Η μοριακή βιολογία Blog

Πρωτεϊνικά πρωτόκολλα

Πρωτεϊνική εγκυκλοπαίδεια

Πρωτεϊνική βιοπληροφορική

Πρωτεϊνικό φόρουμ επιστήμης

Πρωτεϊνικό Blog

Ειδήσεις DNA

Πρωτεϊνικό μοτίβο και πρωτεϊνική πρόβλεψη δικτυακών γειτονιών

Επίσης Δείτε τη βάση δεδομένων συνδέσεών μας πρωτεϊνικών εργαλείων Bioinformatic μοτίβου

Τα πρωτεϊνικές μοτίβα και οι δικτυακές γειτονιές είναι σημαντικά δεδομένου ότι παρέχουν τις ενδείξεις τόσο στις posible λειτουργίες της πρωτεϊ'νης, και τις πιθανές αλληλεπιδράσεις της πρωτεϊ'νης. Εάν η πρωτεϊ'νη έχει παραδείγματος χάριν μια δικτυακή γειτονιά για το συσχετισμό DNA, θα προβλέπατε ότι εκείνη η πρωτεϊ'νη μπορεί να ενεργήσει με τη δέσμευση στις ακολουθίες DNA.

Μια σημείωση για το πρωτεϊνικό μοτίβο και τις πρωτεϊνικές αναζητήσεις βάσεων δεδομένων δικτυακών γειτονιών: Οι περισσότερες πρωτεϊ'νες είναι μορφωματικές με διάφορες δικτυακές γειτονιές. Εάν το πρωτεϊνικό ή άγνωστο proteni σας είναι το πιό παρόμοιοτο με μια πρωτεϊνική κινάση, αυτό απαραιτήτως δεν σημαίνει ότι είναι μια κινάση - είναι δυνατό οι δύο πρωτεϊ'νες μοιράζεται διάφορες άλλες δικτυακές γειτονιές (δηλ. διάφορες SH3 δικτυακές γειτονιές).

Δείτε τη βάση δεδομένων συνδέσεών μας πρωτεϊνικών εργαλείων Bioinformatic μοτίβου

Πρωτεϊνικές βάσεις δεδομένων μοτίβου:

CDD η συντηρημένη βάση δεδομένων δικτυακών γειτονιών. Οι πρωτεϊ'νες περιέχουν συχνά διάφορες ενότητες ή δικτυακές γειτονιές, κάθε μια με μια ευδιάκριτη εξελικτική προέλευση και λειτουργία. Η συντηρημένη βάση δεδομένων δικτυακών γειτονιών NCBI είναι μια συλλογή των πολλαπλάσιων ευθυγραμμίσεων ακολουθίας για τις αρχαίες δικτυακές γειτονιές και τις ολόκληρες πρωτεϊ'νες. Η υπηρεσία Cd-anazi'tisis μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να προσδιορίσει τις συντηρημένες δικτυακές γειτονιές παρούσες σε μια πρωτεϊνική ακολουθία ερώτησης.

Αναζήτηση αναζήτησης λέξης κλειδιού CDD η συντηρημένη βάση δεδομένων δικτυακών γειτονιών από τη λέξη κλειδί σε Entrez Pubmed.

CDART: Συντηρημένο εργαλείο ανάκτησης αρχιτεκτονικής δικτυακών γειτονιών

Το InterPro InterPro είναι μια βάση δεδομένων των πρωτεϊνικών οικογενειών, των δικτυακών γειτονιών και των λειτουργικών περιοχών στις οποίες τα ευπροσδιόριστα χαρακτηριστικά γνωρίσματα που βρίσκονται στις γνωστές πρωτεϊ'νες μπορούν να εφαρμοστούν στις άγνωστες πρωτεϊνικές ακολουθίες.

Το PROSite PROSITE είναι μια βάση δεδομένων των πρωτεϊνικών οικογενειών και των δικτυακών γειτονιών. Αποτελείται από τις βιολογικά σημαντικά περιοχές, τα πρότυπα και τα σχεδιαγράμματα που βοηθούν να προσδιορίσουν σοβαρά σε ποια γνωστή πρωτεϊνική οικογένεια (ενδεχομένως) μια νέα ακολουθία ανήκει.

