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Wissenschaft ist die Topographie der Unwissenheit. ~Oliver Wendell Holmes, Sr, Medizinische Versuche, 1883
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Krebs-verbundene genomic Regionen (CAGRs) und noncoding RNAs: bioinformatics und therapeutische Implikationen.
Mamm Genom. Jul 2008 18;
Autoren: Rossi S, Sevignani C, Nnadi Sc, Siracusa Ld, Calin GA
MicroRNAs (miRNAs) sind kleines noncoding RNAs (ncRNAs, RNAs, die nicht für Proteine codieren), die den Ausdruck der Zielgene auf der posttranscriptional oder posttranslational Stufe regeln. Viele miRNAs haben Reihenfolgen zwischen den entfernt in Verbindung stehenden organismen konserviert und vorgeschlagen, daß diese Moleküle an wesentlichem Entwicklungs teilnehmen und physiologische Prozesse miRNAs als Tumorentstör- Gene oder oncogenes in den menschlichen Krebsen dienen können. Veränderungen, Auslassungen oder Verstärkungen sind in den menschlichen Krebsen gefunden worden und gezeigt worden, um Ausdruck Stufen der fälligen und/oder Vorläufer miRNA Abschriften zu ändern. Außerdem ultraconserved ein großer Bruch von genomic Regionen (UCRs) verschlüsseln ein bestimmtes Set ncRNAs deren Ausdruck in den menschlichen Krebsen geändert wird. sitzen miRNAs und UCRs häufig an den zerbrechlichen Sites und genomic an den Regionen, die in den verschiedenen Krebsen beeinflußt werden, benannt Krebs-verbundene genomic Regionen (CAGRs). Bioinformatics Studien tauchen als wichtige Hilfsmittel auf, um Verbindungen zu kennzeichnen und/oder hat Wechselbeziehungen zwischen miRNAs/ncRNAs und CAGRs. ncRNA dem Ein Profil erstellen das Kennzeichen der spezifischen Unterzeichnungen erlaubt, die mit Diagnose, Prognose und Antwort zur Behandlung der menschlichen Tumoren verbunden sind. Einige Abweichungen konnten zur Änderung der miRNA Ausdruck Profile in jeder Art Tumor und in jeder Art Gewebe beitragen. Diese Zusammenfassung wird auf die miRNAs und die ncRNAs gerichtet, wie die Gene, die Krebsgefahr beeinflussen, und wir einen aktualisierten Katalog der miRNAs und des UCRs lieferten, die an den zerbrechlichen Sites oder an den Krebsanfälligkeitorten gelegen sind. Diese Typen von Studien sind der erste Jobstep in Richtung zu den Entdeckungen, die zu Romanannäherungen für Krebstherapien führen.
PMID: 18636290 [ PubMed - wie vom Verleger angegeben ]
Ausdruck von TMEM87B, das auf den menschlichen papillomavirus Typen 18 oncogene E6 in der Hela-DNA Bibliothek durch ein Hefe Zweimischling System einwirkt.
Oncol Repräsentant. 2008 Aug;20(2):421-7
Autoren: Li S, Liu P, XI L, Jiang X, Wu M, Deng D, Wei J, Zhu T, Zhou L, Wang S, Xu G, Meng L, Zhou J, MA D
Das risikoreiche menschliche papillomavirus oncoprotein 18 E6 (HPV18 E6) bezieht auf Cervixkrebs. Diese Studie wurde, um das Transmembraneprotein 87B (TMEM87B) als verbindliches Protein des Romans zu kennzeichnen geleitet, das auf das HPV18 E6 oncoprotein und eine Ausgangsbioinformatics Analyse durchzuführen einwirkt. Die Hefebelastung AH109 wurde mit pGBKT7-HPV18 E6 umgewandelt und die fügende Probe der Hefe wurde verwendet, um die Interaktion zwischen TMEM87B und HPV18 E6 zu kennzeichnen in der menschlichen Hela-DNA Bibliothek. TMEM87B mRNA wurde in den Helazellen entdeckt, indem man RT-PCR verwendete. Die TMEM87B Genstruktur, die genomic Lokalisation, die Systemtest- und Chemikalieeigenschaften, die subzellulare Lokalisation und das Funktionsgebiet wurden, sowie die systematische Entwicklung Analyse auf ähnlichen Proteinen unter einigen Sorten vorausgesagt. In der Hefe Zweimischling Probe HPV18 E6 wurde mRNA ausgedrückt und es gab keine Selbst-Aktivierung und Giftigkeit in der Belastung AH109. Der spezielle TMEM87B mRNA Ausdruck wurde in den Helazellen entdeckt und das Blau klont wurde validiert durch die fügende Probe der Hefe. Eine leistungsfähige bioinformatics Analyse kennzeichnete grundlegend, daß TMEM87B ein Sekretärinnenprotein ist und viele Phosphorylierungsites und Funktionsmotive und vielleicht mit einbezogen in Signal transduction und in transcriptional Steuerung in der Karzinogenese enthält. Es wurde angezeigt, daß das Hefe Zweimischling System für zusammenwirkende Proteine der Siebung leistungsfähig ist. Das Romangen TMEM87B kann auf HPV18 E6 einwirken und kann ein mögliches oncogenesis Ziel entsprechend der bioinformatics Analyse sein.
