Η μοριακή βιολογία Blog


Πρωτεϊνικά πρωτόκολλα σειράς	Πρωτεϊνική βιοπληροφορική σειράς	Μάθετε για τις πρωτεϊνικές σειρές	Πρωτεϊνικά εξαρτήσεις και προϊόντα σειράς	Πρωτεϊνικό φόρουμ σειράς	Ειδήσεις Proteomic

Πρωτεϊνική βιοπληροφορική σειράς

Μάθετε για τις πρωτεϊνικές σειρές

Πρωτεϊνικά εξαρτήσεις και προϊόντα σειράς

Περιορισμοί Microarray αντισωμάτων

Πρωτεϊ'νη και αντίσωμα Microarrays

Προβλήματα και πιθανές λύσεις για το αντίσωμα Microarrays

Διαθεσιμότητα των αντισωμάτων
Μια άλλη πρόκληση στις σειρές αντισωμάτων είναι να ληφθούν τα αντισώματα ενάντια στισ ≥ 100.000 πρωτεϊ'νες που περιλαμβάνουν το ανθρώπινο proteome. Υπάρχει αυτήν την περίοδο ένα πολύ μικρό μέρος των αντισωμάτων διαθέσιμων του proteome. Επιπλέον, η ιδιομορφία πολλά από αυτά τα αντισώματα είναι κακώς τεκμηριωμένη και τα πρόσθετα αντισώματα μπορούν να απαιτηθούν
επιτρέψτε την ανίχνευση των μετα-μεταφραστικών τροποποιήσεων. Η ανίχνευση των πρωτεϊνών από τις αλληλεπιδράσεις–αντιγόνων αντισωμάτων χαρακτηρίζεται επίσης από μια ευρεία σειρά της ιδιομορφίας και της συγγένειας. Επίσης, είναι δύσκολο να ληφθεί ένα μεγάλο σύνολο ιδιαίτερα συγκεκριμένου αντισώματος
μόρια. Επομένως, οι περισσότερες σειρές αντισωμάτων είναι περιορισμένες σε χρήση τους και περιέχουν μερικούς καθορισμένους με σαφήνεια πράκτορες σύλληψης που κατευθύνονται σε μια ιδιαίτερη κλάση των πρωτεϊνικών δεικτών (9,17)
- για να μην ενεργήσει παρόμοιο glycosylation

Αλλα προβλήματα που αντιμετωπίζουν το αντίσωμα Microarrays και τις πιθανές λύσεις
Οι κλασσικές στρατηγικές της παραγωγής αντισωμάτων από τη ζωική ανοσοποίηση φαίνονται να είναι μη πρακτικές. Οι ανασυνδυαζόμενες βιβλιοθήκες παρουσίασης αντισωμάτων είναι πιό ελπιδοφόρες (59-61). Πρόσφατα, πολλές ανασυνδυαζόμενες μέθοδοι τα αντισώματα έχουν ερευνηθεί.
Αυτοί περιλαμβάνουν την phage αντίσωμα-παρουσίαση, την παρουσίαση ριβοσωμάτων, την παρουσίαση SELEX (συστηματική εξέλιξη των ligands από τον εκθετικό εμπλουτισμό), mRNA, και την affibody παρουσίαση, οι οποίοι έχουν αναπτυχθεί για να προωθήσουν την παραγωγή των αντισωμάτων ή/και των μίμων αντισωμάτων (16.54.56.62). Αυτές οι μέθοδοι όλες περιλαμβάνουν την κατασκευή των μεγάλων ρεπερτορίων των βιώσιμων περιοχών με την πιθανή δεσμευτική δραστηριότητα, οι οποίες επιλέγονται έπειτα από τους πολλαπλάσιους κύκλους των καθαρισμών συγγένειας. Οι κλώνοι υποψηφίων μπορούν να επιλεχτούν περαιτέρω χρησιμοποιώντας την επιλογή ωρίμανσης που βελτιώνει τις δεσμευτικές συγγένειες. Εντούτοις, ένα ιδανικό σύστημα επιλογής, που είναι γρήγορο, γερό, ευαίσθητο, χαμηλότερο κόστος, που αυτοματοποιείται, και που ελαχιστοποιείται, πρόκειται ακόμα να αναπτυχθεί πλήρως (16.54). Αυτά τα μικρότερα τεμάχια αντισωμάτων συνήθως έχουν μειώσει cross-reactivity και τις παρόμοιες ιδιότητες επάνω στη σύνδεση (7.8.9.27).
Επίσης επειδή τα ανασυνδυαζόμενα αντισώματα έχουν μια ενδεχομένως υψηλή συγγένεια, υψηλή ιδιομορφία, και η πυκνή και προσανατολισμένη σύνδεση του μικρότερου μοριακού βάρους τους, που είναι συνήθως περίπου 30 kDa ενώ μη-ανασυνδυαζόμενα αντισώματα είναι περίπου 150 kDa, στις επιφάνειες υποστήριξης διευκολύνεται (63.64).
Τα αντισώματα δεν είναι τα μόνα μόρια που μπορούν να δεσμεύσουν τις πρωτεϊ'νες. Το Aptamers είναι σύντομα oligonucleotids που μπορούν να δεσμεύσουν και να διασυνδέσουν τις ομοιοπολικές πρωτεϊ'νες στόχων. Αυτό διευκολύνει
υψηλότεροι όροι πλυσίματος αυστηρότητας που προωθεί την ανίχνευση του συγκεκριμένου συσχετισμού. Επιπλέον, αυτά τα μόρια επιλέγονται εύκολα, παρατάσσονται, και συντίθενται. Ο καθαρισμένος πρωτεϊνικός στόχος είναι μια απαίτηση για τη χρήση τους εντούτοις, και τα aptamers μπορούν να εκθέσουν τον προκατειλημμένο συσχετισμό δεδομένου ότι RNAs τείνουν ιδιαίτερα αρνητικά να χρεωθούν (9). Μια χρησιμοποιημένη ακινητοποιημένη αντι-ανθρώπινη ανεπάρκεια αντισωμάτων ιός- gp120 ομάδας (Somalogic) πρόσφατα aptamer για να ανιχνεύσει τις subnanomolar συγκεντρώσεις της πρωτεϊ'νης στόχων στον ανθρώπινο ορό 5% (65).

Έπειτα: Πρωτεϊνικές μέθοδοι ανίχνευσης Microarray και ανάλυση

Αναφορές για την πρωτεϊ'νη και το αντίσωμα Microarrays

Σε:

Εισαγωγή και υπόβαθρο στα πρωτεϊνικά τσιπ και τα τσιπ αντισωμάτων.

Τύποι αντισωμάτων και πρωτεϊνικών τσιπ

Στείλετε αυτήν την σελίδα σε έναν φίλο

Βιοπληροφορική, πρωτόκολλα, RNA πρωτεϊνικό Proteomics DNA

Ενδοκυτταρικοί σταθμοί

Πρωτεϊνικά πρωτόκολλα σειράς

Πρωτεϊνική βιοπληροφορική σειράς

Μάθετε για τις πρωτεϊνικές σειρές

Πρωτεϊνικά εξαρτήσεις και προϊόντα σειράς

Πρωτεϊνικό φόρουμ σειράς

Ειδήσεις Proteomic

Περιορισμοί Microarray αντισωμάτων

Προβλήματα και πιθανές λύσεις για το αντίσωμα Microarrays