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Protein Microarray Sicherung Moleküle und ihre Beschränkungen

Protein und Antikörper Microarray Chips

Sicherung Moleküle und ihre Beschränkungen - Protein-Chips

Sicherung Moleküle und ihre Beschränkungen
            Das geläufigste Formular der analytischen Proteinreihen sind Antikörper microarrays, in denen Antikörper (oder Antikörpernachahmer) diese Bindung spezifische Antigene auf einem Objektträger an der hohen Dichte gekleidet werden. Ein lysate wird über die Reihe geführt und das verklemmte Antigen wird entdeckt, nachdem man gewaschen hat. Die größte Herausforderung mit diesen Methoden produziert Reagenzien, die das Protein des Interesses und mit stark genügender Besonderheit an einer Hochdurchsatz Art und Weise kennzeichnen.  Obgleich Antikörper das traditionelle Reagens der Wahl für das Entdecken der Proteine in den komplizierten Mischungen sind, sind polyclonal Seren häufig nicht spezifisch und sind kostspielig zu produzieren. Auch die herkömmliche hybridoma Methode des Produzierens der in hohem Grade spezifischen monoclonal Antikörper ist zeitraubendes, mühsames und teures (8).
           
Einige Studien, die Antikörper verwenden, sind vor kurzem trotz der Hindernisse geleitet worden, wenn man spezifische Antikörper erhielt.  In einer der größten Studien bis jetzt, beschmutzten Sreekumar et al. 146 eindeutige Antikörper auf Glas, um die Abwechslungen der Proteinquantität in den LoVo Doppelpunkt-Krebsgeschwürzellen zu überwachen. Ihre Resultate deckten strahlungsinduzierte Obenregelung vieler interessanter Proteine, einschließlich p53, DNA Zerteilungfaktor 40 und 45, Tumornekrose Faktor-in Verbindung stehendes ligand, sowie unten-geregelte Proteine auf (58).

Bis jetzt wurden die meisten Antikörper microarrays mit einigen Dutzend oder einigen hundert im Handel erhältlichen Poly- oder mono-clonal Antikörpern produziert.  Obgleich 10 Tausenden Antikörper im Handel erhältlich sind, ist diese Zahl unzulänglich, weil für die meisten Proteine es keine vorhandenen Antikörper gibt.  Die Tatsache, daß viele Antikörper glykosyliert sind und große proteinbasierte Tragkonstruktionen enthalten, bedeutet, daß sie häufig mit mehr als einem Zielprotein Kreuz-reagieren.  Dieses kann zu vielen falschen Positiven beitragen (9).  So hat ein anderes Problem Hochbesonderheit Antikörper erhalten.    

            Eins des größten Problems mit Antikörperreihen ist Besonderheit. Proteine sind häufig in sehr großen Dynamikwerten (106) anwesend; so sind Reagenzien, die hohe Affinität für ein Protein haben konnten, aber niedrige Affinität für andere werden ruhige Ausstellungabfragung des untereren Affinität Proteins, wenn es viel überwiegenderes (9) ist. Eine Gruppe forschte die Fähigkeit von 115 gut-gekennzeichneten Antikörper-–Antigenpaaren nach, in den mit hoher Schreibdichtemicroarrays auf geänderten Objektträgern zu reagieren. 30% der Paare zeigte die erwarteten linearen Verhältnisse und anzeigte, daß ein Bruch der Antikörper für quantitative Analyse (33) verwendbar waren. Viele Gruppen haben Sandwichproben verwendet, um dieses Problem zu vermeiden.  Eine Sandwichprobe wird durchgeführt, indem man den ersten Antikörper auf der Reihe beschmutzt und dann das Verwenden eines zweiten Antikörpers entdeckt, der ein anderes Teil der Proteine erkennt. Diese Annäherung erhöht drastisch die Besonderheit der Antigenabfragung, aber benötigte, daß wenige zwei hochwertige Antikörper existieren, damit jedes Antigen entdeckt werden kann (8).

Zunächst: Antikörper Microarrays: Probleme und Lösungen

Referenzen für Protein und Antikörper Microarrays

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Einleitung und Hintergrund zu den Protein-Chips und zu den Antikörper-Chips.

Typen der Antikörper-und Protein-Chips