Herramientas de Bioinformatic del Microarray

La base de datos de la información de la copia del arsenal (ÁCIDO) es un recurso investigable para la información sobre ser humano, ratón, y copias del cDNA de la rata. Cada copia contiene la información sobre los racimos asignados de UniGene, localización en la transcripción integral, asignada el Ontario del gene - [leído más ÁCIDO]

Permite la correlación de los resultados del arsenal de GeneChip con diseño del arsenal y la información de la anotación; proporciona al acceso a la información del contenido del arsenal, incluyendo secuencias de la punta de prueba y anotaciones del gene; se requiere el registro libre. - [Leído más centro de análisis de Affymetrix NetAffx]

El depósito público para el microarray basó datos de la expresión de gene; contiene varios grupos de datos curated de la expresión de gene. - [Leído más ArrayExpress]

ArrayPipe permite que los utilizadores modifiquen una tubería para requisitos particulares de proceso para el análisis de los datos del microarray. Incluye los métodos para el gravamen de calidad de diapositivas, de la visualización de los datos, de la normalización, y de la detección de genes diferenciado expresados. La salida consiste en repor - [leído más ArrayPipe]

ArrayProspector es un conjunto de asociaciones funcionales previstas entre los genes que se han deducido de datos de la expresión del microarray de la base de datos del Microarray de Standford. Los utilizadores pueden buscar para los genes conectados para preguntar o para las conexiones entre dos genes. - [Leído más ArrayProspector]

ArrayXPath es un servicio en Internet para los perfiles de la gene-expresión del microarray que corresponden con con caminos biológicos sabidos. La entrada de información es un perfil arracimado de la gene-expresión en un formato de texto tabulación-delimitado. La salida incluye diagramas del camino. - [Leído más ArrayXPath]

Análisis Bayesian de los niveles de la expresión de gene (PANECILLO). Este software se ha utilizado para los estudios prominentes numerosos, incluyendo dos publicados en ciencia, y dos publicados en PNAS. Jeffrey Townsend. - [Análisis más bayesian leído de los niveles de la expresión de gene (PANECILLO)]

Trate la extracción por lotes y el análisis de las regiones cis-Reguladoras (BEARR) toma una lista de identificadores del gene (tales como IDs de RefSeq y de Unigene), de modelos del consenso, y (opcionalmente) de una matriz del peso de la posición como la entrada de información y vueltas una lista de emparejamientos para los modelos en bot - [leído más BEARR]

Bioconductor es una fuente abierta y un proyecto de software abierto de desarrollo que apunta proporcionar al acceso a una amplia gama de los métodos estadísticos y gráficos de gran alcance para el análisis de datos genomic. - [Leído más Bioconductor]

Servidor que explora contracorriente desde genes en el mismo racimo de la expresión de gene para los adornos reguladores de la secuencia usando una estrategia de muestreo de Gibbs. El modelo de Markov del fondo se utiliza para las bases del no-adorno, mejorando la especificidad de las localizaciones previstas del adorno. - [Leído más BioProspector]

El MGuide (versión 2.0). Los laboratorios de Brown terminan la guía a microarraying para el biólogo molecular. - [Leído más estructura su propio arrayer]

Información, disponibilidades y maestría de contacto de los centros canadienses del microarray; incluye los laboratorios que suministran el cDNA o matrices manchadas oligonucleótido y otros servicios, y los laboratorios que pueden analizar ARN con Affymetrix saltan. - [Recursos más canadienses leídos del Microarray]

Servidor que analiza el microarray y los datos de la secuencia del promotor asociados a una respuesta a un estímulo específico. Después de análisis se crea una red reguladora transcriptiva potencial. CARRIE también determina qué factores de la transcripción eran invol probable - [leído más CARRIE]

El centro para la base de datos de la expresión de gene de la biología de la información (CIBEX) es un depósito público para los datos experimentales de la expresión de gene. El sistema de base de datos es obediente con el estándar de MIAME. - [Leído más CIBEX]