Το Pfam Pfam είναι μια μεγάλη συλλογή των πολλαπλάσιων ευθυγραμμίσεων ακολουθίας και των κρυμμένων markov μοντέλων που καλύπτουν πολλές κοινές πρωτεϊνικές δικτυακές γειτονιές. Η έκδοση Pfam 7.7b (Οκτώβριος 2002) περιέχει τις ευθυγραμμίσεις και τα μοντέλα για 4832 πρωτεϊνικές οικογένειες, βασισμένα στο Swissprot 40 και SP- TrEMBL

ProDom πρωτεϊνική βάση δεδομένων δικτυακών γειτονιών

PairsDB ο αυτόματος αλγόριθμος αποσύνθεσης δικτυακών γειτονιών (ADDA) χρησιμοποιείται για να παραγάγει μια βάση δεδομένων των πρωτεϊνικών οικογενειών δικτυακών γειτονιών με την πλήρη κάλυψη όλων των πρωτεϊνικών ακολουθιών. Οι ακολουθίες είναι χωρισμένες στις δικτυακές γειτονιές και οι δικτυακές γειτονιές ομαδοποιούνται στις πρωτεϊνικές οικογένειες δικτυακών γειτονιών σε μια εντελώς αυτοματοποιημένη διαδικασία. Η παρούσα βάση δεδομένων περιέχει τις δικτυακές γειτονιές για περισσότερες από 1,5 εκατομμύριο ακολουθίες σε περισσότερες από 40.000 οικογένειες δικτυακών γειτονιών. Ειδικότερα, υπάρχουν 3828 νέες οικογένειες δικτυακών γειτονιών που δεν επικαλύπτουν με οι βάσεις δεδομένων δικτυακών γειτονιών Pfam, SCOP και InterPro. Στοιχεία isfreely διαθέσιμα για τη μεταφόρτωση και τη συζήτηση μέσω μιας διαπροσωπείας Ιστού. Δείτε επίσης:
PairsDB οικογενειακή αναζήτηση δικτυακών γειτονιών
PairsDB οι οικογένειες δικτυακών γειτονιών περιοδεύουν

Οι ΤΥΠΩΜΕΝΕΣ ΎΛΕΣ ΤΥΠΩΜΕΝΩΝ ΥΛΏΝ είναι μια επιτομή των πρωτεϊνικών δακτυλικών αποτυπωμάτων. Ένα δακτυλικό αποτύπωμα είναι ομάδα συντηρημένων μοτίβων που χρησιμοποιούνται για να χαρακτηρίσουν μια πρωτεϊνική οικογένεια η διαγνωστική δύναμή της καθαρίζεται από την επαναληπτική ανίχνευση ενός σύνθετου ελβετικός- PROT/$l*TrEMBL. Συνήθως τα μοτίβα δεν επικαλύπτουν, αλλά είναι χωρισμένα κατά μήκος μιας ακολουθίας, αν και μπορούν να είναι παρακείμενα στο τρισδιάστατος-διάστημα. Τα δακτυλικά αποτυπώματα μπορούν να κωδικοποιήσουν τις πρωτεϊνικές πτυχές και τις λειτουργίες πιό ελαστικά και με δύναμη από μπορεί να ξεχωρίσει τα μοτίβα, πλήρης διαγνωστική δύναμη που προέρχεται από το αμοιβαίο πλαίσιο που παρέχεται από τους γείτονες μοτίβου.

