Η μοριακή βιολογία Blog


Πρωτεϊνικά πρωτόκολλα σειράς	Πρωτεϊνική βιοπληροφορική σειράς	Μάθετε για τις πρωτεϊνικές σειρές	Πρωτεϊνικά εξαρτήσεις και προϊόντα σειράς	Πρωτεϊνικό φόρουμ σειράς	Ειδήσεις Proteomic

Πρωτεϊνική βιοπληροφορική σειράς

Μάθετε για τις πρωτεϊνικές σειρές

Πρωτεϊνικά εξαρτήσεις και προϊόντα σειράς

Πρωτεϊνική σύνδεση στα τσιπ Microarray

Πρωτεϊ'νη και αντίσωμα Microarrays

Δημιουργία και κατασκευή των τσιπ Microarray πρωτεϊ'νης και αντισωμάτων

Σύνδεση
            Για να συνδέσει τις πρωτεϊ'νες με μια στερεά επιφάνεια, η επιφάνεια του υποστρώματος πρέπει να τροποποιηθεί για να επιτύχει τη μέγιστη ικανότητα συσχετισμών (8.27). Οι πρωτεϊ'νες είναι συνδεμένες με το τσιπ σε ένα πρωτεϊνικό στρώμα σύνδεσης (δείτε το σχήμα 3). Αυτό το στρώμα είναι χαρακτηριστικά μια οργανική ταινία που ποικίλλει με τη φύση της εφαρμογής. Ποικίλα υλικά έχουν μελετηθεί συμπεριλαμβανομένου του αγαρόζης (39), δεξτραν-βασισμένο hydrogel (40), των πορωδών polyacrylamide hydrogel υδρόφιλων πολυμερών σωμάτων και των οξέων polyamino (41).
            Μια κατάλληλη μέθοδος σύνδεσης χρησιμοποίησε την νητροθελλuλοσε-μεμβράνη ή η πολυ-λ-λυζίνη έντυσε το γυαλί έτσι ώστε οι πρωτεϊ'νες να μπορούν να απορροφηθούν παθητικά επάνω στην επιφάνεια μέσω των μη συγκεκριμένων αλληλεπιδράσεων (34.42.43). Οι συνημμένες πρωτεϊ'νες δεσμεύουν επάνω στην επιφάνεια στους τυχαίους προσανατολισμούς και μπορούν να πλυθούν μακριά υπό τους αυστηρούς όρους πλύσης. Εντούτοις, το επίπεδο θορύβου είναι συνήθως πιό υψηλό λόγω της μη συγκεκριμένων απορρόφησης/της προσρόφησης.
            Μια πιό συγκεκριμένη και ισχυρότερη σύνδεση επιτυγχάνεται με τη δημιουργία των αντιδραστικών επιφανειών στο γυαλί που μπορεί covalently διασύνδεση στις πρωτεϊ'νες (31.36.26). Ένας διλειτουργικός silane διαγώνιος-συνδετικός εκδότης χρησιμοποιείται για να διαμορφώσει μόνος-συγκεντρωμένο monolayer (SAM), που έχει μια λειτουργική ομάδα που αντιδρά με τις ομάδες υδροξυλίου σχετικά με το γυαλί η επιφάνεια γυαλιού, και μια άλλη ομάδα που είναι ελεύθερη να αντιδράσει με τις αρχικές ομάδες αμινών πρωτεϊνών ή μπορεί περαιτέρω χημικά να τροποποιηθεί για να φθάσει στη μέγιστη ιδιομορφία (44.45). Μια άλλη παραλλαγή είναι χρυσός-ντυμένο γυαλί (46.47). Το πλεονέκτημα των χρυσός-ντυμένων τσιπ είναι ότι η φασματομετρία SPR και μάζας μπορεί να ενσωματωθεί ως μέθοδοι ανίχνευσης για να ελέγξει τη δυναμική της αντίδρασης, και για να προσδιορίσει τα συλλήφθεία μόρια.
            Οι προαναφερθείσες ομοιοπολικές προσεγγίσεις διασύνδεσης εντούτοις έχουν ένα μειονέκτημα. Λόγω στο γεγονός ότι τα αντιδραστικά ligands υπάρχουν επίσης στις πλευρικές αλυσίδες των πρωτεϊνών είναι δυνατό ότι η τυχαία σύνδεσή τους μπορεί να αλλάξει την εγγενή επιβεβαίωση των πρωτεϊνών, να μειώσει τη δραστηριότητα των πρωτεϊνών, ή να τους καταστήσει απρόσιτους στους ελέγχους (8.27).
