Η μοριακή βιολογία Blog


Πρωτεϊνικά πρωτόκολλα σειράς	Πρωτεϊνική βιοπληροφορική σειράς	Μάθετε για τις πρωτεϊνικές σειρές	Πρωτεϊνικά εξαρτήσεις και προϊόντα σειράς	Πρωτεϊνικό φόρουμ σειράς	Ειδήσεις Proteomic

Πρωτεϊνική βιοπληροφορική σειράς

Μάθετε για τις πρωτεϊνικές σειρές

Πρωτεϊνικά εξαρτήσεις και προϊόντα σειράς

Πρωτεϊνικά τσιπ Microarray

Πρωτεϊ'νη και αντίσωμα Microarrays

Πίνακας περιεχομένων

Εισαγωγή και υπόβαθρο στην πρωτεϊ'νη και το αντίσωμα Microarrays

Τύποι αντισωμάτων και πρωτεϊνικών τσιπ

Μέθοδοι σύνδεσης πρωτεϊ'νης και αντισωμάτων - δημιουργία ενός τσιπ Microarray

Πρωτεϊνικές μέθοδοι παράδοσης τσιπ

Το πρωτεϊνικό τσιπ συλλαμβάνει τα μόρια και τους περιορισμούς τους

Αντίσωμα Microarrays: Προβλήματα και λύσεις

Πρωτεϊνικές μέθοδοι ανίχνευσης Microarray και ανάλυση

Πρωτεϊνική παραγωγή για τις πρωτεϊνικές σειρές

Εφαρμογές των πρωτεϊνικών σειρών και των πρωτεϊνικών τσιπ

Πρωτεϊνικό Microarrays: Μελλοντικές κατευθύνσεις και συμπεράσματα

Αναφορές για την πρωτεϊ'νη και το αντίσωμα Microarrays

Εισαγωγή και υπόβαθρο στην πρωτεϊ'νη και το αντίσωμα Microarrays.

Παρά τις πρόσφατες προόδους στην κατανόηση μοριακής βιολογίας μας, σε πολλές περιπτώσεις είμαστε ανίκανοι να εμπλέξουμε τις συγκεκριμένες πρωτεϊ'νες με μια ασθένεια. Genomics και η microarray τεχνολογία έχουν επιτρέψει σε μας για να αναλύσουν χιλιάδες mRNAs συγχρόνως και να καθορίσουν εάν την έκφραση mRNA αλλάζουν στα κράτη ασθενειών. Εντούτοις, οι ερευνητές από καιρό ξέρουν ότι η συγκέντρωση ενός mRNA μέσα σε ένα κύτταρο συσχετίζεται κακώς με την πραγματική αφθονία εκείνης της πρωτεϊ'νης (1.2.3). Αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι το ποσοστό υποβάθμισης μεμονωμένου mRNAs και οι πρωτεϊ'νες διαφέρουν, μετα-μεταγραφικός έλεγχος της πρωτεϊνικής μετάφρασης (4), διάφορες μετα-μεταγραφικές τροποποιήσεις της πρωτεϊ'νης (5), και πρωτεϊνική υποβάθμιση από proteolysis (6).
Με να μετρήσουμε την ποσότητα της συγκεκριμένης πρωτεϊ'νης άμεσα, μετράμε ένα αληθινό επίπεδο λειτουργίας γονιδίων. Εντούτοις, όταν λαμβάνει υπόψη κάποιος το μεγάλο αριθμό μετα-μεταφραστικών τροποποιήσεων, τα ανθρώπινα κύτταρα μπορούν να περιέχουν εκατομμύριο ή περισσότερο διαφορετικές πρωτεϊνικές παραλλαγές, οποιεσδήποτε από τις οποίες θα μπορούσαν να αλλάξουν στην ασθένεια που κάνει τη στοιχειώδη εργασία όλων τους μια τεράστια στοιχειώδης εργασία. Η πρωτεϊ'νη microarrays ή τα πρωτεϊνικά τσιπ μπορεί να επιτρέψει μια λύση σε αυτό το πρόβλημα. Μια φωτογραφική διαφάνεια ή ένα "τσιπ" θα μπορούσε να επισημανθεί με χιλιάδες γνωστά αντισώματα ή πεπτίδια όπως ένα DNA microarray, ένα βιολογικό δείγμα που ήταν εξαπλωμένο στο τσιπ, και οποιοδήποτε συσχετισμό που καθορίστηκε. Ο συσχετισμός θα μπορούσε επίσης να αναλυθεί χρησιμοποιώντας τις πρότυπες proteomic τεχνικές όπως η μαζική φασματομετρία (MS) χρόνος-$$$-ΠΤΉΣΗΣ και η μαζική δακτυλοσκοπία πεπτιδίων. Τα πρωτεϊνικά τσιπ μπορούν έτσι να γίνουν μια γρήγορη και μέθοδος υψηλός-ρυθμοαπόδοσης τις πρωτεϊνικές αλλαγές στην ασθένεια. (7)

