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Protein und Antikörper Microarray Chips
Sicherung Moleküle und ihre Beschränkungen
Das geläufigste Formular der analytischen
Proteinreihen sind Antikörper microarrays, in denen Antikörper (oder
Antikörpernachahmer) diese Bindung spezifische Antigene auf einem
Objektträger an der hohen Dichte gekleidet werden. Ein lysate
wird über die Reihe geführt und das verklemmte Antigen wird
entdeckt, nachdem man gewaschen hat. Die größte
Herausforderung mit diesen Methoden produziert Reagenzien, die das
Protein des Interesses und mit stark genügender Besonderheit an einer
Hochdurchsatz Art und Weise kennzeichnen. Obgleich
Antikörper das traditionelle Reagens der Wahl für das Entdecken der
Proteine in den komplizierten Mischungen sind, sind polyclonal Seren
häufig nicht spezifisch und sind kostspielig zu produzieren.
Auch die herkömmliche hybridoma Methode des Produzierens der in
hohem Grade spezifischen monoclonal Antikörper ist zeitraubendes,
mühsames und teures (8).
Einige Studien, die Antikörper verwenden, sind vor kurzem
trotz der Hindernisse geleitet worden, wenn man spezifische
Antikörper erhielt. In einer der größten Studien bis
jetzt, beschmutzten Sreekumar et al. 146 eindeutige Antikörper auf
Glas, um die Abwechslungen der Proteinquantität in den LoVo
Doppelpunkt-Krebsgeschwürzellen zu überwachen. Ihre Resultate
deckten strahlungsinduzierte Obenregelung vieler interessanter
Proteine, einschließlich p53, DNA Zerteilungfaktor 40 und 45,
Tumornekrose Faktor-in Verbindung stehendes ligand, sowie
unten-geregelte Proteine auf (58).
Bis jetzt wurden die meisten Antikörper microarrays mit einigen Dutzend oder einigen hundert im Handel erhältlichen Poly- oder mono-clonal Antikörpern produziert. Obgleich 10 Tausenden Antikörper im Handel erhältlich sind, ist diese Zahl unzulänglich, weil für die meisten Proteine es keine vorhandenen Antikörper gibt. Die Tatsache, daß viele Antikörper glykosyliert sind und große proteinbasierte Tragkonstruktionen enthalten, bedeutet, daß sie häufig mit mehr als einem Zielprotein Kreuz-reagieren. Dieses kann zu vielen falschen Positiven beitragen (9). So hat ein anderes Problem Hochbesonderheit Antikörper erhalten.
Eins des größten Problems mit Antikörperreihen ist Besonderheit. Proteine sind häufig in sehr großen Dynamikwerten (106) anwesend; so sind Reagenzien, die hohe Affinität für ein Protein haben konnten, aber niedrige Affinität für andere werden ruhige Ausstellungabfragung des untereren Affinität Proteins, wenn es viel überwiegenderes (9) ist. Eine Gruppe forschte die Fähigkeit von 115 gut-gekennzeichneten Antikörper-–Antigenpaaren nach, in den mit hoher Schreibdichtemicroarrays auf geänderten Objektträgern zu reagieren. 30% der Paare zeigte die erwarteten linearen Verhältnisse und anzeigte, daß ein Bruch der Antikörper für quantitative Analyse (33) verwendbar waren. Viele Gruppen haben Sandwichproben verwendet, um dieses Problem zu vermeiden. Eine Sandwichprobe wird durchgeführt, indem man den ersten Antikörper auf der Reihe beschmutzt und dann das Verwenden eines zweiten Antikörpers entdeckt, der ein anderes Teil der Proteine erkennt. Diese Annäherung erhöht drastisch die Besonderheit der Antigenabfragung, aber benötigte, daß wenige zwei hochwertige Antikörper existieren, damit jedes Antigen entdeckt werden kann (8).
Zunächst: Antikörper Microarrays: Probleme und Lösungen
Referenzen für Protein und Antikörper Microarrays
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Einleitung und Hintergrund zu den Protein-Chips und zu den Antikörper-Chips.
Typen der Antikörper-und Protein-Chips
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