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Die Methode, Forschung zu tun soll die Tatsachen im Augenblick des größten Erstaunens in Angriff nehmen. ~Celia Grün, die Abnahme und Fall von Science, 1972
Proteinstruktur und -funktion ist durch
Röntgenstrahlkristallographie, eine Technik angereichert worden, die
die exakten dreidimensionalen Positionen der meisten Atome in einem
Proteinmolekül aufdecken kann.
Kristalle des Proteins des Interesses sind erforderlich, weil
die Technik benötigt, daß alle Moleküle genau orientiert werden. Kristalle können häufig erreicht werden, indem man
Ammoniumsulfat oder ein anderes Salz einer starken Lösung des
Proteins hinzufügt, um seine Löslichkeit zu verringern.
Beispiel, Myohämatin kristallisiert in einem 3M Ammoniumsulfat. Langsames Aussalzen bevorzugt die Anordnung der in hohem
Grade bestellten Kristalle anstelle von den formlosen Niederschlägn. Etwas Proteine kristallisieren betriebsbereit, während
andere so tun, nur nachdem viel Bemühung verbraucht worden ist, wenn
man die guten Bedingungen fand. Crystalliztion ist eine
kunst; die besten Praktiker haben große Ausdauer und Geduld,
sowie eine goldene Note. In zunehmendem Maße große und
komplizierte Proteine werden kristallisiert.
Die drei Bestandteile in einer kristallographischen Analyse des
Röntgenstrahls sind eine Quelle der Röntgenstrahlen, ein
Proteinkristall und ein Detektor. Ein Lichtstrahl der
Röntgenstrahlen von Wellenlänge A 1.54 wird produziert, indem man
Elektronen gegen ein kupfernes Ziel beschleunigt. Ein
schmaler Lichtstrahl der Röntgenstrahlen schlägt den Proteinkristall
an. Der Teil von ihm läuft gerade den Kristall durch;
der Rest wird in verschiedene Richtungen zerstreut. Die zerstreuten (oder gebeugt) Lichtstrahlen können
entdeckt werden durch Röntgenstrahlfilm, das Schwärzen der Emulsion,
die zur Intensität des zerstreuten Röntgenstrahllichtstrahls
proportional ist, oder durch einen elektronischen Festkörperdetektor.
Die grundlegenden körperlichen zugrundeliegenden Grundregeln
die Technik sind
Der Proteinkristall wird in eine Kapillare eingehangen und in Position gebracht in eine exakte Lagebestimmung in Bezug auf den Röntgenstrahllichtstrahl und den Film. Processional Bewegung des Kristalles ergibt eine Röntgenstrahlfotographie, die aus einer regelmäßigen Reihe Punkten besteht, die Reflexionen genannt werden. Die Intensität jedes Punktes wird gemessen. Diese Intensität sind die grundlegenden experimentellen Daten einer kristallographischen Analyse des Röntgenstrahls. Der folgende Jobstep ist, ein Bild des Proteins von den beobachteten Intensität wieder aufzubauen. In der Lichtmikroskopie oder in der Elektronenmikroskopie werden die gebeugten Lichtstrahlen durch Objektive fokussiert, um ein Bild direkt zu bilden. Jedoch existieren Objektive für fokussierenröntgenstrahlen nicht. Stattdessen wird das Bild gebildet, indem man eine mathematische Relation anwendet, die eine Fourier-Transformation genannt wird. Für jeden Punkt erbringt diese Operation eine Welle der Elektrondichte, deren Umfang zur Quadratwurzel der beobachteten Intensität des Punktes proportional ist. Jede Welle hat auch eine Phase das heißt, die Zeitbegrenzung seiner Scheitel und Abflußrinnen im Verhältnis zu denen anderer Wellen. Die Phase jeder Welle stellt fest, ob sie verstärkt oder beendet die Wellen, die durch andere Punkte beigetragen werden. Diese Phasen können von den gut-verstandenen Beugungmustern abgeleitet werden, die durch Schweratom Bezugsmarkierungen wie Uran oder Quecksilber an den spezifischen Sites im Protein produziert werden.
Darstellen Hintergrund dann für die Berechnung einer
Elektron-Dichte Karte, die die Dichte der Elektronen an vielen
regelmäßig Raumpunkten im Kristall gibt. Diese
dreidimensionale Elektron-Dichte Verteilung wird durch eine Reihe
parallele Kapitel dargestellt, die auf einander gestapelt werden. Jedes Kapitel ist ein transparentes Plastikblatt (oder
eine Schicht in einem Computerbild) auf dem die Elektron-Dichte
Verteilung durch Formzeilen dargestellt wird.
Der folgende Jobstep ist, die Elektron-Dichte Karte zu deuten. Ein kritischer Faktor ist die Zerlegung der
Röntgenstrahlanalyse, die durch die Zahl den zerstreuten Intensität
festgestellt wird, die in der Fourier Synthese verwendet werden. Eine Zerlegung von 6 A deckt den Kurs der
Polypeptidkette aber weniger anderer struktureller Details auf. Der Grund ist, daß Polypeptidketten zusammen packen,
damit ihre Mitten zwischen 5 und 10 A auseinander sind. Karten an der höheren Zerlegung sind erforderlich,
Gruppen Atome, die von 2.8 bis 4.0 A auseinander liegen, und einzelne
Atome abzugrenzen, die zwischen 1.0 und 1.5 A auseinander sind. Die entscheidende Zerlegung einer Röntgenstrahlanalyse
wird durch den Grad der Verkollkommnung des Kristalles festgestellt. Für Proteine ist dieses, das Zerlegung begrenzt,
normalerweise ungefähr 2 A.
Die Strukturen von mehr als 300 Proteinen sind an der
Atomzerlegung aufgeklärt worden. Wissen ihrer
ausführlichen molekularen Architektur hat Einblick zur Verfügung
gestellt, in wie Proteine andere Moleküle erkennen und binden, in wie
sie als Enzyme arbeiten, wie sie sich falten und wie sie entwickelten.
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