Η μοριακή βιολογία Blog


Πρωτεϊνικά πρωτόκολλα σειράς	Πρωτεϊνική βιοπληροφορική σειράς	Μάθετε για τις πρωτεϊνικές σειρές	Πρωτεϊνικά εξαρτήσεις και προϊόντα σειράς	Πρωτεϊνικό φόρουμ σειράς	Ειδήσεις Proteomic

Πρωτεϊνική βιοπληροφορική σειράς

Μάθετε για τις πρωτεϊνικές σειρές

Πρωτεϊνικά εξαρτήσεις και προϊόντα σειράς

Εφαρμογές πρωτεϊνικού Microarrays

Πρωτεϊ'νη και αντίσωμα Microarrays

Πρωτεϊνικές εφαρμογές τσιπ

Εφαρμογές των πρωτεϊνικών τσιπ
1) Proteomics
Οι πρωτεϊνικές τεχνολογίες τσιπ θα παράσχουν έναν ισχυρό, μια υψηλός-ρυθμοαπόδοση και ευπροσάρμοστο ένα εργαλείο για την ανάλυση γονιδίωμα-κλίμακας της λειτουργίας γονιδίων (δείτε το σχήμα 4). Η ενζυμική δραστηριότητα, οι πρωτεϊνικές–πρωτεϊνικές και πρωτεϊνικές–νουκλεϊνικός-όξινες αλληλεπιδράσεις, και οι αλληλεπιδράσεις φαρμάκων μικρός-μορίων μπορούν όλες να αναλυθούν άμεσα στο πρωτεϊνικό επίπεδο (77.78). Οι σειρές μπορούν να κατασκευαστούν για να εξετάσουν τον πρωτεϊνικούς προσδιορισμό, τον ποσοτικό προσδιορισμό, και τις μελέτες συγγένειας. Μια σχεδιάζοντας περίγραμμα σειρά μπορεί να ποσολογήσει τα επίπεδα συγκεκριμένων πρωτεϊνών σε μια παγκόσμια κλίμακα που επιτρέπει μια σύγκριση των κανονικών και κρατών ασθενειών. Μια σειρά συγγένειας μπορεί να αναλύσει τις αλληλεπιδράσεις των πεπτιδίων, των πρωτεϊνών, oligonucleotides, των σακχάρων, των λιπιδίων, ή των μικρών μορίων και των χημικών ουσιών με τις ακινητοποιημένες πρωτεϊ'νες όπως οι δέκτες, τα ένζυμα, ή τα αντισώματα (8).
Αυτήν την περίοδο, το ποσοστό-περιοριστικό βήμα είναι η παραγωγή των μεγάλων αριθμών πρωτεϊνών. Η δυνατότητα να αυτοματοποιηθεί η πρωτεϊνική παραγωγή και οι πρωτεϊ'νες που λιώνονται στις ετικέττες υψηλός-συγγένειας θα επισπεύσει πολύ την ανάπτυξη πρωτεϊνικός-τσιπ. Τα υψηλής πυκνότητας τσιπ που περιέχουν τα μεγάλα σύνολα πρωτεϊνών ή ακόμα και των ολόκληρων proteomes θα επιτρέψουν την ανάλυση υψηλός-ρυθμοαπόδοσης των βιοχημικών δραστηριοτήτων, πρωτεϊνικές–πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις και μετα-μεταφραστικές τροποποιήσεις, όπως phosphorylation, dephosphorylation, η πρωτεϊνική μεθυλίωση, και το ubiquitination.

