Protein-3-D Struktur-Vorhersage-Vergleich

Proteinfaltenanerkennung unter Verwendung der Profile der Reihenfolge 1d und 3d verbunden mit Sekundärstruktur und Solvatisierungpotentialinformationen. - [Gelesen mehr 3D-pssm]

BioInfo3D ist eine Ansammlung Hilfsmittel für die strukturelle Analyse der Proteine, einschließlich Hilfsmittel für strukturelle Ausrichtungen und Vorhersage der Proteininteraktionen. - [Gelesen mehr BioInfo3D]

BSDD (Biomolekül-Segmentanzeige-Einheit) sucht nach und zeigt benutzerbestimmte Reihenfolgenmotive in bekannten Proteinstrukturen an. Dieses Web gegründete Hilfsmittel enthält das Grafikpaket von RASMOL für Sichtbarmachung. - [Gelesen mehr BSDD]

CaspR ist ein Web-Hilfsmittel für das Aufbauen der strukturellen Modelle für Proteinreihenfolgen unter Verwendung der molekularen Wiedereinbau- und Homologieformung. Die Software führt eine automatisierte Annäherung, die T-COFFEE verwendet, um Ausrichtungen, MODELLBAUER zu produzieren, um Homologiemodelle zu produzieren und ein - [gelesen mehr CaspR]

Datenbank der automatisierten Proteinstrukturklassifikation entsprechend Kategorie (c), Architektur (a), Topologie (T) und übereinstimmendem Superfamily (H). - [Gelesen mehr Kathedrale]

Ein mehrfacher Proteinstruktur-Ausrichtungsserver, der eine all-zu-alle paarweise Ausrichtung unter Verwendung eines kombinatorischen Extensionsprogramms und dann unter Verwendung der Carlo-Optimierungsmethoden erstellt, leitet eine wiederholende globale Optimierung. Resultate werden unter Verwendung JO formatiert - [gelesen mehr CE-MC]

ClusPro ist ein Hilfsmittel für des Ankerns von zwei Proteinstrukturen automatisch berechnen, die vom Benutzer geliefert werden (oder als VEHIDs). Das Resultatsset ist eine geordnete Liste der mutmaßlichen Komplexe, bestellt, indem es Eigenschaften bündelt. - [Gelesen mehr ClusPro]

COLORADO-3D erlaubt Ihnen, Ihre Proteinstrukturen zu färben, um das Vorhandensein der möglichen Fehler in der Proteinstruktur (entdeckt durch ANOLEA, PROSAII, PRÜFEN oder VERIFY3D), in begrabenen Rückständen und in der Reihenfolgenerhaltung anzuzeigen. Der Server bringt eine VEH-formatierte Datei zurück - [gelesen mehr COLORADO-3D]

Berechnet strukturelle Ausrichtungen zwischen zwei Proteinketten; oder zwischen der Einketten- und gesamten Protein-Datenbank. - [Gelesene kombinatorischere Extension des optimalen Pfades]

Der Übereinstimmungsserver richtet eine Reihenfolge mit einer strukturellen Schablone unter Verwendung einer Übereinstimmung von 5 verschiedenen Ausrichtungsmethoden aus. Ein Maß Zuverlässigkeit wird für jede Ausrichtungsposition produziert, um die Eignung der Regionen für die vergleichbare Formung vorauszusagen. - [Gelesen mehr Übereinstimmungs-Server]

ConSeq ist ein Hilfsmittel für funktionell und strukturell voraussagen wichtige Aminosäurerückstände in den Proteinreihenfolgen. Die Vorhersagen basieren auf den Annahmen, dass Rückstände von Funktionsbedeutung häufig konserviert und Lösungsmittel-zugänglich sind, und denen von - [gelesen mehr ConSeq]

Der ConSurf Server lässt ein Niveaus des bekannten Proteins der Aminosäureerhaltung abbilden strukturiert zwecks Studienbereiche von möglicher Funktionsbedeutung auf der Oberfläche des Proteins. Eine VEH-Datei wird als Input benötigt, und eine mehrfache Reihenfolge alignmen - [gelesen mehr ConSurf]

ElNemo (das elastische Netz-Modell) ist ein Hilfsmittel für die Vorhersage der möglichen Bewegungen (IE. angleichbare Änderungen und andere Strukturveränderungen) der Makromoleküle. Dieses Hilfsmittel erlaubt Benutzern, normale Niederfrequenzmodi eines prot zu berechnen, sichtbar zu machen und zu analysieren - [gelesen mehr ElNemo]

FATCAT liefert die Mittel, zwei VEH-Format Proteinstrukturen zu vergleichen, oder nach den Strukturen zu suchen, die einer gegebenen VEH-Struktur ähnlich sind. Der Benutzer kann eine VEH-Identifikation liefern oder eine Strukturdatei hochladen. Das FATCAT web server setzt die flexible Struktur Ausrichtung ein - [gelesen mehr FATCAT]

