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Proteinmicroarray-Sicherungs-Moleküle und ihre Beschränkungen

Proteinund Antikörpermicroarray-Chips

Sicherungs-Moleküle und ihre Beschränkungen - Protein-Chips

Sicherungs-Moleküle und ihre Beschränkungen
            Das geläufigste Formular der analytischen Proteinreihen sind Antikörper Microarrays, in denen Antikörper (oder Antikörpernachahmer) spezifische Antigene dieser Bindung auf einem Objektträger am High-density gekleidet werden. Ein lysate wird über die Reihe geführt und das verklemmte Antigen wird entdeckt, nachdem man sich gewaschen hat. Die größte Herausforderung mit diesen Methoden produziert Reagenzien, die das Protein des Interesses und mit hoch genügender Besonderheit an einer Hochdurchsatz Art und Weise identifizierenen.  Obgleich Antikörper das traditionelle Reagens der Wahl für das Entdecken der Proteine in den komplizierten Mischungen sind, sind polyclonal Seren häufig nicht Besondere und sind teuer zu produzieren. Auch die herkömmliche Hybridomamethode des Produzierens der in hohem Grade spezifischen monoclonal Antikörper ist Zeit raubendes, mühsames und teures (8).
           
Einige Studien unter Verwendung der Antikörper sind vor kurzem trotz der Hindernisse geleitet worden, wenn man spezifische Antikörper erhielt.  In einer der größten Studien bis jetzt, beschmutzte Sreekumar et al. 146 eindeutige Antikörper auf Glas, um die Abwechslungen der Proteinquantität in den LoVo Doppelpunkt-Krebsgeschwürzellen zu überwachen. Ihre Resultate deckten strahlungsinduzierte Obenregelung vieler interessanten Proteine, einschließlich p53, DNA-Zerteilungfaktor 40 und 45, Tumornekrose Faktor-in Verbindung stehender Ligand, sowie unten-geregelte Proteine auf (58).

Bis jetzt wurden die meisten Antikörper Microarrays mit einigen Dutzend oder einigen hundert handelsüblichen Poly- oder mono-clonal Antikörpern produziert.  Obgleich 10 Tausenden Antikörper handelsüblich sind, ist diese Zahl unzulänglich, weil für die meisten Proteine es keine vorhandenen Antikörper gibt.  Die Tatsache, dass viele Antikörper glykosyliert sind und große proteinbasierte Tragkonstruktionen enthalten, bedeutet, dass sie häufig mit mehr als einem Zielprotein Kreuz-reagieren.  Dieses kann zu vielen falschen Positiven beitragen (9).  So hat ein anderes Problem Hochbesonderheit Antikörper erhalten.    

            Eins des größten Probleme mit Antikörperreihen ist Besonderheit. Proteine sind häufig in sehr großen Dynamikwerten (106) anwesend; so sind Reagenzien, die hohe Affinität für ein Protein haben konnten, aber niedrige Affinität für andere aufweisen noch Abfragung des untereren Affinitätsproteins, wenn es viel überwiegenderes (9) ist. Eine Gruppe forschte die Fähigkeit von 115 gut-gekennzeichneten Antikörperantigen Paaren nach, in den mit hoher Schreibdichtemicroarrays auf geänderten Objektträgern zu reagieren. 30% der Paare zeigte die erwarteten linearen Verhältnisse und anzeigte, dass ein Bruch der Antikörper für quantitative Analyse (33) verwendbar waren. Viele Gruppen haben Sandwichproben verwendet, um dieses Problem zu vermeiden.  Eine Sandwichprobe wird durchgeführt, indem man den ersten Antikörper auf der Reihe beschmutzt und dann die Anwendung eines zweiten Antikörpers entdeckt, der ein anderes Teil der Proteine erkennt. Diese Annäherung erhöht drastisch die Besonderheit der Antigenabfragung, aber benötigt, dass wenige zwei hochwertige Antikörper existieren, damit jedes Antigen entdeckt werden kann (8).

Zunächst: AntikörperMicroarrays: Probleme und Lösungen

Referenzen für Proteinund AntikörperMicroarrays

Zurück zu:

Einleitung und Hintergrund zu den Protein-Chips und zu den Antikörper-Chips.

Typen der Antikörper-und Protein-Chips

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