Τα χτυπήματα ανίχνευσης μοτίβου ΧΤΥΠΗΜΑΤΩΝ είναι μια ελεύθερη βάση δεδομένων που αφιερώνεται στις πρωτεϊνικές δικτυακές γειτονιές. Είναι επίσης μια συλλογή των εργαλείων για την έρευνα για τις σχέσεις των πρωτεϊνικών ακολουθιών και των μοτίβων που περιγράφονται μεταξύ σε τους. Αυτά τα μοτίβα καθορίζονται από μια ετερογενή συλλογή των προαγγέλων, που περιλαμβάνει αυτήν την περίοδο τις κανονικές εκφράσεις, γενίκευσαν τα σχεδιαγράμματα και τα κρυμμένα markov μοντέλα

Ερευνητικό εργαλείο αρχιτεκτονικής του SMART απλό μορφωματικό. Στόχος: για να επιτρέψει τον αυτόματους προσδιορισμό και το σχολιασμό των δικτυακών γειτονιών στις χρήστης-παρεχόμενες πρωτεϊνικές ακολουθίες.

PROClass η βάση δεδομένων ProClass είναι μια μη-περιττή πρωτεϊνική βάση δεδομένων που οργανώνεται σύμφωνα με τις οικογενειακές σχέσεις όπως καθορίζεται συλλογικά από ProSite τα πρότυπα και PIR superfamilies. Η βάση δεδομένων ProClass μπορεί να διευκολύνει την πρωτεϊνική ανάκτηση οικογενειακών πληροφοριών, να παρουσιάσει τις σχέσεις δικτυακών γειτονιών και οικογενειών, και να ταξινομήσει πολυ- οι πρωτεϊ'νες, από το συνδυασμό σφαιρικό και τις ομοιότητες μοτίβου σε ένα ενιαίο σχέδιο οικογενειακής οργάνωσης.

ExPASY ΕΛΒΕΤΙΚΟΣ εξερευνήσιμος κεντρικός υπολογιστής της βιολογίας ευρετηρίωνPROT μοριακός του πανεπιστημίου της Γενεύης: περιέχει το εξερευνήσιμο ευρετήριο ελβετικός- PROT.

Το ExPASY PROSITE PROSITE είναι μια βάση δεδομένων των πρωτεϊνικών οικογενειών και των δικτυακών γειτονιών. Αποτελείται από τις βιολογικά σημαντικά περιοχές, τα πρότυπα και τα σχεδιαγράμματα που βοηθούν να προσδιορίσουν σοβαρά σε ποια γνωστή πρωτεϊνική οικογένεια (ενδεχομένως) μια νέα ακολουθία ανήκει.

SYSTERS πρωτεϊνική οικογενειακή βάση δεδομένων από τα μοτίβα

TIGRFAM η βάση δεδομένων είναι πρωτεϊνικές οικογένειες που εδρεύουν στα κρυμμένο markov μοντέλα ή HMMs.

eMotif ψάξτε το eMOTIFS προέρχεται από τις πολλαπλάσιες ευθυγραμμίσεις ακολουθίας στις ΟΜΑΔΕΣ ΔΕΔΟΜΈΝΩΝ + τη βάση δεδομένων.

ΜΟΤΙΒΟ: Μπορέστε να ψάξει τις πολλαπλάσιες βάσεις δεδομένων συμπεριλαμβανομένου: PROSITE πρότυπο, PROSITE σχεδιάγραμμα, ΟΜΑΔΕΣ ΔΕΔΟΜΈΝΩΝ, ProDom, ΤΥΠΩΜΈΝΕΣ ΎΛΕΣ, Pfam, Pfam_fs για τα τεμάχια, και μια καθορισμένη από το χρήστη βιβλιοθήκη σχεδιαγράμματος.

HMM αναζήτηση - αναζήτηση μοτίβου μιας πρωτεϊνικής ακολουθίας που χρησιμοποιεί μια πφαμ- βάση δεδομένων των πρωτεϊνικών δικτυακών γειτονιών - Sanger κέντρο (UK).

HMM αναζήτηση - αναζήτηση μοτίβου μιας πρωτεϊνικής ακολουθίας που χρησιμοποιεί μια πφαμ- βάση δεδομένων των πρωτεϊνικών δικτυακών γειτονιών - WUSTL (ΗΕ).

MAST - εργαλείο ευθυγράμμισης και αναζήτησης μοτίβου - Pasteur Inst (Γαλλία).

MEME - πολλαπλάσιο EM για την απόκτηση μοτίβου - ίδρυμα Pasteur (Γαλλία).