Τα πρωτεϊνικά τσιπ έχουν τη δυνατότητα να λειτουργήσουν σε πολλές άλλες εφαρμογές συμπεριλαμβανομένης της μελέτης των πρωτεϊνικών–πρωτεϊνικών, πρωτεϊνικών–αλληλεπιδράσεων φαρμάκων, των DNA-PRWTEJ!NJKW'N αλληλεπιδράσεων, του πρωτεϊνικού εντοπισμού, των αλληλεπιδράσεων αντιγόνο-αντισωμάτων, enzyme-substrate, και των αλληλεπιδράσεων δεκτών -δέκτης-ληγανδ που μπορούν να είναι τροποποιήσιμη διαλογή υψηλός-ρυθμοαπόδοσης σειρά-τύπων (7.8).

Δύο προσεγγίσεις έχουν χρησιμοποιηθεί προκειμένου να χαρακτηριστούν οι πολλαπλάσιες πρωτεϊ'νες σε ένα βιολογικό δείγμα. Η πρώτη προσέγγιση είναι 2-διαστατική ηλεκτροφόρηση πηκτωμάτων, η οποία έχει χρησιμοποιηθεί ευρέως για να χωρίσει και να απεικονίσει μέχρι 2000-10.000 πρωτεϊ'νες σε ένα ενιαίο πείραμα από την αποκοπή και τον προσδιορισμό από τη μαζική φασματομετρία (MS) (9). Αυτή η μέθοδος είναι και χρονική κατανάλωση και ακόμη και με τα κράτη μέλη, μόνο οι αφθονότερες πρωτεϊ'νες μπορούν να ανιχνευθούν. Επίσης, η δυνατότητα αναπαραγωγής είναι προβληματική, ακόμα κι αν τα pre-cast πηκτώματα και τα συνήθως χρησιμοποιημένα αντιδραστήρια, τα πρωτόκολλα, και τα τμήματα υλικού έχουν οδηγήσει στη βελτιωμένη απόδοση (17). Λόγω στους περιορισμούς της τεχνολογίας χωρισμού τρισδιάστατος-πηκτωμάτων, η αυξανόμενη προσοχή εστιάζει στην ανάπτυξη της δεύτερης προσέγγισης, η ανάπτυξη της πρωτεϊ'νης microarrays ως εναλλακτική και συμπληρωματική προσέγγιση (10-12).
Το θεωρητικό υπόβαθρο για μηθροαρραυ-βασισμένες τις στην πρωτεϊ'νη ligand δεσμευτικές δοκιμές αναπτύχθηκε αρχικά από Ekins et το Al προς το τέλος της δεκαετίας του '80 (13-16). Σύμφωνα με το μοντέλο, το αντίσωμα microarrays όχι μόνο θα επέτρεπε την ταυτόχρονη διαλογή μιας επιτροπής καταλοίπου, αλλά θα ήταν επίσης πιό ευαίσθητο και γρήγορο από τις συμβατικές μεθόδους διαλογής. Το ενδιαφέρον για τη διαλογή των μεγάλων πρωτεϊνικών συνόλων προέκυψε μόνο ως αποτέλεσμα των επιτευγμάτων genomics από το DNA microarrays και το ανθρώπινο πρόγραμμα γονιδιώματος (17).