PMID: 18636207 [ PubMed - im Prozeß ]
Genausdruck Ein Profil erstellen von submucous mündlichfibrosis mit dem Oligonucleotide microarray.
Oncol Repräsentant. 2008 Aug;20(2):287-94
Autoren: Hu Y, Jian X, Peng J, Jiang X, Li N, Zhou S
Obgleich submucous mündlichfibrosis (OSF) die geläufigste prekanzeröse Verletzung der Mundhöhle in Südostasien ist, in dem die Gewohnheit von Betel quid (BQ) kauend populär ist, sind seine molekularen biologischen Eigenschaften groß unbekannt. Das Ziel dieser Studie war, die Gene zu kennzeichnen, die für seine Pathogenese und bösartige Transformation mit dem microarray Oligonucleotide verantwortlich sind. Die Ausdruck Profile von 14.500 Genen in der menschlichen submucous mündlichfibrosis und in der normalen Steuerung wurden mit Affymetrix U133A 2.0 GeneChip Reihen analysiert. Die Resultate deckten auf, daß 716 Gene upregulated waren und 149 Gene downregulated in OSF waren. Das hierarchische Bündeln deckte auf, daß die Genausdruck Profile von Normal und von OSF offenbar durch diese unterschiedlichen Ausdruck Gene eindeutig waren. Gen Ontology (GEHEN Sie) und relevante bioinformatics Hilfsmittel kennzeichneten eine Liste der bedeutenden differential ausgedrückten Gene, die in die immune Antwort mit einbezogen wurden, in entzündliche Antwort und Epithel-mesenchymal in den Übergang (EMT) verursacht durch TGFbetasignalisierende Bahn. Fünf EMT-in Verbindung stehende Gene einschließlich SFRP4, THBS1, MMP2, ZO-1 und CK18 wurden mit RT-PCR validiert. Unsere Daten schlugen vor, daß Genabweichungen in der immunen Antwort, in der entzündlichen Antwort und in EMT, die durch TGFbetamacht verursacht wird, eine wichtige Rolle in der Pathogenese und in der bösartigen Transformation von OSF spielen.
PMID: 18636188 [ PubMed - im Prozeß ]
Eine vergleichbare Studie des Überlebens formt für die Brustkrebsprognose, die auf microarray Daten basiert: schlägt ein einzelnes Gen sie alle?
Bioinformatics. Jul 2008 17;
Autoren: Haibe-Kains B, Desmedt C, Sotiriou C, Bontempi G
BEWEGGRUND: Überleben Vorhersage der Patienten des Brustkrebses (BC) unabhängig der Behandlung, der alias Prognose, ist eine komplizierte Aufgabe, da klinisch ähnliche Brusttumoren, zusätzlich zu molekular heterogen sind, kann unterschiedliche klinische Resultate ausstellen. In den letzten Jahren tauchte die Analyse der Genausdruck Profile mittels der gewinnenhilfsmittel der hoch entwickelten Daten als vielversprechende Technologie, um zusätzliche Einblicke in der Biologie BC zu holen auf und die Qualität der Prognose zu verbessern. Das Ziel dieser Arbeit ist, die Genauigkeit der Vorhersage quantitativ festzusetzen erhalten mit state-of-the-art Datenanalysetechniken für BC microarray Daten durch einen unabhängigen und vollständigen Rahmen. RESULTATE: Wegen the.large.number.of Variablen, der verringerten Menge der Proben und des hohen Grads von Geräuschen, werden komplizierte Vorhersagemethoden in hohem Grade Leistung Verminderung trotz des Gebrauches von Croß-validationtechniken ausgesetzt. Unsere Analyse zeigt, daß die kompliziertsten Methoden nicht erheblich besser als das einfachste sind, ein univariate Modell, das auf einem einzelnen starke Verbreitung Gen beruht. Dieses Resultat schlägt vor, daß starke Verbreitung der relevanteste biologische Prozeß für Prognose BC sein konnte und daß der Verlust von interpretability berechnend vom Gebrauch von overcomplex Methoden durch eine Verbesserung der Qualität der Vorhersage nicht genug ausgeglichen werden kann. VERWENDBARKEIT: Die Vergleich Studie wird in einem R Paket eingeführt, das survcomp genannt wird und ist von http://www.ulb.ac.be/di/map/bhaibeka/software/survcomp/. KONTAKT vorhanden: bhaibeka@ulb.ac.be ERGÄNZUNGSINFORMATIONEN: Ergänzungsdaten sind bei Bioinformatics online vorhanden.