FoldMiner richtet eine user-supplied oder identifizierente Abfragestruktur mit einer Datenbank der einzelnen Gebietsziele aus, um strukturelle Nachbarn und charakteristische Motive zu entdecken. Abfragestrukturen können mit einen oder mehreren benutzerspezifischen Strukturen unter Verwendung des LOC auch ausgerichtet werden - [gelesen worden mehr FoldMiner und VERSCHLUSS 2]

iMOT (zusammenwirkendes Motiv) Server ist konzipiert, um nach räumlich zusammenwirkenden Motiven unter den Proteinen zu suchen, die ähnliche 3 Maßstrukturen teilen. - [Gelesen mehr iMOT]

Programm für das Anzeigen der strukturellen Informationen 3D in einer mehrfachen Reihenfolgenausrichtung. - [Gelesen mehr FREUDE]

Homologie oder vergleichbare Formung der Strukturen des Proteins 3D. - [Gelesen mehr Modellbauer]

Ausgezeichnetes Blindeinschub Schweizer-PdbViewer/tief Ansichttutorium; must-do vor dem Versuch, Schweizer-PdbViewer zu verwenden. - [Gelesene molekularere Formung für Anfänger]

Server, der Benutzern erlaubt, VEH-Dateien in PQR zu konvertieren, archiviert, indem er fehlende Atome hinzufügt und den Wasserstoff optimiert, der Atomladung- und Radiusparameter verpfändet und zuweist. Die resultierende PQR Datei kann für elektrostatische Berechnungen benutzt werden, die Einblick geben können - [gelesen mehr PDB2PQR Server]

PDBSiteScan nimmt eine VEH-Datei als Input und sucht nach stuctural Abgleichungen mit dem PDBSite Set der bekannten Funktionssites. - [Gelesen mehr PDBSiteScan]

PepBuild ist ein Hilfsmittel, das den Aufbau, von bekannter Reihenfolge und von den Sekundär-/tertiären Strukturen, der mit einer Kappe bedeckten oder die Mütze abgenommenen Proteine erleichtert. Die festgelegte Ausgabe ist im VEH-Format. - [Gelesen mehr PepBuild]

Ausdauer des Anblicks Raytracer; Gebrauch in Verbindung mit Schweizer-PdbViewer, Grafiken für Darstellung und Publikation herzustellen. - [Gelesen mehr POV-Strahl]

ProteinDBS nimmt eine VEH-Identifikation oder eine Struktur als Input und sucht nach tertiären Strukturen des ähnlichen Proteins unter Verwendung der Computersichtbarmachungtechniken. Der Superposition der Strukturen und des ausgerichteten Bestandteils der Reihenfolge kann über dem Web dann angesehen werden. - [Gelesen worden mehr ProteinDBS]

ProteMiner-SSM sucht den VEH nach Proteinen mit den ähnlichen tertiären Fundamenten bis eins spezifiziert vom Benutzer. Ein Entstörungsprozeß wird verwendet, um die Analyse erheblich zu beschleunigen. - [Gelesen mehr ProteMiner-SSM]

pvSOAR nimmt eine VEH-Identifikation oder eine Strukturdatei als Input und sucht nach anderen Proteinen mit Oberflächenregionen, die der Abfragestruktur ähnlich sind. - [Gelesen mehr pvSOAR]

Der Robetta Server liefert Proteinstrukturvorhersagehilfsmittel- und -schnittstellenalaninscannen. Die Strukturvorhersage wird entweder durch den formenden oder die Fragmenteinfügungmethode Komparativ denovo Rosetta vollendet. Schnittstellenalaninscannen ist emplo - [gelesen mehr Robetta]

SA-Suchen Sie ist ein Hilfsmittel, das zuerst eine VEH-Strukturdatei in eine eindimensionale Darstellung unter Verwendung eines strukturellen Alphabetes konvertiert, und sucht dann nach Ähnlichkeiten unter Verwendung der Standardmethoden für Reihenfolgenausrichtung. - [Gelesen mehr SA-Suchen Sie]

SCit ist ein Set Hilfsmittel, welche die Analyse und das Bearbeiten der Seitenketteanpassungen des Proteins erleichtern. Unter Verwendung einer VEH-Datei als Input, erlauben die Hilfsmittel dem Benutzer, solche Aufgaben wie Listen und/oder die Abänderung der Werte der Diederwinkel durchzuführen und drucken structurall aus - [gelesen mehr SCit]

Strukturelle Klassifikation der Proteine - Datenbank erstellt durch eine Kombination der manuellen Kontrolle und der automatisierten Methoden. - [Gelesen mehr SCOP]