            Ο τελευταίος στόχος του proteomics είναι στις βιοχημικές δραστηριότητες μελέτης κάθε πρωτεϊ'νης που κωδικοποιείται από έναν οργανισμό ή proteome. Μια μελέτη ορόσημων που πραγματοποιήθηκε προετοίμασε το πρώτο proteome τσιπ με την κλωνοποίηση ~94% (> 5800 6200) των ανοικτών πλαισίων ανάγνωσης ζύμης σε ένα διάνυσμα έκφρασης ζύμης που εξέφρασε τις πρωτεϊ'νες ως ν-τερματικό x6 οι διπλές κολλημένες τήξεις γστ-του. Μια πρωτεϊνική μέθοδος καθαρισμού ζύμης υψηλός-ρυθμοαπόδοσης αναπτύχθηκε για να καθαρίσει χωριστά τις πρωτεϊ'νες. 80% των πρωτεϊνών ζύμης ήταν πλήρες μήκος και της επαρκούς ποσότητας για να είναι ανιχνεύσιμα από τους περισσότερους τύπους δοκιμής. Οι πρωτεϊ'νες καθαρίστηκαν έπειτα χρησιμοποιώντας τις ετικέττες GST και συνδέθηκαν έπειτα με τις Νι-νΤΑ-ντυμένες φωτογραφικές διαφάνειες γυαλιού χρησιμοποιώντας τις ετικέττες HisX6. Εκτός από τον προσδιορισμό των γνωστών αλληλεπιδράσεων, 33 νέες δεσμευτικές πρωτεϊ'νες ανιχνεύθηκαν. 150 νέες λιπίδιο-δεσμευτικές πρωτεϊ'νες προσδιορίστηκαν επίσης. Αυτή η μελέτη κατέδειξε ότι ένα ολόκληρο proteome μπορεί να ακινητοποιηθεί σε μια επιφάνεια γυαλιού άμεσα στην οθόνη για τις αλληλεπιδράσεις με τις πρωτεϊ'νες και τα μικρά μόρια (26).
            Η σύζευξη της μάζα-φασματομετρίας και των πρωτεϊνικών τσιπ θα έχει τις ευρείες εφαρμογές στον προσδιορισμό των φορέων στις πρωτεϊνικές–πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις, και επίσης στην ανακάλυψη φαρμάκων (80). Οι πρωτεϊ'νες και το μικρός-μόριο ligands που δεσμεύονται στις πρωτεϊ'νες που ακινητοποιούνται στο τσιπ μπορούν να προσδιοριστούν χρησιμοποιώντας τον μήτρα-βοηθημένο χρόνο εκρόφησης/ιονισμού λέιζερ της μαζικής φασματοσκοπίας πτήσης (μαδλη- TOF). Οι μορφές Microwell είναι ιδιαίτερα ταιριαγμένες για αυτόν το λόγο. Κατά συνέπεια, τα μόρια και οι πρωτεϊ'νες που δεσμεύουν συγκεκριμένα σε πολλές διαφορετικές πρωτεϊ'νες μπορούν να προσδιοριστούν και αυτές οι πληροφορίες μπορούν να χρησιμοποιηθούν για να συναγάγουν τα μοριακές δίκτυα και τις διαβάσεις.
            Μια περιοχή που θα απαιτήσει τις τεχνολογικές βελτιώσεις είναι η ανάλυση των πρωτεϊνών μεμβρανών. Μια μεγάλη ποσότητα των πρωτεϊνών είναι πιθανό να δεσμευθεί, δεδομένου ότι τόσο πολλές όπως το ένα τρίτο όλων των πρωτεϊνών ζύμης είναι πρωτεϊ'νες ή εκκριμένες πρωτεϊ'νες (81). μεμβρανών Λόγω στο γεγονός ότι πολλές από αυτές τις πρωτεϊ'νες είναι ενεργές όταν στις μεμβράνες, μπορεί να είναι επομένως απαραίτητο να καθαριστούν ή να ανασυγκροτηθούν με τα σχετικά λιπίδια. Εντούτοις, αυτό μπορεί να μην είναι τόσο δύσκολο. Μια ομάδα ήταν σε θέση να ακινητοποιήσει οι μεμβράνες που περιέχουν το γ-πρωτεϊνικός-συνδεμένο rhodopsin δεκτών σε μια χρυσός-ντυμένη επιφάνεια γυαλιού, και καθιερώνουν μια λειτουργική δοκιμή για εκείνη την πρωτεϊ'νη (82). Οι παρόμοιες διαδικασίες μπορούν να το καταστήσουν πιθανό να αναλύσουν τις πρωτεϊ'νες μεμβρανών με μια μορφή τσιπ.
2) Διαγνωστικά
Μια άλλη περιοχή που θα ωφεληθεί από τις πρωτεϊνικές περιοχές είναι διαγνωστικά. Η ιδιαίτερα παράλληλη ανάλυση στις σειρές θα επιτρέψει τον προσδιορισμό των δεικτών ασθενειών (π.χ. δείκτες όγκων) στα αποσπάσματα με μόνο ένα ελάχιστο του υλικού βιοψιών (δείγμα), που δημιουργούν τις νέες δυνατότητες για τη θεραπεία ασθενειών (καρκίνος) και τη θεραπεία (83).

Έπειτα: Πρωτεϊνικό Microarrays: Μελλοντικές κατευθύνσεις και συμπεράσματα

Αναφορές για την πρωτεϊ'νη και το αντίσωμα Microarrays

Σε:

Εισαγωγή και υπόβαθρο στα πρωτεϊνικά τσιπ και τα τσιπ αντισωμάτων.

Τύποι αντισωμάτων και πρωτεϊνικών τσιπ

Στείλετε αυτήν την σελίδα σε έναν φίλο

Βιοπληροφορική, πρωτόκολλα, RNA πρωτεϊνικό Proteomics DNA

Ενδοκυτταρικοί σταθμοί

Πρωτεϊνικά πρωτόκολλα σειράς

Πρωτεϊνική βιοπληροφορική σειράς

Μάθετε για τις πρωτεϊνικές σειρές

Πρωτεϊνικά εξαρτήσεις και προϊόντα σειράς

Πρωτεϊνικό φόρουμ σειράς

Ειδήσεις Proteomic

Εφαρμογές πρωτεϊνικού Microarrays

Πρωτεϊνικές εφαρμογές τσιπ