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Proteomics

Informationen über, wie das proteome oder das Set der Proteine in einer Zelle studiert wird.

Proteomoics Methoden

Proteingehalt einer Zelle wird geschätzt, um aus Tausenden der unterschiedlichen Typen Proteine mit Dynamikwerten des Ausdruckes zu bestehen. Die Technologie, die aktuell verwendet wird, bezieht die Wiederherstellung der Proteinbestandteile, Fraktionierung dieser sehr komplizierten Mischung, enzymatische Proteolyse jeder getrennten und lokalisierten Sorte, umfangreiche spektrometrische Massenanalyse und die strukturellen Daten schließlich zusammenbringen mit ein, die gegen eine Datenbank der bekannten Proteine oder der vorweggenommenen Genomausdruck Produkte festgelegt werden.

Diese Prozedur bezieht einen Ausgangsjobstep mit 1 oder 2-dimensional Elektrophorese mit ein (De). Mit 1-DE werden Proteine auf der Grundlage von molekulare Masse getrennt; die Technik ist reproduzierbar und kann für Proteine in der Massenstrecke kDa 10–300 verwendet werden, aber hat Zerlegung begrenzt. Für Trennung der komplizierteren Proteinmischungen, ist 2-DE die bevorzugte Methode. Dieses bezieht mit ein, die Proteine entsprechend ihrer Nettoladung durch einen Jobstep der isoelektrischen Scharfeinstellung und dann, in das zweite Maß, entsprechend ihrer molekularen Masse zuerst zu trennen, die NatriumdodecylSulfat-polyacrylamid Gelelektrophorese (SDS-PAGE) einsetzt die ein hohes Trennung eciency gibt.

 Massenspektrometrie (MS) ist die Methode der Wahl für das Kennzeichen der getrennten Proteine und 2-DE und Massenspektrometrie darstellt jetzt eine Technologie, durch die einiges tausend Proteine auf eine automatisierte Art und Weise getrennt werden, entdeckt werden und gekennzeichnet werden können.

Proteomics Methodenlehre wird zuerst durch Proteintrennung und -standort durch 2-DE erfolgt, der von der Ausrottung der Proteine des Interesses gefolgt wird, die dann proteolytische Verdauung durchmachen, um eine Mischung der Peptidfragmente zu erbringen. Die Peptide werden durch die Massenspektrometrie analysiert und zuerst verwenden MALDI-MS für molekulare Massenermittlung und Erzeugung eines Peptidmasse Fingerabdruckes. Wenn die Datenbank, die gegenwärtig sucht, vieldeutige Resultate erbringt, wird eine zweite Masse spektrometrische Analyse, ESI-MS/MS, verwendet, um Reihenfolge Informationen festzulegen, die für das zwingenderes Datenbanksuchen verwendet wird.

Vom Masse Spektrum, das auf Analyse der Proteinauswahlmischung erhalten wird, können die Peptidmasse Karte oder der Peptidmassenfingerabdruck d.h. die molekularen Massen der Peptidfragmente, ermittelt werden. Häufig wenn die Aminosäurereihenfolge genug eindeutig und die Massengenauigkeit genug stark ist, kann die Massenkarte benutzt werden, um Datenbanken zu suchen 12–15, um das Protein ohne die Notwendigkeit an den weiteren Analysen erfolgreich zu kennzeichnen. Wenn jedoch führt das Datenbanksuchen zu vieldeutige Resultate, dann werden die weiteren MSANALYSEN, den Gebrauch von Tandemmassenspektrometrie (MS/MS) mit einbeziehend, sequentiell auf jedem Peptid in der Mischung aufgenommen, um eine Reihenfolge festzulegen oder der teilweisen Reihenfolge, bekannt als eine Reihenfolge Marke, für diese Peptide. Dieses wird häufig durch den Gebrauch ESI-MS/MS19 erzielt und normalerweise muß ein zusätzlicher Reinigungjobstep durchgeführt werden, um die Peptide von den Salzen und von den Reinigungsmitteln zu trennen, die Geschenk sein können, die Verminderung des Peptidsignals verursachen.

Die weitere Datenbank, die mit der molekularen Masse des Peptids und den Reihenfolge Marke Informationen sucht, sollte zu eindeutiges Proteinkennzeichen führen.

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Copyright-Molekulare Station 2006