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Proteinmotive und -gebiete sind wichtige, da sie Anhaltspunkte hinsichtlich der posible Funktionen des Proteins zur Verfügung stellen, und mögliche Interaktionen des Proteins. Wenn das Protein zum Beispiel ein Gebiet für DNA Schwergängigkeit hat, würden Sie das voraussagen, daß Protein nach dem Binden zu den DNA Reihenfolgen verfahren kann.
Eine Anmerkung über Proteinmotiv und Proteingebiet Datenbank sucht: Die meisten Proteine sind mit einigen Gebieten modular. Wenn Ihr Protein oder unbekanntes proteni einer Proteinkinase am ähnlichsten ist, bedeutet dieses nicht notwendigerweise, daß es eine Kinase ist - es ist die zwei Proteine teilt einige andere Gebiete möglich (IE einige Gebiete SH3).
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CDD Die Konservierte Gebiet Datenbank. Proteine enthalten häufig einige Module oder Gebiete, jedes mit einem eindeutigen Entwicklungsursprung und Funktion. NCBI's konservierte Gebiet Datenbank ist eine Ansammlung mehrfache Reihenfolge Ausrichtungen für alte Gebiete und in voller Länge Proteine. Der CD-Search Service kann verwendet werden, um die konservierten Gebiete zu kennzeichnen, die in einer Proteinabfragereihenfolge vorhanden sind.
CDD Schlüsselwort-Such suche die konservierte Gebiet Datenbank durch Keyword bei Entrez Pubmed.
CDART: Konserviertes Gebiet Architektur-Wiederherstellung Hilfsmittel
InterPro InterPro ist eine Datenbank der Proteinfamilien, der Gebiete und der Funktionssites, in denen die identifizierbaren Merkmale, die in bekannten Proteinen gefunden werden, an unbekannten Proteinreihenfolgen angewendet werden können.
PROSite PROSITE ist eine Datenbank der Proteinfamilien und -gebiete. Es besteht aus biologisch bedeutenden Sites, Mustern und Profilen, die helfen, zu, welcher bekannter Proteinfamilie zuverlässig zu kennzeichnen (falls vorhanden) eine neue Reihenfolge gehört.
Pfam Pfam ist eine große Ansammlung mehrfache Reihenfolge Ausrichtungen und versteckte Markov Modelle, die viele geläufige Proteingebiete umfassen. Pfam Version 7.7b (Oktober 2002) enthält die Ausrichtungen und Modelle für 4832 Proteinfamilien, basiert auf dem Swissprot 40 und SP-TrEMBL
ProDom Protein-Gebiet Datenbank
PairsDB der automatische
Gebiet Aufspaltung-Algorithmus (ADDA) wird verwendet, um eine
Datenbank der Proteingebiet Familien mit kompletter Dichte aller
Proteinreihenfolgen festzulegen. Reihenfolgen werden in Gebiete
aufgespaltet und Gebiete werden in Proteingebiet Familien in einem
vollständig automatisierten Prozeß gruppiert. Die aktuelle
Datenbank enthält Gebiete für mehr als 1.5 Million Reihenfolgen in
mehr als 40 000 Gebiet Familien. Insbesondere gibt es 3828
Romangebiet Familien, die sich nicht mit curated Gebiet Datenbanken
Pfam, SCOP und InterPro überlappen. Daten isfreely vorhanden
für das Downloading und das Abfragen über eine Web-Schnittstelle.
Sehen Sie auch:
PairsDB Gebiet Familien Suche
PairsDB Gebiet Familien Stöbern Durch
DRUCK- DRUCKE ist ein Kompendium der Proteinfingerabdrücke. Ein Fingerabdruck ist eine Gruppe konservierte Motive, die verwendet werden, um eine Proteinfamilie zu kennzeichnen; seine Diagnoseenergie wird durch wiederholende Abtastung einer SWISS-PROT/TrEMBL Zusammensetzung verfeinert. Normalerweise lappen sich die Motive, aber über werden nicht entlang einer Reihenfolge getrennt, obwohl sie in 3D-space angrenzend sein können. Fingerabdrücke können Proteinfalten und -funktionalitäten flexibler und leistungsfähig verschlüsseln, als single Motive kann, die volle Diagnosekraft, die vom gegenseitigen Kontext zur Verfügung gestellt von den Motivnachbarn berechnet.
HITS Motiv-Scan- Hits ist eine freie Datenbank, die Proteingebieten gewidmet wird. Es ist auch eine Ansammlung Hilfsmittel für die Untersuchung der Verhältnisse zwischen den Proteinreihenfolgen und Motiven, die auf ihnen beschrieben werden. Diese Motive werden durch eine heterogene Ansammlung Kommandogeräte definiert, die aktuell regelmäßige Ausdrücke, generalisierte Profile und versteckte Markov Modelle einschließt
INTELLIGENTES Einfaches Modulares Architektur-Forschung Hilfsmittel. Ziel: automatisches Kennzeichen und Anmerkung von Gebieten in user-supplied Proteinreihenfolgen erlauben.
