Ανίχνευση χαρακτηριστικών γνωρισμάτων ακολουθίας

Τα ΑΠΟΚΟΡΥΦΩΜΑΤΑ (προηγμένη ικανοποιημένη μηχανή ταιριάσματος για τις ακολουθίες) είναι ένας κεντρικός υπολογιστής που μπορεί να χρησιμοποιηθεί στην αναζήτηση των σύντομων επαναλήψεων (μεταξύ 3 και 10.000 βάσεων) στα πολλαπλάσια είδη. Οι χρήστες μπορούν να περιορίσουν τα αποτελέσματα μιας αναζήτησης από τις αναζητήσεις λέξης κλειδιού. - [Διαβασμένος περισσότερα ΑΠΟΚΟΡΥΦΩΜΑΤΑ]

Ευθυγραμμίζει τα συντηρημένα στοιχεία νουκλεϊνικού οξέος χρησιμοποιεί την αναγνώριση προτύπων για να βρεί τα στοιχεία συντηρημένα σε ένα σύνολο ακολουθιών DNA ελεύθερος για τη μη εμπορική χρήση με τη συμφωνία αδειών. - [Διαβασμένος περισσότερο AlignACE]

Η εξαγωγή batch και η ανάλυση των ΚΑΚ-ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΏΝ περιοχών (BEARR) παίρνουν έναν κατάλογο προσδιοριστικών γονιδίων (όπως RefSeq και Unigene IDs), προτύπων συναίνεσης, και (προαιρετικά) μιας μήτρας βάρους θέσης ως είσοδο και επιστρέφουν έναν κατάλογο αντιστοιχιών για τα πρότυπα στο BOT - [διαβασμένος περισσότερο BEARR]

Το BioMart είναι ένα διαλογικό σύστημα ολοκλήρωσης στοιχείων που διευκολύνει τις μεγάλης κλίμακας ερωτήσεις στοιχείων. Μπορεί να εγκατασταθεί και να χρησιμοποιηθεί στο εσωτερικό, ή με μια από τις υπάρχουσες πηγές στοιχείων στις οποίες είναι έχει εφαρμοστεί ήδη (δηλ. UniProt, Ensembl). - [Διαβασμένος περισσότερο BioMart]

Κεντρικός υπολογιστής που ανιχνεύει προς τα πάνω των γονιδίων στον ίδιο τομέα έκφρασης γονιδίων για τα ρυθμιστικά μοτίβα ακολουθίας χρησιμοποιώντας μια στρατηγική δειγματοληψίας Gibbs. Το markov μοντέλο υποβάθρου χρησιμοποιείται για τις βάσεις μη-μοτίβου, που βελτιώνουν την ιδιομορφία των προβλεφθεισών θέσεων μοτίβου. - [Διαβασμένος περισσότερο BioProspector]

Βρείτε το περιεχόμενο ΑΕΡΙΑΣ ΧΡΩΜΑΤΟΓΡΑΦΊΑΣ και τη συχνότητα codon της χρήσης για οποιοδήποτε οργανισμό που έχει μια ακολουθία σε GenBank. - [Διαβασμένος περισσότερη codon βάση δεδομένων χρήσησ]

Κεντρικός υπολογιστής που προσπαθεί να προσδιορίσει οποιαδήποτε μοτίβα σχετικά με τα γονίδια που προβλέπονται για να μοιραστούν τα ρυθμιστικά στοιχεία. Αλλάζει τη δειγματοληψία Gibbs μέσω της προκατάληψης των αναζητήσεων προς τις συντηρημένες ακολουθίες στα πολλαπλάσια είδη. - [Διαβασμένος περισσότερο CompareProspector]

Ανιχνεύστε τις περιοχές συσχετισμών παράγοντα μεταγραφής στις genomic ακολουθίες χρησιμοποιώντας φυλογενετικό footprinting και τα πειραματικά-επιβεβαιωμένα δεσμευτικά σχεδιαγράμματα. - [Διαβασμένος περισσότερο Consite]

CREME (ΚΑΚ-ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΌΣ εξερευνητής ενότητας για το ανθρώπινο γονιδίωμα) είναι ένα εργαλείο για και τις ΚΑΚ-ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΈΣ ενότητες για ένα δεδομένο σύνολο γονιδίων που ομο-εκφράζονται ενδεχομένως ή ομο-ρυθμίζονται. Παίρνει ως είσοδο έναν κατάλογο αριθμών προσθήκης, και Πε - [διαβασμένος περισσότερο CREME]

