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Genomics - Bioinformatics Comparativos

Introducción Comparativa De Genomics

El genomics comparativo es el estudio de lazos entre los genomas de diversas especies o las tensiones. El genomics comparativo es una tentativa de aprovecharse de la información proporcionada por las firmas de la selección para entender la función y los procesos evolutivos que actúan en genomas. Mientras que sigue siendo un campo joven, mantiene gran promesa de rendir penetraciones en muchos aspectos de la evolución de la especie moderna. La cantidad de información escarpada contenida en los genomas modernos (varios gigabytes en el caso de seres humanos) hace necesario que los métodos de genomics comparativo son sobre todo de cómputo en naturaleza. El encontrar del gene es una aplicación importante del genomics comparativo, al igual que descubrimiento de nuevo, los elementos funcionales de la no-codificacio'n del genoma.

El genomics comparativo explota semejanzas y diferencias en las proteínas, el RNA, y las regiones reguladoras de diversos organismos para deducir cómo la selección ha actuado sobre estos elementos. Esos elementos que son responsables de semejanzas entre diversas especies se deben conservar con el tiempo (selección que se estabiliza), mientras que esos elementos responsables de diferencias entre especies deben ser divergentes (selección positiva). Finalmente, esos elementos que son poco importantes al éxito evolutivo del organismo serán unconserved (la selección es neutral).

Identificar los mecanismos de la evolución eukaryotic del genoma por genomics comparativo es una de las metas importantes del campo. Sin embargo es complicada a menudo por la multiplicidad de acontecimientos que han ocurrido a través de la historia de linajes individuales, yéndose solamente los rastros a torcidos y sobrepuestos en el genoma de cada organismo vivo. Para los estudios comparativos de este genomics de la razón de los organismos modelo pequeños (por ejemplo levadura) sea de la gran importancia para avanzar nuestra comprensión de mecanismos generales de la evolución.

Viniendo lejos de su uso inicial de encontrar las proteínas funcionales, el genomics comparativo ahora se está concentrando en encontrar regiones reguladoras y las moléculas del siRNA. Recientemente, se ha descubierto que los estiramientos conservados largos de la parte distante relacionada de la especie a menudo de la DNA que no aparecen cifrar para ninguna proteína. Es desconocido en este tiempo qué función tales regiones ultra-conservadas sirven.

Los acercamientos de cómputo a la comparación del genoma se han convertido en recientemente un asunto común de la investigación en informática. El desarrollo de las matemáticas de ayuda de computadora (con productos tales como Mathematica o Matlab) ha ayudado a ingenieros, los matemáticos y los informáticos a comenzar a funcionar en este dominio, y una colección pública de estudios y de demostraciones de caso es crecimiento, extendiéndose de comparaciones enteras del genoma al análisis de la expresión del gene. Esto ha aumentado la introducción de diversas ideas, incluyendo conceptos de sistemas y control, teoría de información, análisis de cadenas y explotación minera de los datos. Se anticipa que los acercamientos de cómputo se convertirán en y seguirán siendo un asunto estándar para la investigación y la enseñanza, mientras que los estudiantes fluidos en ambos asuntos comienzan a ser formada en los cursos múltiples creados en el pasado pocos años.

Región Conservada Evolutiva Bioinformatics

Las regiones conservadas evolutivas ECRs también llamado para el cortocircuito son regiones de la secuencia (generalmente DNA) que se ha asociado para alinear con otros genomas y se conservan.

ECRs dentro de las alineaciones de los genomas se presentan en este browser gráfico, que representa y los color-co'digos ECRs en lo referente a los genes sabidos que se han anotado en el genoma bajo. ' asga característica del ECR ' permite que los utilizadores extraigan rápidamente las secuencias que corresponden a cualquier ECR, para visualizar alineaciones subyacentes de la secuencia y/o para identificar sitios obligatorios conservados del factor de la transcripción.

El browser del ECR es una herramienta dinámica nueva de la navegación de whole-genoma para la visualización y el estudio de lazos evolutivos entre los vertebrados y los genomas del no-vertebrado. El browser del ECR se está poniendo al día constantemente para incluir los genomas ordenados lo más recientemente posible disponibles (actualmente: ser humano, perro, ratón, rata, pollo, pufferfish de la rana dos (Fugu y Tetraodon), zebrafish, y 6 fruitflies). Ovcharenko, M.A. Nobrega, G.G. Loots, y L. Stubbs ECR Browser: una herramienta para visualizar y tener acceso a datos de las comparaciones de la investigación vertebrada múltiple de los ácidos nucleic de los genomas, 32, W280-W286 (2004)

ECRbase es la base de datos de las regiones conservadas evolutivas (ECRs), de los promotores, y de los sitios obligatorios del factor de la transcripción en los Genomas vertebrados creados usando alineaciones del browser del ECR

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