Η μοριακή βιολογία Blog


Πρωτεϊνικά πρωτόκολλα σειράς	Πρωτεϊνική βιοπληροφορική σειράς	Μάθετε για τις πρωτεϊνικές σειρές	Πρωτεϊνικά εξαρτήσεις και προϊόντα σειράς	Πρωτεϊνικό φόρουμ σειράς	Ειδήσεις Proteomic

Πρωτεϊνική βιοπληροφορική σειράς

Μάθετε για τις πρωτεϊνικές σειρές

Πρωτεϊνικά εξαρτήσεις και προϊόντα σειράς

Πρωτεϊνικό Microarray συλλαμβάνει τα μόρια και τους περιορισμούς τους

Τσιπ Microarray πρωτεϊ'νης και αντισωμάτων

Συλλάβετε τα μόρια και τους περιορισμούς τους - πρωτεϊνικά τσιπ

Συλλάβετε τα μόρια και τους περιορισμούς τους
Η πιό κοινή μορφή των αναλυτικών πρωτεϊνικών σειρών είναι αντίσωμα microarrays σε ποια αντισώματα (ή τους μίμους αντισωμάτων) που δεσμεύουν τα συγκεκριμένα αντιγόνα παρατάσσονται σε μια φωτογραφική διαφάνεια γυαλιού στην υψηλή πυκνότητα. Ένα lysate περνούν πέρα από τη σειρά και το συνδεδεμένο αντιγόνο ανιχνεύεται μετά από την πλύση. Η μεγαλύτερη πρόκληση με αυτές τις μεθόδους παράγει τα αντιδραστήρια που προσδιορίζουν την πρωτεϊ'νη ενδιαφέροντος και με την αρκετά υψηλή ιδιομορφία για μια μόδα υψηλός-ρυθμοαπόδοσης. Αν και τα αντισώματα είναι το παραδοσιακό αντιδραστήριο της επιλογής για την ανίχνευση των πρωτεϊνών στα σύνθετα μίγματα, οι polyclonal οροί δεν είναι συχνά συγκεκριμένοι και είναι ακριβοί να παραγάγουν. Επίσης, η συμβατική μέθοδος υβριδωμάτων τα ιδιαίτερα συγκεκριμένα μονοκλονικά αντισώματα είναι χρονοβόρο, επίμοχθο και δαπανηρό (8).

Διάφορες μελέτες που χρησιμοποιούν τα αντισώματα έχουν πραγματοποιηθεί πρόσφατα παρά τα εμπόδια στη λήψη των συγκεκριμένων αντισωμάτων. Σε μια από τις μεγαλύτερες μελέτες μέχρι σήμερα, Sreekumar et το Al επισήμαναν 146 ευδιάκριτα αντισώματα στο γυαλί για να ελέγξουν τις εναλλαγές της πρωτεϊνικής ποσότητας στα κύτταρα καρκινωμάτων άνω και κάτω τελειών LoVo. Τα αποτελέσματά τους αποκάλυψαν τον radiation-induced επάνω-κανονισμό πολλών ενδιαφερουσών πρωτεϊνών, συμπεριλαμβανομένου p53, του παράγοντα 40 και 45 τεμαχισμού DNA, της νέκρωσης όγκων παράγοντας-σχετικής με τον ligand, καθώς επίσης και των κάτω-ρυθμισμένων πρωτεϊνών (58).

Μέχρι σήμερα, το περισσότερο αντίσωμα microarrays παρήχθη με αρκετό δωδεκάδ ή μερικές εκατοντάες εμπορικά διαθέσιμο πολυ - ή μονοκλονικά αντισώματα. Αν και οι δεκάδες χιλιάδων αντισώματα είναι εμπορικά διαθέσιμες, αυτός ο αριθμός είναι ανεπαρκής επειδή για τις περισσότερες πρωτεϊ'νες δεν υπάρχει κανένα διαθέσιμο αντίσωμα. Το γεγονός ότι πολλά αντισώματα είναι glycosylated και περιέχουν τις μεγάλες βασισμένες στις πρωτεϊ'νες ενισχυτικές δομές σημαίνει ότι διαγώνιος-αντιδρούν συχνά με περισσότερες από μια πρωτεϊ'νες στόχων. Αυτό μπορεί να συμβάλει σε έναν μεγάλο αριθμό ψεύτικων θετικών (9). Κατά συνέπεια ένα άλλο πρόβλημα έχει λάβει τα αντισώματα υψηλός-ιδιομορφίας.

Ένα από το μέγιστο πρόβλημα με τις σειρές αντισωμάτων είναι ιδιομορφία. Οι πρωτεϊ'νες είναι συχνά παρούσες σε μια πολύ μεγάλη δυναμική περιοχή (106) κατά συνέπεια, τα αντιδραστήρια που να έχουν την υψηλή συγγένεια για μια πρωτεϊ'νη, αλλά είναι χαμηλή συγγένεια για άλλη θα εκθέσουν ακόμα την ανίχνευση της χαμηλότερης πρωτεϊ'νης συγγένειας εάν είναι πιό επικρατόν (9). Μια ομάδα ερεύνησε τη δυνατότητα 115 καλά-χαρακτηρισμένων ζευγαριών–αντιγόνων αντισωμάτων να αντιδράσει στα υψηλής πυκνότητας microarrays στις τροποποιημένες φωτογραφικές διαφάνειες γυαλιού. 30% των ζευγαριών εμφάνισε αναμενόμενες γραμμικές σχέσεις, δείχνοντας ότι ένα μέρος των αντισωμάτων ήταν κατάλληλο για την ποσοτική ανάλυση (33). Πολλές ομάδες έχουν χρησιμοποιήσει τις δοκιμές σάντουιτς για να αποφύγουν αυτό το πρόβλημα. Μια δοκιμή σάντουιτς εκτελείται με την επισήμανση του πρώτου αντισώματος στη σειρά και έπειτα την ανίχνευση της χρησιμοποίησης ένα δεύτερο αντίσωμα που αναγνωρίζει ένα διαφορετικό μέρος των πρωτεϊνών. Αυτή η προσέγγιση αυξάνει εντυπωσιακά την ιδιομορφία της ανίχνευσης αντιγόνων, αλλά απαίτησε ότι ο πιό ελάχιστα δύο υψηλής ποιότητας αντισώματα υπάρχουν για κάθε αντιγόνο που ανιχνεύεται (8).

Έπειτα: Αντίσωμα Microarrays: Προβλήματα και λύσεις

Αναφορές για την πρωτεϊ'νη και το αντίσωμα Microarrays

Σε:

Εισαγωγή και υπόβαθρο στα πρωτεϊνικά τσιπ και τα τσιπ αντισωμάτων.

Τύποι αντισωμάτων και πρωτεϊνικών τσιπ

Στείλετε αυτήν την σελίδα σε έναν φίλο

Βιοπληροφορική, πρωτόκολλα, RNA πρωτεϊνικό Proteomics DNA

Ενδοκυτταρικοί σταθμοί

Πρωτεϊνικά πρωτόκολλα σειράς

Πρωτεϊνική βιοπληροφορική σειράς

Μάθετε για τις πρωτεϊνικές σειρές

Πρωτεϊνικά εξαρτήσεις και προϊόντα σειράς

Πρωτεϊνικό φόρουμ σειράς

Ειδήσεις Proteomic

Πρωτεϊνικό Microarray συλλαμβάνει τα μόρια και τους περιορισμούς τους

Συλλάβετε τα μόρια και τους περιορισμούς τους - πρωτεϊνικά τσιπ