Οι πρώτες προσεγγίσεις σειράς προσπάθησαν να μικρογραφήσουν τις βιοχημικές και immunobiological δοκιμές που εκτελέσθηκαν συνήθως microtiter 96-φρεατίων στα πιάτα (18-19). 96-καλά οι σειρές αντισωμάτων δημιουργήθηκαν αρχικά με 144 στοιχεία κάθε ένα για ένζυμο-συνδεμένες τις πρότυπα immunosorbent δοκιμές (ELISAs) (20). Οι παρόμοιες σειρές χρησιμοποιήθηκαν για να μετρήσουν το προστατικός-συγκεκριμένο αντιγόνο (PSA) και τα cytokines (21).

Οι μεμβράνες φίλτρων επίσης αρχικά χρησιμοποιήθηκαν λόγω της ανώτερης πρωτεϊνικής ικανότητας συσχετισμών τους. Εξετάστηκαν συνήθως με τα αντισώματα χρησιμοποιώντας τις τεχνικές ELISA. Μια σειρά χαμηλής πυκνότητας 48 καθαρισμένων πρωτεϊνών που περιλαμβάνονται στη μεταγραφή αναπτύχθηκε για την έρευνα για τις συγκεκριμένες αλληλεπιδράσεις των πρωτεϊνών με το ραδιενεργό DNA, το RNA, ligands, και άλλες μικρές χημικές ουσίες (22). Μια μεμβράνη-βασισμένη στο σειρά υψηλής πυκνότητας αναπτύχθηκε με σκοπό τη διαλογή μιας ανθρώπινης εμβρυϊκής βιβλιοθήκης έκφρασης εγκεφάλου DNA που αποτελείται από 37830 κλώνους. Οι καθαρισμένες πρωτεϊ'νες επισημάνθηκαν επάνω στις μεμβράνες PVDF σε μια πυκνότητα 300 δειγμάτων/τα τ.εκ. (23). Αλλες βασισμένες στο φίλτρο σειρές κατασκευάστηκαν αλλά οι περιορισμοί ήταν το χαμηλό ψήφισμα και το ιδιαίτερο υπόβαθρο που καθιστούν το δύσκολο να τις χρησιμοποιήσουν στις εφαρμογές με τον περιορισμό των ποσοτήτων δειγμάτων όπως η πρωτεϊνική σκιαγράφηση έκφρασης των βιοψιών όγκων.

Οι πρωτεϊνικές σειρές συμβιβάζονται μιας βιβλιοθήκης των πρωτεϊνών ή των αντισωμάτων που ακινητοποιούνται σε ένα 2D προσπελάσιμο πλέγμα σε ένα τσιπ (δείτε το σχήμα 1). Τα πρωτεϊνικά microarray biochips εξάγουν και διατηρούν τους στόχους από τα υγρά μέσα και είναι ευδιάκριτα από τα microfluidic biochips, τα οποία χωρίζουν και επεξεργάζονται τις πρωτεϊ'νες σε ένα μέσο μεταφορών στο situ χρησιμοποιώντας τις microfluidic συσκευές (24.25). Μια χαρακτηριστική σειρά μπορεί να περιλάβει 103-104 στο χώρο ευδιάκριτα στοιχεία μέσα σε μια συνολική έκταση 1 τ.εκ. (26).

Έπειτα: Τύποι αντισωμάτων και πρωτεϊνικών τσιπ

Αναφορές για την πρωτεϊ'νη και το αντίσωμα Microarrays

Στείλετε αυτήν την σελίδα σε έναν φίλο

Βιοπληροφορική, πρωτόκολλα, RNA πρωτεϊνικό Proteomics DNA

Ενδοκυτταρικοί σταθμοί

Πρωτεϊνικά πρωτόκολλα σειράς

Πρωτεϊνική βιοπληροφορική σειράς

Μάθετε για τις πρωτεϊνικές σειρές

Πρωτεϊνικά εξαρτήσεις και προϊόντα σειράς

Πρωτεϊνικό φόρουμ σειράς

Ειδήσεις Proteomic

Πρωτεϊνικά τσιπ Microarray

Εισαγωγή και υπόβαθρο στην πρωτεϊ'νη και το αντίσωμα Microarrays.