Ο χορηγός/διαφημίζει & Σύνδεση με μας & Μας ελάτε σε επαφή με & Περίπου εμείς & Μας βοηθήστε

Η μοριακή βιολογία Blog

Πρόσφατες θέσεις φόρουμ

 

Βιοπληροφορική

"Οικία" βιοπληροφορικής	Εργαλεία Bioinformatic που ταξινομούνται	Μάθετε για τη βιοπληροφορική	Βιοπληροφορική FAQ	Ερευνητικά άρθρα σχετικά με τη βιοπληροφορική	Φόρουμ βιοπληροφορικής	Ειδήσεις Bioinformatic	Βιοπληροφορική Blog	Βιβλία Bioinformatic

Στη μοριακή βιοπληροφορική σταθμών, θα βρείτε σχεδόν κάθε bioinformatic εργαλείο που θα χρειαστείτε. Έχουμε πάνω από 800 bioinformatic εργαλεία για τη βιοπληροφορική DNA, τη βιοπληροφορική RNA, την πρωτεϊνική βιοπληροφορική, και τα bioinformatic εργαλεία Proteomic. Επιτρέπουμε επίσης databses κάθε μια από αυτές τις κατηγορίες προκειμένου να βρεθεί εύκολα η ακολουθία ενδιαφέροντός σας από διάφορες βάσεις δεδομένων ακολουθίας.

Αρθρα βιοπληροφορικής

Βιολογικές βάσεις δεδομένων

OMIM

Πρωτεϊνική βιοπληροφορική

Πρωτεϊνικές δικτυακές γειτονιές μοτίβων

Πρωτεϊνικός υπομοριακός εντοπισμός

Πρωτεϊνική δευτεροβάθμια δομή

Πρωτεϊνική ανάλυση μεταλλάξεων

 

Ανάλυση έκφρασης γονιδίων

Πρωτεϊνική ανάλυση έκφρασης

Πρωτεϊνικές πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις

Συγκριτικό genomics

 

Η βάση δεδομένων εργαλείων Bioinformatic μας έχει όλα τα bioinformatic εργαλεία που θα χρειαστείτε πάντα και περιλαμβάνει τα σε απευθείας σύνδεση προγράμματα και τα εργαλεία σε:  Βιοπληροφορική DNA, βιοπληροφορική RNA, πρωτεϊνική βιοπληροφορική, βιοπληροφορική Proteomic, και μοριακοί πρότυποι οργανισμοί.

 

Η οντολογία γονιδίων ΠΗΓΑΙΝΕΙ

 

Οι πιό πρόσφατες ειδήσεις βιοπληροφορικής

Ανάλυση Multimarker και καταλογισμός του πολλαπλάσιου συγκεντρώνω-βασισμένου στην πλατφόρμα γονιδιώματος... Σχετικά άρθρα

Ανάλυση Multimarker και καταλογισμός των πολλαπλάσιων συγκεντρώνω-βασισμένων στην πλατφόρμα γονιδίωμα-ευρειών μελετών ένωσης.

Βιοπληροφορική. 2008 10 Ιουλίου

Συντάκτες: Όμηρος N, Tembe WD, Szelinger s, Redman μ, Stephan DA, JV PEARSON, Nelson SF, craig δ