PROClass die ProClass Datenbank ist eine nicht-überflüssige Proteindatenbank, die entsprechend Familie Verhältnissen organisiert wird, wie durch ProSite Muster und PIR Superfamilies zusammen definiert. Die ProClass Datenbank kann Proteinfamilie Information Retrieval erleichtern, Gebiet und Familie Verhältnisse vorzustellen, und sich einzustufen multi-domained Proteine, durch das Kombinieren global und die Motivähnlichkeiten in einen einzelnen Familie Organisation Entwurf.
Auffindbarer Index des ExPASY SCHWEIZERS PROT molekularer Biologie-Server der Universität von Genf: enthält auffindbaren Index von SWISS-PROT.
ExPASY PROSITE PROSITE ist eine Datenbank der Proteinfamilien und -gebiete. Es besteht aus biologisch bedeutenden Sites, Mustern und Profilen, die helfen, zu, welcher bekannter Proteinfamilie zuverlässig zu kennzeichnen (falls vorhanden) eine neue Reihenfolge gehört.
SYSTERS Protein-Familie Datenbank durch Motifs
TIGRFAM Datenbank sind die Proteinfamilien, die auf versteckten Markov Modellen oder HMMs basieren.
eMotif Suche die eMOTIFS werden von den mehrfachen Reihenfolge Ausrichtungen in der BLOCKS+ Datenbank berechnet.
MOTIV: Kann mehrfache Datenbanken einschließlich suchen: PROSITE Muster, PROSITE Profil, BLÖCKE, ProDom, DRUCKE, Pfam, Pfam_fs für Fragmente und eine benutzerbestimmte Profilbibliothek.
HMM Suche - Motiv-Suche einer Protein-Reihenfolge mit der Pfam-A Datenbank der Protein-Gebiete - Sanger Mitte (Großbritannien).
HMM Suche - Motiv-Suche einer
Protein-Reihenfolge mit der Pfam-A Datenbank der Protein-Gebiete -
WUSTL (US).
MAST - Motiv-Ausrichtung und Suchhilfsmittel - Pasteur Installation (Frankreich).
MEME - mehrfaches EM für Motiv Elicitation - Pasteur Institut (Frankreich).
MOTIV - Muster-Search Service - Iowa Zustand U (US).
PatternFind - Reihenfolge
Muster-Suchmuster-Suche einiger Datenbanken einschließlich:
Schweizer-Prot, TrEMBL, Schweizer-Prot Spleißstellevarianten,
trEST, trGEN,
trome, aktuelle ENSEMBL Peptide für alle Sorten,
komplette durch Mikrobenproteomes, RefSeq Freigabe, RefSeq
wöchentliche Aktualisierungsvorgänge, PATTINPROT -
Abfrage-Reihenfolge Muster-Suche - Pole Bio-Informatique Lyonnaise
(Frankreich), Pratt2.1 - Muster-Entdeckung-Hilfsmittel, Pratt - U
Helsinki (Finnland), Pratt - Pasteur Installation (Frankreich), Pratt
- Installation Informatik-U Bergensis (Norwegen), Pratt - EBI
(Großbritannien).
PROSITE - Profil-Motiv-Suchen der ProSite Datenbank.
PROSITE Suche - Genestream - IGH Montpellier (Frankreich).
ScanProsite - suchen Sie eine
Protein-Reihenfolge gegen das PROSITE DB ab - ExPASy (die Schweiz).
PHYTOPROT die allgemeine Prozedur hinter PHYTOPROT besteht, wenn es einen "all-durch-allen" Vergleich (der mutmaßlichen) Proteinreihenfolgen mit der BIOFACET Software durchführt und Blöcke der Reihenfolgen (Mohseni-Zadeh et al., Recomb 2003) basiert auf ihrer Ähnlichkeit aufbaut und à La Prodom, schließlich, anzeigend teilten die Gebiete durch die Reihenfolgen in jedem Block
Integr8 Arabidopsis Thalania liefert Informationen über Protein mit Schlüsselwortsuche. Enthält Gebiet Informationen innerhalb der Suche.
Pfam Arabidopsis Protein-Familien
Parasit-Motiv-Such parasit-Motiv-Datenbank. Datenbanken von: Alles Leishmania, Leishmania Hauptfriedlin, Trypanosoma brucei, Trypanosoma cruzi, alles Crithidia, alle kinetoplastids, Plasmodium falciparum, aller Plasmodium, Toxoplasma gondii, alles Apicomplexa, alles Schistosoma, alles Filarioidea.
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