Βάση δεδομένων των περιοχών συσχετισμών παράγοντα μεταγραφής που δημιουργούνται από το συστηματικούς curation λογοτεχνίας και το σχολιασμό γονιδιώματος των ιχνών DNase Ι για drosophila. - [Διαβασμένος περισσότερο drosophila DNase Ι τη βάση δεδομένων ίχνουσ]

Αυτή η περιοχή παρέχει διάφορα εργαλεία λογισμικού βιοπληροφορικής που συσκευάζονται μαζί για την εύκολη εγκατάσταση στους υπολογιστές MacOSX. Το λογισμικό περιλαμβάνει τα εργαλεία NCBI, ΑΠΟΤΥΠΏΝΕΙ σε ανάγλυφο, ClustalW, Staden, τ-καφές και Primer3. - [Διαβασμένος περισσότερο eBioinformatics]

Διαφορετική ακολουθία των εργαλείων για την ανάλυση ακολουθίας πολλά προγράμματα analagous σε GCG συμφραστικά εξαρτώμενες οδηγίες για κάθε εργαλείο. - [Διαβασμένος περισσότερη EMBOSS σε ανάγλυφο]

Το Eponine είναι μια πιθανολογική μέθοδος για τις περιοχές έναρξης μεταγραφής (TSS) στη μαστοφόρο genomic ακολουθία, με την καλή ιδιομορφία και την άριστη θεσιακή ακρίβεια. - [Διαβασμένος περισσότερο Eponine]

Ο ΑΝΕΜΙΣΤΗΡΑΣ (ανάλυση δακτυλικών αποτυπωμάτων των ακολουθιών νουκλεοτίδας) ψάχνει τις ακολουθίες νουκλεοτίδας ενάντια στη βάση δεδομένων ΤΥΠΩΜΕΝΩΝ ΥΛΏΝ, μια συλλογή των πρωτεϊνικών δακτυλικών αποτυπωμάτων που χρησιμοποιούνται για να αναθέσουν τις uncharacterised ακολουθίες στις γνωστές οικογένειες και ως εκ τούτου για να συμπεράνουν τις δοκιμαστικές λειτουργίες. - [Διαβασμένος περισσότερο ΑΝΕΜΙΣΤΗΡΑ]

Ο πρώτος ανιχνευτής εξονίων (FirstEF) είναι "τελικό πρόγραμμα πρόβλεψης εξονίων 5 και υποστηρικτών. Αποτελείται από τις διαφορετικές διακρίνουσες λειτουργίες που κτίζονται ως δέντρο απόφασης. - [Διαβασμένος περισσότερο FirstEF]

Γραφική αντιπροσώπευση codon της πόλωσης - [διαβασμένος περισσότερο GCUA: Γραφικός codon αναλυτής χρήσησ]

Αυτό το εργαλείο επιτρέπει σε σας για να προσδιορίσει τα μοτίβα ή τις συντηρημένες περιοχές στις ακολουθίες πρωτεϊ'νης ή DNA. - [Διαβασμένος περισσότερη δειγματοληπτική συσκευή μοτίβου Gibbs]

Η θεριστική μηχανή παρέχει τη γρήγορη πρόσβαση στις δημόσιους bioinformatic βάσεις δεδομένων και τους κεντρικούς υπολογιστές για τις ανθρώπινες πρωτεϊ'νες. Τα αποτελέσματα επιστρέφονται ως ενιαία σελίδα HTML που περιέχει την εναποθηκευμένη και διασυνδεμένη έξοδο από τις ακόλουθους βάσεις δεδομένων/τους κεντρικούς υπολογιστές: Uniprot/$l*SWISSprot, ensEMBL, - [διαβασμένος περισσότερη θεριστική μηχανή]

Εκτενής κεντρικός υπολογιστής που κατέχει ένα ευρύ φάσμα των εργαλείων για την ανακάλυψη προτύπων στο DNA και τις πρωτεϊνικές ακολουθίες καθώς επίσης και στο κείμενο. Τα εργαλεία για την πολλαπλάσια ευθυγράμμιση ακολουθίας, την ανακάλυψη γονιδίων, τον πρωτεϊνικό σχολιασμό, και άλλες εφαρμογές υπάρχουν επίσης σε αυτόν τον κεντρικό υπολογιστή. Μια λεπτομέρεια - [διαβασμένος περισσότερη ομάδα ανακαλύψεων βιοπληροφορικής και προτύπων της ΙΒΜ]