ΠΕΡΙΛΗΨΗ: Για πολλούς η γονιδίωμα-ευρεία ένωση (GWA) μελετά χωριστά ένα εκατομμύριο ή περισσότερο SNPs παρέχει μια οριακή αύξηση στην κάλυψη με ουσιαστικό κόστος. Ένα μεγάλο μέρος των πληροφοριών που λαμβάνονται οφείλεται περιττός στη δομή συσχετισμού έμφυτη στο ανθρώπινο γονιδίωμα. Η συγκέντρωση των βασισμένων μελετών GWA θα μπορούσε να ωφεληθεί σημαντικά με τη χρησιμοποίηση αυτού του πλεονασμού για να μειώσει το θόρυβο, να βελτιώσει την ακρίβεια των παρατηρήσεων, και αυξάνει την genomic κάλυψη. Θεσπίζουμε ένα μέτρο του συσχετισμού μεταξύ μεμονωμένοι και της συγκέντρωσης, στα ίδια πλαίσια ότι το ρ (2) παρέχει ένα μέτρο της ανισορροπίας συνδέσμων μεταξύ των ζευγαριών SNPs. Εκθέτουμε έπειτα μια νέα μέθοδο πολυ-γεωμετρικών τόπων μη-απλότυπων multimarker ότι δυνάμεις η δομή συσχετισμού μεταξύ SNPs στο ανθρώπινο γονιδίωμα για να αυξήσουμε την αποτελεσματικότητα της συγκέντρωσης των βασισμένων μελετών GWA. Δίνουμε αρχικά ένα θεωρητικές πλαίσιο και μια παραγωγή της μεθόδου multimarker μας. Έπειτα, αξιολογούμε τις προσομοιώσεις χρησιμοποιώντας αυτήν την προσέγγιση multimarker σε σύγκριση με την ενιαία ανάλυση δεικτών. Τέλος, αξιολογούμε πειραματικά τη μέθοδό μας χρησιμοποιώντας τις διαφορετικές ομάδες των ατόμων HapMap duo Illumina 450S, το Illumina 550K, και το Affymetrix 5,0 πλατφόρμες για ένα συνδυασμένο σύνολο 1.333.631 SNPs. Τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι η χρήση της ανάλυσης multimarker μειώνει το θόρυβο συγκεκριμένο για τη συγκέντρωση των βασισμένων μελετών, επιτρέπει την αποδοτική ολοκλήρωση των πολλαπλάσιων microarray πλατφορμών, και παρέχει τα ακριβέστερα μέτρα μεγάλης σημασίας από την ενιαία ανάλυση δεικτών. Επιπλέον, αυτή η προσέγγιση μπορεί να επεκταθεί για να επιτρέψει τον καταλογισμό της σημασίας ένωσης για SNPs παρατηρηθείσας όχι άμεσα χρησιμοποιώντας γειτονικό SNPs στην ανισορροπία συνδέσμων. Αυτή η μέθοδος multimarker μπορεί τώρα να χρησιμοποιηθεί για να ολοκληρώσει επικερδώς τις συγκεντρώνω-βασισμένες μελέτες GWA με τις πολλαπλάσιες πλατφόρμες σε πάνω από ένα εκατομμύριο SNPs και για να καταλογίσει γειτονικό SNPs που ζυγίζεται για την απώλεια πληροφοριών λόγω στη συγκέντρωση. ΣΥΜΠΛΗΡΩΜΑΤΙΚΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ: Τα συμπληρωματικά στοιχεία είναι διαθέσιμα στη βιοπληροφορική on-line.

PMID: 18617537 [ PubMed - όπως παρέχεται από τον εκδότη ]

Η σταθερότητα γραμμών κυττάρων CMT αξιολόγησης από το διαστατικό polyacrylamide δύο πήκτωμα εκλέγει... Σχετικά άρθρα

Σταθερότητα γραμμών κυττάρων CMT αξιολόγησης από τη διαστατική polyacrylamide δύο ηλεκτροφόρηση πηκτωμάτων και τη βασισμένη proteome ανάλυση μαζικής φασματομετρίας.

Θ*ι Proteomics. 2008 Ιουλίου 21;71(2):160-167

Συντάκτες: Zhang Κ, Wrzesinski Κ, ετοιμοθάνατο SJ, Mose Larsen π, Zhang Χ, Roepstorff π

Η δισδιάστατη polyacrylamide ηλεκτροφόρηση πηκτωμάτων (2$α ΣΕΛΙΔΑ) που ακολουθείται από το μαζικό spectrometric προσδιορισμό των πρωτεϊνών στα πρωτεϊνικά σημεία έχει γίνει ένα κεντρικό εργαλείο στο proteomics. CMT167 (H), (L) οι γραμμές κυττάρων CMT64 (M) και CMT170, που επιλέγονται από ένα αυθόρμητο αδενοκαρκίνωμα πνευμόνων ποντικιών, με την υψηλή -, μέση - ή χαμηλός-μεταστατική δυνατότητα έχουν χαρακτηριστεί in vivo. Σε αυτήν την μελέτη, τα περιεκτικά πρωτεϊνικά σχεδιαγράμματα έκφρασης των γραμμών κυττάρων CMT αναλύθηκαν στις μεταβάσεις 5 ..15 και 35 προκειμένου να αξιολογηθεί η σταθερότητα γραμμών κυττάρων. Κατά τη διάρκεια των μεταβάσεων 5 έως 15, τα σχεδιαγράμματα έκφρασης των κυττάρων CMT παρέμειναν εύλογα σταθερά όπως αποδεικνύονται από τις μόνο πρωτεϊ'νες 0,7%, 3,9% και 1,1% που άλλαξαν σε CMT167 (H), CMT64 (M) και CMT170 (L) αντίστοιχα. Εντούτοις, ο αριθμός διαφορικά εκφρασμένων πρωτεϊνών αυξήθηκε αρκετά στη μετάβαση 35 σε CMT64 (M) και CMT170 (L) ενώ CMT167 (H) παρέμεινε σταθερό. Με βάση τα κριτήρια επιλογής μας, 22 ..109 και 84 σημεία σε CMT167 (H), CMT64 (M) και CMT170 (L) επιλέχτηκαν για τον πρωτεϊνικό προσδιορισμό από τα κράτη μέλη και 99 μοναδικές πρωτεϊ'νες προσδιορίστηκαν. Η ανάλυση βιοπληροφορικής έδειξε ότι οι περισσότερες από αυτές τις πρωτεϊ'νες συμμετέχουν στον κυψελοειδή μεταβολισμό. Τελικά, το proteomics βρέθηκε για να είναι ένα χρήσιμο εργαλείο για τις διαφορές στη σταθερότητα γραμμών κυττάρων. Αυτή η προσέγγιση παρείχε ένα εργαλείο για να επιλέξει την καλύτερη γραμμή κυττάρων και τη βέλτιστη περίοδο υποομάδων για τις μελέτες σχετικών με των τον καρκίνο φαινομένων και για τη δοκιμή της επίδρασης των πιθανών αντικαρκινικών φαρμάκων.

PMID: 18617143 [ PubMed - όπως παρέχεται από τον εκδότη ]

Το sequencer FLXtrade γονιδιώματος σημάδι διαβάζει σύστημα-περισσότερο, περισσότερες εφαρμογές, ST... Σχετικά άρθρα

Το sequencer FLXtrade γονιδιώματος σημάδι διαβάζει σύστημα-περισσότερο, περισσότερα εφαρμογές, απλή βιοπληροφορική και πληρέστερα σύνολα στοιχείων.

Θ*ι Biotechnol. 2008 jun 21

Συντάκτες: Droege μ, Hill β

Το sequencer FLX γονιδιώματος σύστημα (GS FLX), που τροφοδοτείται από 454 που τοποθετούν διαδοχικά, είναι ένα DNA επόμενος-παραγωγής τοποθετώντας διαδοχικά την τεχνολογία που χαρακτηρίζει ένα μοναδικό μίγμα διαβάζει πολύ, εξαιρετική ακρίβεια, και υπερβολιή υψηλός ρυθμοαπόδοση. Έχει αποδειχθεί το πιό ευπροσάρμοστο όλης της διαθέσιμης σήμερα επόμενος-παραγωγής τοποθετώντας διαδοχικά τις τεχνολογίες, που υποστηρίζουν πολλές υψηλού προφίλ μελέτες σε πάνω από επτά κατηγορίες εφαρμογών. Οι χρήστες GS FLX έχουν ακολουθήσει την καινοτόμο έρευνα σε de νοβο που τοποθετεί διαδοχικά, επαν-που τοποθετεί διαδοχικά ολόκληρων των γονιδιωμάτων και των περιοχών DNA στόχων, metagenomics, και ανάλυση RNA. 454 Η αλληλοuχία είναι ένα ισχυρό εργαλείο για την ανθρώπινη έρευνα γενετικής, πρόσφατα επαν-που έχει τοποθετηθεί διαδοχικά το γονιδίωμα ενός μεμονωμένου ανθρώπου, επαν-τοποθετώντας διαδοχικά αυτήν την περίοδο το πλήρες ανθρώπινο exome και τις στοχοθετημένες genomic περιοχές που χρησιμοποιούν την ακολουθία NimbleGen συλλάβετε τη διαδικασία, και τις ανιχνευμένες χαμηλής συχνότητας σωματικές μεταλλαγές που συνδέονται με τον καρκίνο.

PMID: 18616967 [ PubMed - όπως παρέχεται από τον εκδότη ]

[ Πρόβλεψη των εξωτερικών πρωτεϊνών μεμβρανών που χρησιμοποιούν τη διανυσματική μηχανή υποστήριξης με τη χτένα... Σχετικά άρθρα

[ Πρόβλεψη των εξωτερικών πρωτεϊνών μεμβρανών που χρησιμοποιούν τη διανυσματική μηχανή υποστήριξης με τα συνδυασμένα χαρακτηριστικά γνωρίσματα ]

