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Postes Recientes Del Foro

Análisis De la Expresión Del Gene - Bioinformatics

La expresión del gene se puede determinar por varios métodos que incluyen en la amplia expresión de la proteína de los términos, y la expresión del mRNA.

análisis de la expresión del mRNA

el análisis de la expresión del mRNA o la expresión de los niveles del mRNA se puede probar por técnicas múltiples en un nivel en grande que éstos incluyen:

• Análisis microarray de la DNA
• Est o etiquetas expresadas de la secuencia de la DNA
• SABIO (análisis serial de la expresión del gene)
• El Ordenar Masivo Paralelo De la Firma (MPSS)
• hibridación "in-situ" multiplexado

En una escala más pequeña o confirmar resultados del grande-escale uno puede utilizar las técnicas siguientes de la expresión del mRNA:

• RT-PCR
• PCR En tiempo real
• Análisis de la protección del ribonuclease (RPA)

Sin embargo, el análisis bioinformatic puede ser utilizado. El análisis de Bioinformatic permite desviar del diagonal biológico de la medida y el ruido de las técnicas específicas y utiliza las herramientas estadísticas para separar el cambio significativo en la expresión del gene de ruido en estudios en grande o del alto-rendimiento de procesamiento del gene de la expresión.

Tales estudios se pueden emplear para determinar los genes implicados en un desorden: uno pudo comparar datos microarray de las células epiteliales cancerosas a los datos de las células no-cancerosas para determinar las transcripciones que para arriba-se regulan y abajo-se regulan en una población determinada de las células de cáncer.

Análisis De la Tecnología De Affymetrix GeneChip

La tecnología de Affymetrix GeneChip se utiliza con frecuencia para analizar modelos de la expresión del mRNA usando un acercamiento microarray.

Las informaciones en bruto generadas de matrices de la punta de prueba de GeneChip se pueden analizar usando el Affymetrix ((habitación del análisis de Microarray) el software MAS)4.0 y MAS5.0.

El software de la habitación del análisis de Microarray puede calcular una variedad que muchas medidas usar las intensidades del hibridación midió por el explorador de las matrices de la punta de prueba.

Algunos algoritmos del análisis de Affymetrix

Análisis De las Informaciones En bruto

La intensidad del arsenal entero de la punta de prueba se utiliza para los cálculos del fondo y del ruido en análisis de las informaciones en bruto.

Otras métricas comparan las intensidades de las células perfectas secuencia-especi'ficas de la punta de prueba del emparejamiento (P.M.) con sus células de la punta de prueba de la discordancía del control (milímetro) para que cada conjunto de la punta de prueba se determine si una transcripción es el presente (p), (m) marginal, o (a) ausente. Después, los números del positivo y los pares negativos de la punta de prueba se determinan para cada conjunto de la punta de prueba. Los números del positivo y de los conjuntos negativos de la punta de prueba entonces se utilizan para derivar las métricas que describen el funcionamiento de cada conjunto de la punta de prueba, de la fracción positiva y de la relación de transformación de Pos/Neg. El análisis de las informaciones en bruto también da lugar a llamadas de la ausencia y de la presencia, a la diferencia media, y a niveles de la expresión.

Análisis De la Comparación

El análisis de la comparación da la normalización y escalamiento, cálculo del cambio del doblez y los coeficientes de correlación.

Lazos Funcionales

Los lazos funcionales pueden ser probados usando varios métodos incluyendo:

• Enumerando los genes por los cambios en su expresión incluyendo plegable-Aumentan o disminuyen
• Árboles Phylogenetic
• Correspondencias Self-Organizing
• Redes De la Importancia

Análisis De la Expresión De la Proteína

Vea el análisis de la expresión de la proteína para más información sobre este asunto.

Foro De Bioinformatics De la Expresión Del Gene

Discuta y fije las preguntas sobre la expresión del gene en el foro de Bioinformatics.