IslandPath η genomic ανίχνευση νησιών ενισχύσεων στα prokaryotic seqeunces γονιδιώματος, που χρησιμοποιούν τα χαρακτηριστικά γνωρίσματα όπως dinucleotide η πόλωση, G+C, η θέση των γονιδίων tRNA, οι σχολιασμοί των γονιδίων κινητικότητας, τα νησιά κ.λπ. Genomic καθορίζεται εδώ ως genomic περιοχές του πιθανού horizonta - [διαβασμένος περισσότερο IslandPath]

Το IsoFinder είναι ένα εργαλείο για την πρόβλεψη των isochores για μια χρήστης-παρεχόμενη ακολουθία. - [Διαβασμένος περισσότερο IsoFinder]

JASPAR είναι ένα μη-περιττό, η συλλογή των δεσμευτικών σχεδιαγραμμάτων παράγοντα μεταγραφής. Κάθε σχεδιάγραμμα παράγεται από τις δημοσιευμένες, πειραματικά καθορισμένες ευκαριωτικές περιοχές συσχετισμών παράγοντα μεταγραφής. - [Διαβασμένος περισσότερο JASPAR]

Το LowComplexity είναι ένα εργαλείο που ψάχνει για τις χαμηλές περιοχές πολυπλοκότητας του DNA ή των πρωτεϊνικών ακολουθιών. Χρησιμοποιώντας LowComplexity μπορείτε να ψάξετε τις μακροχρόνιες ακολουθίες (χρωμοσώματα, γονιδιώματα) ή ένα σύνολο ευθυγραμμισμένων ακολουθιών. Αυτό το στοιχείο συμπεριφοράς περιέχει επίσης τις συνδέσεις με άλλους αλγορίθμους φ - [διαβασμένος περισσότερο LowComplexity]

Ο ξεφυλλιστής γονιδιώματος Ensembl EnsMart (MartView) είναι ένα εργαλείο για την ανάκτηση στοιχείων και την ανάσυρση δεδομένων που ενσωματώνει τα στοιχεία από Ensembl. Μέσω της διαπροσωπείας Ιστού MartView επιτρέπει σε σας για να εφαρμόσει μια σειρά φίλτρων για να δημιουργήσει τα σύνολα δεδομένων συνήθειας που μπορούν να μετατραπούν στο s - [διαβασμένος περισσότερο MartView]

Το MaskerAid είναι μια αύξηση σε RepeatMasker που μπορεί να επηρεάσει για μια 30-πτυχή την αύξηση στην ταχύτητα RepeatMasker διατηρώντας την ευαισθησία. - [Διαβασμένος περισσότερο MaskerAid]

Αναζήτηση των πιθανών περιοχών συσχετισμών παράγοντα μεταγραφής στις ακολουθίες σας που χρησιμοποιούν τις μήτρες TRANSFAC ελεύθερος για τη μη εμπορική χρήση. - [Διαβασμένος περισσότερο MatInspector]

Ο κεντρικός υπολογιστής πρόβλεψης γονιδίων-υποκινητών αλυσίδας του Μαρκώφ (McPromoter) χρησιμοποιεί τις στατιστικές για να προβλέψει τις ευκαριωτικές περιοχές έναρξης μεταγραφής DNA. - [Διαβασμένος περισσότερο McPromoter]

Κεντρικός υπολογιστής με σκοπό να επισημάνει τις περιοχές αλληλεπίδρασης πρωτεϊνικός-DNA στο επίπεδο ζευγαριού βάσεων. Στοιχεία θχΗΠ-σειράς χρήσεων, απαρίθμηση λέξης και θέση-συγκεκριμένη ενημέρωση μητρών βάρους στην αναζήτηση των μοτίβων που αντιπροσωπεύουν αυτές τις περιοχές αλληλεπίδρασης. - [Διαβασμένος περισσότερο MDscan]

Αναλύει ένα σύνολο του DNA ή πρωτεϊνικών ακολουθιών για τις ομοιότητες μεταξύ τους και παράγει μια περιγραφή (μοτίβο) για κάθε πρότυπο που ανακαλύπτει. - [Διαβασμένος περισσότερο MEME]

Δημιουργεί το κρυμμένο markov μοντέλο του μοτίβου από την έξοδο MEME και ψάχνει τη βάση δεδομένων ακολουθίας για τις αντιστοιχίες σε αυτό το μοτίβο. - [Διαβασμένος περισσότερο μετα- Meme]