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Mehrfache Reihenfolgen-Ausrichtung Bioinformatic Hilfsmittel.
| BioinformatikToolkit - http://protevo.eb.tuebingen.mpg.de/toolkit/index.php?view=search Dieser Toolkit ist eine Ansammlung einer großen Auswahl der Hilfsmittel und der Links für Reihenfolgenanalyse, Funktion und Strukturvorhersage. Dieses Hilfsmittel bietet convienent Web-Schnittstellen für viele frei vorhandenen Hilfsmittel an. - [Gelesen mehr BioinformatikToolkit] |
| CE-MC - http://cemc.sdsc.edu Ein mehrfacher Proteinstruktur-Ausrichtungsserver, der eine all-zu-alle paarweise Ausrichtung unter Verwendung eines kombinatorischen Extensionsprogramms und dann unter Verwendung der Carlo-Optimierungsmethoden erstellt, leitet eine wiederholende globale Optimierung. Resultate werden unter Verwendung JO formatiert - [gelesen mehr CE-MC] |
| CHAOS/DIALIGN WWW Server - http://dialign.gobics.de/chaos-dialign-submission Der CHAOS/DIALIGN WWW Server ist eine mehrfache Reihenfolgenausrichtungssite, die Inputreihenfolgen durch CHAOS führt, um eine Liste der lokalen similarites zu erstellen. Diese Ähnlichkeiten dienen als Startpunkte und lassen DIALIGN globale Ausrichtungen schneller leiten. ABC kann - [gelesen mehr CHAOS/DIALIGN WWW Server] |
| ClustalW - http://www.ebi.ac.uk/clustalw/ Mehrfache Reihenfolgenstandardausrichtung. - [Gelesen mehr ClustalW] |
| ClustalX - http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/ Clustal X ist eine Version des Clustal W mehrfachen Reihenfolgen-Ausrichtungsprogramms mit einer grafischen Schnittstelle. Die Bildschirmanzeigefarben erlauben, dass konservierte Merkmale für einfache Betrachtung in der Ausrichtung markiert werden. Sie ist für einige Plattformen, einschließlich Wi vorhanden - [gelesen mehr ClustalX] |
| DIALIGN - http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/dialign/ Mehrfaches Ausrichtungsprogramm, das eine globale Reihenfolgenausrichtung von den Abstand-freien Ausrichtungen des Einheimischen paarweise zusammenbaut. Diese Methode könnte besonders nützlich sein, als, große Reihenfolgen vergleichend, die nur lokale Ähnlichkeiten haben. - [Gelesen mehr DIALIGN] |
| eBioinformatics - http://www.ebioinformatics.org/ Diese Site stellt einige BioinformatikSoftware-Tools zur Verfügung, die zusammen für einfache Installation auf MacOSX Computern verpackt werden. Die Software umfaßt NCBI Hilfsmittel, PRÄGT, ClustalW, Staden, T-Kaffee und Primer3. - [Gelesen mehr eBioinformatics] |
| PRÄGEN Sie - http://cbrmain.cbr.nrc.ca/EMBOSS/ Verschiedene Suite der Hilfsmittel für Reihenfolgenanalyse; viele Programme analog GCG; kontextsensitive Hilfe für jedes Hilfsmittel. - [Gelesen mehr PRÄGEN Sie] |
| eShadow - http://eshadow.dcode.org/ Ein Hilfsmittel für das phylogenetische Beschatten der mehrfachen Reihenfolgen von den eng verwandten Sorten. Dieses Analysen der mehrfachen Reihenfolgenausrichtungen kann verwendet werden, um mutmaßliche Funktionselemente vorauszusagen. - [Gelesen mehr eShadow] |
| IBM-Bioinformatik-und Muster-Entdeckung-Gruppe - http://cbcsrv.watson.ibm.com/Tspd.html Umfangreicher Server, der eine große Auswahl der Hilfsmittel für Musterentdeckung in den DNA-und Proteinreihenfolgen sowie in Text besitzt. Hilfsmittel für mehrfache Reihenfolgenausrichtung, Genentdeckung, Proteinanmerkung und andere Anwendungen existieren auch von diesem Server. Ein Detail - [gelesen mehr IBM-Bioinformatik-und Muster-Entdeckung-Gruppe] |
| LAGAN - http://lagan.stanford.edu/lagan_web/index.shtml Der LAGAN Ausrichtung Toolkit besteht aus Bestandteilen: CHAOS (ein paarweise lokaler Ausrichtungstransport optimiert für Nichtkodierung und andere schlecht konservierte Regionen des Genoms.), LAGAN (ein in hohem Grade parametrierbares paarweise globales Ausrichtungsprogramm), Multi-LAGAN und Schlurfen - [gelesen mehr LAGAN] |
| Malvenfarben - http://gel.ahabs.wisc.edu/mauve/documentation.php Malvenfarbe ist ein unabhängiges Software-Tool für das Konstruieren der mehrfachen Genomausrichtungen. - [Gelesene Malvenfarbenere] |
| Mulan - http://mulan.dcode.org/ Mulan ist ein mehrfaches Reihenfolgenausrichtungshilfsmittel. Es setzt neue Algorithmen wie TBA und multiTF ein, um Ausrichtungen beziehungsweise durchzuführen und Sites des Übertragungfaktors zu entdecken verbindliche. Resultate können wie Punkt-grafisch darstellt von den einzelnen Reihenfolgenausrichtungen angesehen werden oder - [gelesen mehr Mulan] |
| MyHits - http://myhits.isb-sib.ch Der MyHits Server integriert einige Hilfsmittel mit einem Fokus auf Proteinanmerkung und der Analyse der Proteingebiete. Gastbenutzer haben Zugriff zu den Hilfsmitteln wie ClustalW und T-Kaffee und Datenbanken wie Schweizer-Prot, Prosite und Interpro. Registrierung erlaubt uns - [gelesen mehr MyHits] |
| BRÜCKE - http://www.charite.de/bioinf/strap/ Das strukturelle Ausrichtungs-Programm für Proteine (BRÜCKE) ist ein Java-gegründetes Programm, das über das Web unter Verwendung einer aktivierten Datenbanksuchroutine des Java-Webs laufen gelassen werden Anfang oder und Durchlauf als unabhängige Anwendung downloadet werden kann. Ausrichtungen können unter Verwendung ein einiger Methoden, Inc. erfolgt werden - [gelesen worden mehr BRÜCKE] |
| T-COFFEE - http://www.ch.embnet.org/software/TCoffee.html Mehrfaches Reihenfolgenausrichtungshilfsmittel für Proteinreihenfolgen; genauer als ClustalW für Reihenfolgen mit der weniger als 30% Identität; in der Ausgabe sind konservierte Blöcke farbunterlegt, Qualität der Ausrichtung anzuzeigen. - [Gelesen mehr T-COFFEE] |
| zPicture und multi-zPicture - http://zpicture.dcode.org/ zPicture (paarweise Ausrichtung) und multi-zPicture (mehrfache Ausrichtung) sind die web-basiert Reihenfolgenausrichtungshilfsmittel, die auf dem blastz Ausrichtungsprogramm basieren. Ausrichtungen vom zPicture können beim rVista automatisch eingegeben werden. - [Mehr zPicture und multi-zPicture gelesen worden] |
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