Πρωτεϊνική πρόβλεψη δομών

Τα εργαλεία Bioinformatic είναι σε θέση να προβλέψουν τη δομή μιας πρωτεϊ'νης είτε στις 2-διαστάσεις (2$ος) είτε τις τρεις-διαστάσεις (τρισδιάστατες). Αυτό μπορεί να μην είναι μια πραγματική αντιπροσώπευση της πραγματικής δομής μιας πρωτεϊ'νης, εντούτοις είναι μια καλή αφετηρία για να προβλέψει τις ενζυματικές τσέπες, και πρωτεϊνικός-πρωτεϊνικές δικτυακές γειτονιές αλληλεπίδρασης. Μετά από την πρόβλεψη, η επιβεβαίωση της πρωτεϊνικής δομής μπορεί να γίνει χρησιμοποιώντας τις των ακτίνων X τεχνικές κρυσταλλογραφίας.

Προγράμματα Bioinformatic που χρησιμοποιούνται για να προβλέψουν τη δευτεροβάθμια δομή:

(Παρακαλώ δείτε την πρωτεϊνική βάση δεδομένων εργαλείων Bioinformatic πρόβλεψης δομών μας για τη 2$α πρόβλεψη

και πρωτεϊνική βάση δεδομένων εργαλείων Bioinformatic πρόβλεψης δομών για την τρισδιάστατη πρόβλεψη.και η βάση δεδομένων μας για την ανάκτηση των πρωτεϊνικών στοιχείων δομών από τις 3-διαστατικές βάσεις δεδομένων.

Τα πειραματικά στοιχεία μπορούν να χρησιμοποιηθούν για να βοηθήσουν στην πρωτεϊνική δομή πρόβλεψης. Ο ακόλουθος είναι πειράματα που μπορούν να βοηθήσουν στην πρωτεϊνική ανάλυση δομών:

- Εντοπισμός των δεσμών δισουλφιδίου (παρέχετε τους σφιχτούς περιορισμούς στη θέση cysteines στο διάστημα)

- Στοιχεία φασματοσκοπίας που μπορούν να δώσουν τις ενδείξεις στη δευτεροβάθμια σύσταση δομών της πρωτεϊ'νης ενδιαφέροντός σας

- Η περιοχή κατεύθυνε τα πειράματα μεταλλαξιγένεσης, (που αντικαθιστούν την αλανίνη Α ΑΛΑ για τα διάφορα αμινοξέα και έπειτα που ελέγχουν τη λειτουργία της πρωτεϊ'νης) που μπορούν να δώσουν τη σημαντική διορατικότητα στα υπολείμματα που είναι σημαντικά στην ενεργό περιοχή ενός ενζύμου ή τις πρωτεϊνικός-πρωτεϊνικές αλληλεπιδρώντας περιοχές συσχετισμών ή τις δικτυακές γειτονιές.

- Λάβετε τα πειραματικά στοιχεία των μετα-μεταφραστικών modifictions (π.χ. phosphorylation και glycosylation οι περιοχές μπορούν να προτείνουν τα υπολείμματα που πρέπει να είναι εξωτερικά προσιτά και μπορούν έτσι να είναι υπολείμματα επιφάνειας)

- Proteolytic περιοχές σχισίματος.

Να λάβει αυτό το στοιχείο υπόψη κατά το διεύθυνση της πρόβλεψης της πρωτεϊνικής δομής είναι σημαντικό, όπως αυτό είναι δομικό στοιχείο που είναι αποδεδειγμένο experimentally.0

Εξετάστε εάν οι προβλέψεις δομών συμφωνούν με τα πειραματικά αποτελέσματα. Αυτό μπορεί να εξετάσει την ισχύ των προβλεφθεισών πρωτεϊνικών δομών.

Στείλετε αυτήν την σελίδα σε έναν φίλο

Βιοπληροφορική, πρωτόκολλα, RNA πρωτεϊνικό Proteomics DNA

Ενδοκυτταρικοί σταθμοί

Πρωτεϊνική πρόβλεψη δομών

Προγράμματα Bioinformatic που χρησιμοποιούνται για να προβλέψουν τη δευτεροβάθμια δομή: