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Ein Molekül mit einer Nettoladung bewegt sich in ein elektrisches Feld. Dieses Phänomen, bezeichnet Elektrophorese bietet leistungsfähige Mittel des Trennens der Proteine und anderer Makromoleküle wie DNA und RNS an. Die Geschwindigkeit der Systemumstellung eines Proteins (oder irgendeines Moleküls) in einem elektrischen Feld hängt von der Stärke des elektrischen Feldes, von der Nettoladung auf dem Protein und vom Reibungskoeffizienten ab.
Die elektrische Kraft, die das belastete Molekül in Richtung zur gegenüber belasteten Elektrode antreibt, wird durch die schändliche Gegenkraft entgegengesetzt, die aus Friktion zwischen dem beweglichen Molekül und dem Medium sich ergibt. Der Reibungskoeffizient hängt von der Masse und von der Form des Migrierenmoleküls und von der Viskosität des Mediums ab.
Elektrophoresetrennung wird fast immer in den Gelen (oder in den festen Support wie Papier) eher als in der freien Lösung aus zwei Gründen durchgeführt. Erste Gele unterdrücken den verbindenden Strom, der durch kleine Temperatursteigungen, eine Anforderung für wirkungsvolle Trennung produziert wird. Zweite Gele dienen als Molekularsiebe, die Trennung erhöhen. Moleküle, die betriebsbereit verglichen mit den Poren in der Bewegung des Gels durch das Gel kleines sind, während die Moleküle, die viel größer als die Poren sind, fast unbeweglich sind. Zwischen-Größe Moleküle bewegen sich durch das Gel mit verschiedenen Graden an Teildienst. Polyacrylamidgele sind unterstützende Media der Wahl für elelectrophoresis, weil sie chemisch träge sind und betriebsbereit durch die Polymerisierung des Acrylamids gebildet werden. Außerdem können ihre Poregrößen indem man verschiedene Konzentrationen des Acrylamids und des methylenebisacrylamide (ein Vernetzungsreagens) zu der Zeit der Polymerisierung gesteuert werden, wählt.
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