineación. Una medida de confiabilidad se produce para cada posición de la alineación para predecir la conveniencia de las regiones para modelar comparativo. - [leído más servidor del consenso]

ConSeq es una herramienta para predecir funcionalmente y estructural los residuos importantes del aminoácido en secuencias de la proteína. Las predicciones se basan en las asunciones que los residuos de la importancia funcional son conservados a menudo y solvente-accesibles, y las de - [leído más ConSeq]

El servidor de ConSurf permite que uno asocie niveles de las estructuras sabidas de la proteína de la conservación del aminoácido para estudiar áreas de la importancia funcional potencial en la superficie de la proteína. Un fichero de PDB se requiere como entrada de información, y una secuencia múltiple alignmen - [leído más ConSurf]

ElNemo (el modelo elástico de la red) es una herramienta para predecir los movimientos posibles (los cambios del conformational del IE y otros cambios estructurales) de macromoléculas. Esta herramienta permite que los utilizadores computen, que visualicen, y que analicen modos normales de baja frecuencia de un prot - [leído más ElNemo]

FATCAT proporciona a los medios de comparar dos estructuras de la proteína del PDB-formato, o de buscar para las estructuras similares a una estructura dada de PDB. El utilizador puede proveer una identificación de PDB o upload un fichero de la estructura. El web server de FATCAT emplea la alineación flexible de la estructura - [leído más FATCAT]

FoldMiner alinea una estructura user-supplied o identificada de la interrogación con una base de datos de las solas blancos del dominio para descubrir vecinos estructurales y adornos característicos. Las estructuras de la interrogación se pueden también alinear con unas o más estructuras user-specified usando el LOC - [leído más FoldMiner y BLOQUEO 2]

el servidor del iMOT (adorno que obra recíprocamente) se diseña para buscar para adornos espacial que obran recíprocamente entre las proteínas que comparten las estructuras de 3 dimensiones similares. - [leído más iMOT]

Programa para visualizar la información estructural 3D en una alineación múltiple de la secuencia. - [leído más ALEGRÍA]

Homología o el modelar comparativo de las estructuras de la proteína 3D. - [leído más modelador]

Guía con manos excelente de la opinión de Swiss-PdbViewer/Deep; un must-do antes de procurar utilizar Suizo-PdbViewer. - [el modelar  más molecular leído para los principiantes]

El servidor que permite que los utilizadores conviertan ficheros de PDB en PQR clasifía agregando los átomos que falta, optimizando el hidrógeno que pega y que asigna parámetros atómicos de la carga y del radio. El fichero de PQR que resulta se puede utilizar para los cálculos electrostáticos que pueden dar la penetración - [leído más servidor de PDB2PQR]

PDBSiteScan toma un fichero de PDB como entrada de información, y busca para emparejamientos stuctural con el conjunto de PDBSite de sitios funcionales conocidos. - [leído más PDBSiteScan]

PepBuild es una herramienta que facilita la construcción, de la secuencia sabida y de las estructuras de secondary/tertiary, de proteínas capsuladas o destapadas. La salida generada está en formato de PDB. - [leído más PepBuild]

Persistencia de la visión Raytracer; uso conjuntamente con Suizo-PdbViewer de crear los gráficos para la presentación y la publicación. - [leído más POV-Rayo]

ProteinDBS toma una identificación de PDB o una estructura como entrada de información, y busca para estructuras terciarias de la proteína similar usando técnicas de la visualización del ordenador. La superposición de las estructuras y del componente alineado de la secuencia se puede entonces ver sobre el Web. - [leído más ProteinDBS]

ProteMiner-SSM busca el PDB para proteínas con las subestructuras terciarias similares a una especificadas por el utilizador. Un procedimiento de filtrado se utiliza para acelerar perceptiblemente el análisis. - [leído más ProteMiner-SSM]

el pvSOAR toma una identificación de PDB o un fichero de la estructura como entrada de información, y busca para otras proteínas con las regiones superficiales que son similares a la estructura de la interrogación. - [leído más pvSOAR]

El servidor de Robetta proporciona a la exploración del alanine de las herramientas y del interfaz de la predicción de la estructura de la proteína. La predicción de la estructura es lograda por el comparativo que modela o el método de la inserción del fragmento de de novo Rosetta. La exploración del alanine del interfaz es emplo - [leído más Robetta]

SA-Busque es una herramienta que primero convierte un fichero de la estructura de PDB en una representación unidimensional usando un alfabeto estructural, y después busca para semejanzas usando los métodos estándares para la alineación de la secuencia. - [leído más SA-Busque]

SCit es un conjunto de herramientas que facilitan el análisis y corregir de los conformations del encadenamiento lateral de la proteína. Usando un fichero de PDB como entrada de información, las herramientas permiten que el utilizador realice las tareas tales como el listado y/o la modificación de los valores de los ángulos dihedral, enumerando el structurall - [leído más SCit]

Clasificación estructural de proteínas - base de datos creada por una combinación del examen manual y de los métodos automatizados. - [leído más SCOP]