            Προκειμένου να προσανατολιστούν οι πρωτεϊ'νες uniformily μακρυά από την επιφάνεια του τσιπ, οι πρωτεϊ'νες μπορούν να λιωθούν με μια ετικέττα υψηλός-συγγένειας στα αμινο ή τέρματα carboxy τους. Με αυτήν την μέθοδο, οι ακινητοποιημένα πρωτεϊ'νες/τα αντισώματα είναι πιθανότερο να παραμείνουν στην εγγενή διαμόρφωσή τους, επιτρέποντας κατά συνέπεια τα κατάλοιπα αποδοτική πρόσβαση στις ενεργές περιοχές των πρωτεϊνών. Αυτή η μέθοδος πρώτα επιτυχώς καταδείχθηκε με τη σύνδεση 5800 πρωτεϊνών τήξης που περιέχουν μια ετικέττα του επάνω σε μια νικέλιο-ντυμένη φωτογραφική διαφάνεια γυαλιού (26). Αλλες μέθοδοι συγγένειας όπως το γλουταθείο/GST έχουν χρησιμοποιηθεί επίσης (48).
Βασισμένες οι στο Streptavidin μέθοδοι ακινητοποίησης επίσης ευρέως έχουν υιοθετηθεί για να συνδέσουν οποιων δήποτε το βιολογικό στοιχείο στην επιφάνεια σειράς (49).
            Το υλικό υποστήριξης τσιπ είναι σημαντικό επειδή οι πρωτεϊ'νες είναι ιδιαίτερα ευαίσθητες στις φυσιοχημικές ιδιότητες. Παραδείγματος χάριν, οι πολικές σειρές αντιμετωπίζονται χημικά για να δεσμεύσουν στις υδρόφιλες πρωτεϊ'νες εντούτοις τέτοιες επιφάνειες είναι ακατάλληλες για τις πρωτεϊ'νες μεμβρανών κυττάρων (π.χ. γ-πρωτεϊνικοί συνδεμένοι δέκτες) δεδομένου ότι κατέχουν τις υδροφοβικές δικτυακές γειτονιές (9).
            Οι πρωτεϊ'νες δεν συμπεριφέρονται όπως τα νουκλεϊνικά οξέα, και οι διαφορετικές πρωτεϊ'νες θα συμπεριφερθούν με τους διαφορετικούς τρόπους όταν εκτίθενται στην ίδια χημεία επιφάνειας. Οι διαφορετικοί τύποι χημείες μιας επιφάνειας θα προωθήσουν έτσι τη διατήρηση μερικών πρωτεϊνών και θα προκαλέσουν την αλλοίωση ή την απώλεια δραστηριότητας άλλες. Επομένως, η κατάλληλη επιλογή της χημείας επιφάνειας είναι σημαντική δεδομένου ότι αυτό θα επιτρέψει στις ακινητοποιημένες πρωτεϊ'νες των διαφορετικών τύπων για να διατηρήσει τις δευτεροβάθμιες και τριτογενείς δομές τους, και έτσι τη βιολογική δραστηριότητά τους. Αυτό το πρόβλημα ενισχύεται όταν αυξάνεται ο αριθμός διαφορετικών σημείων στο τσιπ, όπως μπορούν να υπάρξουν 100 διαφορετικοί τρόποι να ακινητοποιηθούν 100 διαφορετικές πρωτεϊ'νες προκειμένου να ληφθούν το κατάλληλες δίπλωμα και η λειτουργία όλων των πρωτεϊνών. Επίσης ένα σημαντικό πρόβλημα είναι επειδή οι λειτουργίες των περισσότερων πρωτεϊνών είναι αυτήν την περίοδο άγνωστες, έτσι δεν υπάρχει καμία μέθοδος πραγματικά που εξετάζει εάν είναι ακόμα λειτουργικές στο τσιπ (7).

Έπειτα: Πρωτεϊνικές μέθοδοι παράδοσης τσιπ

Αναφορές για την πρωτεϊ'νη και το αντίσωμα Microarrays

Σε:

Εισαγωγή και υπόβαθρο στα πρωτεϊνικά τσιπ και τα τσιπ αντισωμάτων.

Τύποι αντισωμάτων και πρωτεϊνικών τσιπ

Στείλετε αυτήν την σελίδα σε έναν φίλο

Βιοπληροφορική, πρωτόκολλα, RNA πρωτεϊνικό Proteomics DNA

Ενδοκυτταρικοί σταθμοί

Πρωτεϊνικά πρωτόκολλα σειράς

Πρωτεϊνική βιοπληροφορική σειράς

Μάθετε για τις πρωτεϊνικές σειρές

Πρωτεϊνικά εξαρτήσεις και προϊόντα σειράς

Πρωτεϊνικό φόρουμ σειράς

Ειδήσεις Proteomic

Πρωτεϊνική σύνδεση στα τσιπ Microarray

Δημιουργία και κατασκευή των τσιπ Microarray πρωτεϊ'νης και αντισωμάτων