Herramientas y software de Bioinformatics de la reconstrucción del phylogeny en línea.
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CIPRes - http://www.phylo.org/ El Cyberinfrastructure para que punterías phylogenetic del proyecto de la investigación (CIPRes) desarrollen una infraestructura de cómputo para la sistemática. Otras metas del proyecto incluyen proporcionar a un recurso central permitiendo la sistemática y educación y traini de cómputo - [leído más CIPRes] |
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Base de datos del uso de Codon -
http://www.kazusa.or.jp/codon/ Contenido de la CROMATOGRAFÍA GASEOSA del hallazgo y frecuencia del uso del codon para cualquier organismo que tenga una secuencia en GenBank. - [leído más base de datos del uso de Codon] |
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Sitio de Joes - programas del phylogeny -
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html Lista comprensiva de los conjuntos del phylogeny, compilada por Joe Felsenstein, creador de Phylip. - [leído más sitio de Joes - programas del phylogeny] |
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MEGA -
http://www.megasoftware.net/ MEGA (análisis evolutivo molecular de la genética) es una paquete de software para el análisis phylogenetic con un interfaz utilizador gráfico. Permite el ver y el corregir de los datos alineados de la secuencia de entrada de información y proporciona a muchas herramientas para el ana phylogenetic y estadístico - [ MÁS MEGA leída] |
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Mesquite -
http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html El mesquite es un proyecto abierto del software de la fuente diseñado para ocuparse de datos comparativos sobre organismos y análisis evolutivos. El mesquite contiene los módulos para el análisis phylogenetic, las genéticas de la población, y el análisis multivariate no-non-phylogenetic. - [leído más mesquite] |
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Base de datos de la taxonomía de NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy Clasificación taxonómica de todos los organismos con secuencias en GenBank. - [leído más base de datos de la taxonomía de NCBI] |
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NJplot -
http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html NJplot es una herramienta para visualizar árboles binarios tales como los árboles phylogenetic hechos salir de los programas de PHYLIP. Availiable para varias plataformas incluyendo Windows, MacOS, Linux y Solaris. - [leído más NJplot] |
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Servicio De Búsqueda De Orthologue - http://dove.embl-heidelberg.de/Blast2e/ ARRUINE una secuencia de la proteína entonces realizan análisis phylogenetic automatizado para detectar secuencias orthologous. - [leído más servicio de búsqueda de Orthologue] |
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PHYLIP -
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html Conjunto comprensivo de los programas para los análisis phylogenetic; disponible para la PC y el mac; código de fuente disponible para la compilación fácil en UNIX. - [leído más PHYLIP] |
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PhyloBLAST -
http://www.pathogenomics.bc.ca/phyloBLAST/ ARRUINE una secuencia de la proteína, después realice el análisis phylogenetic automatizado en golpes o en secuencias uploaded; análisis PHYLIP-basados. - [leído más PhyloBLAST] |
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PHYML -
http://atgc.lirmm.fr/phyml/ Phyml es un programa que construye árboles phylogenetic de alineaciones de la secuencia usando el método de la toda probabilidad. - [leído más PHYML] |
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Puzzleboot -
http://hades.biochem.dal.ca/Rogerlab/Software/software.html#puzzleboot Puzzleboot es un shell script de UNIX que facilita análisis de la carga inicial usando TREE-PUZZLE y PHYLIP. Realza TREE-PUZZLE permitiendo que uno analice datasets múltiples, y puede ser utilizado para el análisis de la carga inicial de la proteína y de la distancia de la DNA. - [leído más Puzzleboot] |
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Proyecto de la base de datos de Ribosomal - http://rdp.cme.msu.edu/ Curated altamente la base de datos de las secuencias alineadas y anotadas del rRNA con el acompañamiento de phylogenies; datos disponibles para la transferencia directa. - [leído más proyecto de la base de datos de Ribosomal] |
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Árbol de la vida -
http://phylogeny.arizona.edu/ proyecto Multi-sido autor que procura representar en línea el phylogeny entero de la vida en la tierra. - [leído más árbol de la vida] |
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TREE-PUZZLE -
http://www.tree-puzzle.de/ el A'rbol-rompecabezas es un programa que construye árboles phylogenetic de alineaciones de la secuencia usando el método de la toda probabilidad. - [leído más TREE-PUZZLE] |
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TreeJuxtaposer -
http://olduvai.sourceforge.net/ TreeJuxtaposer es una herramienta libre del software que permite una comparación visual de dos árboles en el formato de Newick (phylogenies, taxonomies, árboles del gene, etc.). Puede trabajar con los árboles que tienen hasta 500.000 nodos, y automáticamente calcula y marca las diferencias. - [leído más TreeJuxtaposer] |
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TreeView -
http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html Genera gráficos agradables de árboles; lee formatos múltiples del fichero del árbol; disponible para la transferencia directa para el mac o la PC. - [leído más TreeView] |
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Ala del phylogeny de UCMP -
http://www.ucmp.berkeley.edu/exhibit/phylogeny.html la "Phylogeny-Diversidad de la vida con tiempo" es un objeto expuesto en línea en la universidad del museo de California del Web site de la paleontología. Hay una introducción al phylogenetics y al cladistics, y usted puede navegar a través de un árbol phylogenetic muy informativo r - [leído más ala del phylogeny de UCMP] |
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Evolución que entiende -
http://evolution.berkeley.edu/evosite/evohome.html sitio fantástico para la evolución de teaching/understanding - [leído más evolución que entiende] |
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Weighbor -
http://www.t10.lanl.gov/billb/weighbor/index.html Weighbor es una herramienta para construir árboles phylogenetic de matrices de la distancia. Emplea una versión cargada del método vecino-que ensambla en el cual largas distancias en la matriz se dan menos peso. - [leído más Weighbor] |
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