Sheng Wu Gong Cheng Xue Bao. 2008 απρ;24(4):651-8

Συντάκτες: Zou λ, WANG ζ, WANG Υ

Οι εξωτερικές πρωτεϊ'νες μεμβρανών (OMPs) ενσωματώνονται στην εξωτερική μεμβράνη των gram-negative βακτηριδίων, των μιτοχονδρίων, και των χλωροπλαστών. Η κυψελοειδής θέση και η λειτουργική ποικιλομορφία OMPs τους κάνουν μια σημαντική πρωτεϊνική κλάση. Οι έρευνες για την πρόβλεψη OMPs με τις μεθόδους βιοπληροφορικής μπορούν να φέρουν τις χρήσιμες μεθοδολογίες για τον προσδιορισμό OMPs από τις genomic ακολουθίες και για την επιτυχή πρόβλεψη των δευτεροβάθμιων και τριτογενών δομών τους. Σε αυτό το έγγραφο, τρεις κλάσεις χαρακτηριστικών γνωρισμάτων υπολογίστηκαν από τις πρωτεϊνικές ακολουθίες: συνθέσεις αμινοξέος, συνθέσεις διπεπτιδών και σταθμισμένοι συντελεστές συσχετισμού ευρετηρίων αμινοξέος. Κατόπιν, τρεις κλάσεις χαρακτηριστικών γνωρισμάτων συνδυάστηκαν και εισήχθησαν σε έναν βασισμένο προάγγελο μηχανών υποστήριξης διανυσματικό (SVM) για να προσδιορίσουν OMPs από άλλους διπλώνοντας τύπους πρωτεϊνών. Τα αποτελέσματα της διάκρισης που χρησιμοποιούν διάφορα συνδυασμένα χαρακτηριστικά γνωρίσματα συμπεριλαμβανομένων τεσσάρων κατηγοριών ευρετηρίων αμινοξέος υπολογίστηκαν, και η επιρροή στην ακρίβεια διάκρισης που χρησιμοποιεί τους διαφορετικούς συντελεστές συσχετισμού με τις διαφορετικά κατατάξεις και τα βάρη συζητήθηκε. Στις διαγώνιος-επικυρωμένες δοκιμές και τις ανεξάρτητες δοκιμές για τον προσδιορισμό OMPs από ένα σύνολο δεδομένων 1087 πρωτεϊνών που ανήκουν σε όλους τους διαφορετικούς τύπους globular και πρωτεϊνών μεμβρανών, η μέθοδος που χρησιμοποιεί τα συνδυασμένα χαρακτηριστικά γνωρίσματα λαμβάνει μια γενική ακρίβεια 96,96% και 97,33% αντίστοιχα. Και αυτά τα αποτελέσματα ξεπερνούν αυτήν άλλων μεθόδων στη λογοτεχνία. Χρησιμοποιώντας αυτήν την μέθοδο, οι υψηλές ιδιομορφίες εμφανίζονται από τα αποτελέσματα του προσδιορισμού OMPs σε πέντε βακτηριακά γονιδιώματα, και πάνω από 99% OMPs με τις γνωστές τρισδιάστατες δομές στη βάση δεδομένων PDB κάνονται διακρίσεις σωστά. Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι η μέθοδος είναι ένα ισχυρό εργαλείο για τη διάκριση OMPs στα γονιδιώματα.

PMID: 18616178 [ PubMed - στη διαδικασία ]

[ Γρήγορη ανίχνευση του aernginosa pseudomonas από το φθορισμό ποσοτικό τ... Σχετικά άρθρα

[ Γρήγορη ανίχνευση του aernginosa pseudomonas από την ποσοτική pcr TaqMan φθορισμού δοκιμή που στοχεύει στο γονίδιο ETA ]

Sheng Wu Gong Cheng Xue Bao. 2008 απρ;24(4):581-5

Συντάκτες: Θ*Ξηαο X, Zhang j, Gong j, παν Υ, Yu Υ, Yang Χ, Wu χ

Το aernginosa (PA) pseudomonas είναι ένα από τα πιό καθολικά παθογόνα στην κλινική διάγνωση, και η συμβατική δοκιμή ανίχνευσης έχει πολλά μειονεκτήματα. Σε αυτήν την έρευνα, ένα ζευγάρι των συγκεκριμένων εγχυτήρων και ένας φθορισμού έλεγχος TaqMan σχεδιάστηκαν στη συντηρητική περιοχή του γονιδίου ETA με τη μέθοδο ανάλυσης βιοπληροφορικής, η μέθοδος ανίχνευσης γιατί το PA αναπτύχθηκε επιτυχώς. Οι διαφορετικές συγκεντρώσεις κλίσης του DNA PA και του διάφορου DNA παθογόνων ενισχύθηκαν από ποσοτικό pcr φθορισμού (φq-πθρ) για να επιβεβαιώσουν την ιδιομορφία και την ευαισθησία της αναπτυγμένης μεθόδου. Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι η αναπτυγμένη δοκιμή ανίχνευσης είναι λογικότερη και συγκεκριμένη σε σύγκριση με τη συμβατική μέθοδο φq-πθρ, και είναι πολύτιμη για τις προοπτικές έρευνας και εφαρμογής.

PMID: 18616166 [ PubMed - στη διαδικασία ]