El servidor que intenta identificar cualquier adorno se relacionó con los genes previstos a los elementos reguladores de la parte. Altera el muestreo de Gibbs con predisponer búsquedas hacia secuencias conservadas a través de especies múltiples. - [Leído más CompareProspector]

El buscador conservado del punto de enlace del factor de la transcripción (CONFAC) toma una lista de nombres humanos y de identificadores del gene como entrada de información, y los compara con sus orthologues del ratón para identificar puntos de enlace conservados del factor de la transcripción. Información adicional de t - [leído más CONFAC]

Este Web site contiene software de análisis del microarray (Argus y Z-piscina), una base de datos endotelial de la expresión de la célula, y otros recursos relacionados con la investigación vascular del endotelio. Vea los extractos de PubMed para más información. - [Leído más programas transcriptivos de definición en endotelio vascular]

Doelan es una herramienta diseñada para vigilar la calidad de la producción del microarray de la DNA. - [Leído más Doelan]

El Profiler de la expresión es una plataforma en Internet para el análisis de datos del microarray desarrollado en el EBI. Este recurso se integra con la base de datos de ArrayExpress, un depósito público para los datos del microarray. - [Leído más Profiler de la expresión]

El analizador de los datos de la expresión de gene (GEDA) es una herramienta para descubrir la expresión de gene diferenciada en un subconjunto de pacientes. Se adapta a los estudios cáncer-relacionados del microarray y ofrece las opciones extensas para la visualización, la clasificación y la normalización. - [Leído más analizador de los datos de la expresión de gene]

GenMAPP (Profiler del camino del MicroArray del gene) es una herramienta de la visualización de los datos de la expresión del microarray, permitiendo que los datos sean vistos en las correspondencias que representan las agrupaciones del gene y los caminos biológicos. - [Leído más GenMAPP]

Depósito de datos del arsenal de la expresión y del hibridación de gene; recurso en línea para la extracción de los datos de la expresión de gene de cualquie organismo o fuente artificial. - [Leído más GEO - Omnibus de la expresión de gene]

La habitación del análisis de modelo de la expresión de gene (GEPAS) es una colección de herramientas para el análisis de los datos del microarray incluyendo el proceso previo de los datos, arracimando, comparación de la muestra, explotación minera de datos basada encendido VA los términos (FatiGO), y annnotation. También se incluyen las herramientas - [leído más GEPAS]

El descubridor integrado funcional del genoma (GFINDer) toma una lista de IDs del gene/de la copia con la información de la clasificación como entrada de información, y permite que el utilizador caracterice las diversas clases del gene en la lista usando anotaciones de varios tipos de varios diferentes - [leído más GFINDer]

El léxico automatizado ontología del gene (META) es una herramienta para el análisis funcional de datos del SABIO y de los experimentos del microarray. Los términos de la ontología del gene se utilizan como la base para el análisis estadístico. - [Leído más META]

GoMiner ordena y permite la visualización de conjuntos grandes de genes basados en clasificaciones de la ontología del gene. - [Leído más GoMiner]

GoSurfer es una herramienta para visualizar y comparar conjuntos del gene asociándolos sobre la información de la ontología del gene (VAYA) bajo la forma de árbol jerárquico. Es útil para investigar los resultados de los análisis del microarray o de los cómputos genoma-anchos. - [Leído más GoSurfer]

Software para el análisis de imagen del microarray. - [Leído más GridGrinder]

La KARMA (encargado y anotador del arsenal de Keck) le permite compara y anota sus propios microarrays contra otras matrices disponibles. La comparación de matrices se puede alcanzar dentro de la misma especie tan bien como a través de la especie (la comparación del arsenal se basa en UniGene Clu - [leído más KARMAS]

MatchMiner es una herramienta para comparar y para convertir identificadores del gene. Los utilizadores pueden traducir solo o listas de identificadores a partir de una forma a otra, o compare dos listas de identificadores para las referencias comunes del gene. - [Leído más MatchMiner]