PMID: 18635567 [ PubMed - wie vom Verleger angegeben ]
Betrachten von von Abhängigkeit unter Genen und Markierungen zur falschen Entdeckungsteuerung beim eQTL Diagramm.
Bioinformatics. Jul 2008 17;
Autoren: Chen L, Zange T, Zhao H
BEWEGGRUND: Mehrfache Vergleich Justage ist eine bedeutende und schwierige statistische Ausgabe in den großräumigen biologischen Studien. In den vorhergehenden Studien wird Abhängigkeit unter Genen groß ignoriert. Jedoch kann solche Abhängigkeit für einiges stark sein genomic-einstufen Studien wie genetisches genomics (Ausdruck auch genannt die quantitativen Merkmal-Orte (eQTL) abbildend) in dem Tausenden Gene als quantitative Merkmale behandelt werden und zu den unterschiedlichen genetischen Markierungen abgebildet. Außer der Abhängigkeit unter Markierungen, kann die Abhängigkeit unter den Ausdruck Stufen der Gene eine bedeutende Auswirkung auf Datenanalyse und Deutung auch haben. RESULTATE: In diesem Papier schlagen wir vor, beide zu halten für das Mittel, sowie die Abweichung der falschen Entdeckungzahl, damit mehrfache Vergleich Justage Abhängigkeit unter Hypothesen handhat. Dieses wird erzielt, indem man einen Abweichung Abschätzer für falsche Entdeckungzahl entwickelt, und das obere Limit des falschen Entdeckunganteils (uFDP) verwendet zur falschen Entdeckungsteuerung. Wichtiger, stellen wir eine belastete Version uFDP (wuFDP) der Steuerung vor, um die statistische Energie des eQTL Kennzeichens zu verbessern. Zusätzlich kann die wuFDP Annäherung Steuerfalsche Positive als falsche Annäherungen der Entdeckung Kinetik verbessern (FDR) und des uFDP, wenn Markierungen in der Gestängelabilität sind. Die relative Leistung der uFDP Steuerung und der wuFDP Steuerung wird durch Simulation Studien und reale Datenanalyse veranschaulicht. Kontakte: liang.chen@usc.edu, hongyu.zhao@yale.edu ERGÄNZUNGSINFORMATIONEN: Ergänzungsabbildungen, Tabellen und Anhänge sind bei Bioinformatics online vorhanden.
PMID: 18635565 [ PubMed - wie vom Verleger angegeben ]
Atp-bindene Kassette Transportvorrichtungen in Escherichia Coli.
Biochim Biophys Acta. Jun 2008 18;
Autoren: Moussatova A, Kandt C, O'Mara Ml, Tieleman DP
Atp-bindene Kassette (ABC) Transportvorrichtungen sind integrale Membrane Proteine, die aktiv Moleküle durch Zelle Membranen transportieren. In Escherichia Coli bestehen sie hauptsächlich aus Importsystemen, die zusätzlich zur ABC Transportvorrichtung selbst ein verbindliches Protein des Substrates und äußere Membrane Empfänger oder porins miteinbeziehen, und einer Anzahl von Transportvorrichtungen mit mannigfaltigen Funktionen. Neue Kristallstrukturen einer Anzahl von Atpasegebieten, verbindlichen Proteinen des Substrates und in voller Länge Transportvorrichtungen haben neuen Einblick in der molekularen Grundlage des Transportes gegeben. Bioinformatics Annäherungen erlauben ein ungefähres Kennzeichen aller ABC Transportvorrichtungen in E. Coli und ihre Relation zu anderen bekannten Transportvorrichtungen. Die Berechnungsannäherungen, welche die Formung und Simulation mit einbeziehen, fangen an, Einblick in die Dynamik der Transportvorrichtungen zu erbringen. Wir fassen die Funktion der bekannten ABC Transportvorrichtungen in E. Coli und mechanistische Einblicke von den strukturellen und Berechnungsstudien zusammen.
PMID: 18634750 [ PubMed - wie vom Verleger angegeben ]
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