ΜΟΤΙΒΟ - υπηρεσία αναζήτησης προτύπων - το κρατικό u (ΗΕ) του Iowa.

PatternFind - αναζήτηση προτύπων ακολουθίας - αναζήτηση προτύπων διάφορων βάσεων δεδομένων συμπεριλαμβανομένου: Ελβετικός- Prot, TrEMBL, παραλλαγές συναρμογών ελβετικός- Prot, trEST, trGEN,
trome, παρόντα ENSEMBL πεπτίδια για όλα τα είδη, μικροβιακά πλήρη proteomes, RefSeq έκδοση, RefSeq εβδομαδιαίες αναπροσαρμογές, PATTINPROT - αναζήτηση προτύπων ακολουθίας ερώτησης - Πολωνός βιο- Informatique Lyonnaise (Γαλλία), Pratt2.1 - εργαλείο ανακαλύψεων προτύπων, Pratt - u Ελσίνκι (Φινλανδία), Pratt - Pasteur Inst (Γαλλία), Pratt - Inst ηνφορματηκ-u Bergensis (Νορβηγία), Pratt - EBI (UK).

PROSITE - αναζητήσεις μοτίβων σχεδιαγράμματος της βάσης δεδομένων ProSite.

PROSITE αναζήτηση - Genestream - IGH Μονπελιέ (Γαλλία).

ScanProsite - ανίχνευση μια πρωτεϊνική ακολουθία ενάντια στο DB PROSITE - ExPASy (Ελβετία).

Βάσεις δεδομένων μοτίβου πρωτεϊ'νης εγκαταστάσεων:

PlantP

PHYTOPROT η γενική διαδικασία πίσω από PHYTOPROT συνίσταται στην εκτέλεση μιας "όλος-από-όλησ" σύγκρισης (των υποθετικών) πρωτεϊνικών ακολουθιών με το λογισμικό BIOFACET, που χτίζει τους τομείς των ακολουθιών (μοχσενη- Zadeh et Al, Recomb 2003) βασισμένων στην ομοιότητά τους και τελικά που παρουσιάζει ΰ το Λα Prodom οι δικτυακές γειτονιές κοινές στις ακολουθίες σε κάθε τομέα

Το Integr8 Arabidopsis Thalania παρέχει τις πληροφορίες για την πρωτεϊ'νη χρησιμοποιώντας την αναζήτηση λέξης κλειδιού. Περιέχει τις πληροφορίες δικτυακών γειτονιών μέσα στην αναζήτηση.

Πρωτεϊνικές οικογένειες Arabidopsis Pfam

Πρωτεϊνικές βάσεις δεδομένων μοτίβου παρασίτων:

Βάση δεδομένων μοτίβου παρασίτων αναζήτησης μοτίβου παρασίτων. Βάσεις δεδομένων: Όλο το Leishmania, Leishmania σημαντικό Friedlin, Trypanosoma brucei, Trypanosoma cruzi, όλο το Crithidia, όλα τα kinetoplastids, Plasmodium falciparum, όλο το Plasmodium, toxoplasma gondii, όλο το Apicomplexa, όλο το Schistosoma, όλο το Filarioidea.

Αλλες πρωτεϊνικές βάσεις δεδομένων μοτίβου ειδών:

Αλλα είδη σε Integr8

Pfam άλλα είδη

Στείλετε αυτήν την σελίδα σε έναν φίλο

Βιοπληροφορική, πρωτόκολλα, RNA πρωτεϊνικό Proteomics DNA

Ενδοκυτταρικοί σταθμοί

Πρωτεϊνικό μοτίβο και πρωτεϊνική πρόβλεψη δικτυακών γειτονιών

Πρωτεϊνικές βάσεις δεδομένων μοτίβου:

Βάσεις δεδομένων μοτίβου πρωτεϊ'νης εγκαταστάσεων:

Πρωτεϊνικές βάσεις δεδομένων μοτίβου παρασίτων:

Αλλες πρωτεϊνικές βάσεις δεδομένων μοτίβου ειδών: