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Reconocimiento y caracterización de la proteína que obra recíprocamente 1 del receptor TGF-beta (... relacionó los artículos

Reconocimiento y caracterización de la proteína que obra recíprocamente 1 (TRIP-1) del receptor TGF-beta que contiene las repeticiones WD40 del sinensis de Clonorchis por bioinformatics, la reproducción, y la expresión en los escherichia coli.

Parasitol Res. el 2008 de julio 15;

Autores: Hu X, Zhou H, Hu F, Xu J, Zhao Y, Yu X

Una copia de la DNA que codificaba un homologue de la proteína que obraba recíprocamente (TGF-beta) 1 (TRIP-1) del receptor beta del factor del crecimiento que transformaba fue reconocida y aislada de la biblioteca integral del plasmid de la DNA del adulto del sinensis de Clonorchis. TRIP-1 es una molécula del bifunctional en todo el eukaryote, que modula el camino que señala de TGF-beta como substrato del phosphorylation del tipo TGF-beta kinase del receptor de II y controla el ensamblaje del ribosome y la traducción del mRNA como subunidad p36 del factor eukaryotic 3 del lanzamiento de la traducción. Las características estructurales e inmunológicas de TRIP-1 del sinensis de la C. (CsTRIP-1) eran analizadas por bioinformatics. La secuencia de codificación completa fue expresada en los escherichia coli, y el producto recombinant purificado fue obtenido. El borrar occidental con los sueros mezclados de pacientes del clonorchiasis era positivo, mientras que el normal era negativa, sugiriendo que es un candidato del antígeno de diagnóstico para el clonorchiasis. CsTRIP-1 ayudará para explorar la interacción entre el ordenador principal y el parásito así como el mecanismo por el cual los controles TGF-beta el desarrollo del sinensis de la C. y participan en la patogenesia.

PMID: 18626661 [ PubMed - según lo provisto por el editor ]

El modem de la interacción de la proteína destacó con Ras-MAPK/PI3K humano que señalaba P... relacionó los artículos

El modem de la interacción de la proteína destacó con Ras-MAPK/PI3K humano que señalaba caminos.

J Proteome Res. el 2008 de julio 15;

Autores: Wang J, Yuan Y, Zhou Y, Guo L, Zhang L, Kuai X, Deng B, Cacerola Z, Li D, Él F

Los caminos de Ras-MAPK y de PI3K-AKT se conservan en los organismos metazoan, que implican una serie de señalar las cascadas y forman la base para los procesos fisiológicos y patológicos numerosos. Aquí señalamos sobre la levadura dos resultados híbridos de la investigación de una red de la interacción de la proteína alrededor de los componentes sabidos de los caminos humanos de Ras-MAPK/PI3K. Un total de 42 investigaciones independientes de la biblioteca de la DNA dio lugar a 200 pares de la interacción de la protei'na-protei'na (PPI) entre 180 moléculas. La mayoría de las proteínas formaron un racimo grande que contiene 193 PPIs entre 169 proteínas. Setenta y cuatro interacciones indican alto-confianza según análisis del bioinformatics. La lista de la presa contiene genes altos del enriquecimiento con los términos específicos de Ontology del gene (VAYA) tales como respuesta a la tensión y respuesta al estímulo externo. La mayoría de las interacciones conectan el Ras que señala camino a varios procesos celulares. Cinco interacciones fueron validadas por análisis del coimmunoprecipitation y del colocalization en células mamíferas para confirmar sus interacciones ines vivo. Esta red de la interacción de la proteína proporciona a otras penetraciones en el mecanismo molecular de Ras-MAPK/PI3K que señala caminos.

PMID: 18624398 [ PubMed - según lo provisto por el editor ]

La identificación y la caracterización de genes diferenciado expresados en... relacionaron los artículos

Identificación y caracterización de genes diferenciado expresados en la reacción de la resistencia en el taro infectado con los colocasiae de Phytophthora.

Mol De Representante Del Biol. el 2008 de julio 13;

Autores: Sharma K, Mishra AK, Misra RS

La enfermedad del destrozo de la hoja causada por los colocasiae de Phytophthora representa un constreñimiento importante al crecimiento y a la producción del taro (Colocasia L. esculenta). La investigación en curso sobre los sistemas modelo de la planta ha revelado que las respuestas de la defensa están activadas vía señalar los caminos mediados por la molécula que señala endógena tal como ácido salicílico, ácido jasmonic, y etileno. La activación de las defensas de la planta se asocia a los cambios en la expresión del número grande de genes. Para ganar una comprensión mejor de las respuestas de la defensa, la raza virulenta de los colocasiae del P. fue utilizada para inocular el cultivar UL-56 del taro (compatible) y su línea casi isogenic Muktakeshi (incompatible). Hemos empleado el hibridación subtractive represivo (SSH), bibliotecas de la DNA, análisis norteño de la mancha blanca /negra, la DNA alta del rendimiento de procesamiento que ordenaba, y el bioinformatics para identificar los genes defensa-relacionados en el taro inducido por la infección de los colocasiae del P.. Dos genes supuestos de la resistencia y un factor de la transcripción fueron identificados entre upregulated secuencias. La expresión de varios genes del candidato incluyendo las proteínas de la transferencia del lípido (LTPs), y otros genes patogenesia-relacionados fueron evaluados después de 8-48 h del aspecto del síntoma en interacciones compatibles e incompatibles. Los resultados confirmaron la expresión total más alta de estos genes en Muktakeshi (resistente) comparado a UL-56 (susceptible). Este estudio constituye la primera tentativa de caracterizar el transcriptome diferenciado del taro asociado a interacciones el ordenador principal-pato'geno de diversos genotipos. Todo el ESTs generado se ha sometido a GenBank para otros estudios funcionales.

PMID: 18622758 [ PubMed - según lo provisto por el editor ]

Clasificación con la opción del rechazo en datos de la expresión del gene. Artículos Relacionados

Clasificación con la opción del rechazo en datos de la expresión del gene.

Bioinformatics. el 2008 de julio 10;

Autores: Hanczar B, Dougherty ER

MOTIVACIÓN: Los métodos de la clasificación usados típicamente en bioinformatics clasifican todos los ejemplos, incluso si la clasificación es ambigua, por ejemplo, cuando el ejemplo está cerca del hyperplane de separación en la clasificación linear. Para las aplicaciones médicas, puede ser mejor clasificar un ejemplo solamente cuando hay un grado suficientemente alto de exactitud, más bien que clasifica todos los ejemplos con exactitud decente. Por otra parte, cuando se clasifican todos los ejemplos, la regla de la clasificación no tiene ningún control sobre la exactitud del clasificador; el algoritmo apenas apunta producir un clasificador con la tarifa de error más pequeña posible. En nuestro acercamiento, fijamos la exactitud del clasificador y de tal modo elegimos un riesgo deseado del error. RESULTADOS: Nuestro método consiste en el definir de una región del rechazamiento en el espacio de la característica. Esta región contiene los ejemplos por los cuales la clasificación es ambigua. Éstos son rechazados por el clasificador. La exactitud del clasificador se convierte en un parámetro definido por el usario de la regla de la clasificación. La tarea de la regla de la clasificación es reducir al mínimo la región del rechazamiento con el constreñimiento que el índice de error del clasificador sea limitado por el error elegido de la blanco. Este acercamiento también se utiliza en el paso de progresión de la caracteri'stica-seleccio'n. Los resultados computados en datos sintetizados y verdaderos muestran que la exactitud del clasificador está mejorada perceptiblemente. CONTACTO: edward@ece.tamu.edu, INFORMACIÓN SUPLEMENTARIA de hanczar_blaise@yahoo.fr: Web site Del Compañero (1).

PMID: 18621758 [ PubMed - según lo provisto por el editor ]

Experiencia usando los servicios del Web para el análisis biológico de la secuencia. Artículos Relacionados

Experiencia usando los servicios del Web para el análisis biológico de la secuencia.

Bioinform Abreviado. el 2008 de julio 11;

Autores: Stockinger H, Attwood T, SN De Chohan, Côté R, Cudré-Mauroux P, Falquet L, Fernandes P, Finn Rd, Hupponen T, Korpelainen E, Labarga A, Laugraud A, Lima T, Pafilis E, Pagni M, Pettifer S, Phan I, Rahman N

El acceso programático a los datos y a las herramientas con el Web que usa servicios supuestos del Web tiene un papel importante a jugar en bioinformatics. En este artículo, discutimos los acercamientos más populares basados en SOAP/WS-I y RESTO y describimos nuestro, una sección transversal de la comunidad, experiencias con proporcionar y usar a servicios del Web en el contexto del análisis biológico de la secuencia. Repasamos abreviadamente acercamientos tecnológicos principales tan bien como las mejores indirectas de la práctica que son útiles para los utilizadores y los reveladores. Finalmente, las ediciones sintácticas y semánticas de la integración de los datos con servicios múltiples del Web se discuten.

PMID: 18621748 [ PubMed - según lo provisto por el editor ]