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| GIPFEL - http://acmes.rnet.missouri.edu/ GIPFEL (hoch entwickelte zufriedene abgleichende Maschine für Reihenfolgen) ist ein Server, der benutzt werden kann, um Wiederholungen (zwischen 3 und 10 000 Unterseiten) über mehrfacher Sorte kurz zu suchen. Benutzer können Resultate einer Recherche durch Schlüsselwortrecherchen begrenzen. - [Gelesen mehr GIPFELN] |
| AlignACE - http://arep.med.harvard.edu/mrnadata/mrnasoft.html Richtet Nukleinsäure-konservierte Elemente aus; verwendet Strukturerkennung, um Elemente zu finden konserviert in einem Set DNA-Reihenfolgen; geben Sie für nicht gewerblichen Gebrauch mit Lizenzvereinbarung frei. - [Gelesen mehr AlignACE] |
| BEARR - http://giscompute.gis.a-star.edu.sg/~vega/BEARR1.0/ Verarbeiten Sie Extraktion stapelweise und Analyse der diesseits-Regelnden Regionen (BEARR) nimmt eine Liste der Genkennungen (wie RefSeq und Unigene IDs), der Übereinstimmungsmuster und (beliebig) der Positionsgewichtmatrix als Input und Rückkehr eine Liste der Abgleichungen für die Muster im Bot - [gelesen mehr BEARR] |
| BioMart - http://www.ebi.ac.uk/biomart/ BioMart ist ein interaktives Datenintegrationssystem, das großräumige Datenabfragen erleichtert. Es kann in-house installiert werden und verwendet werden, oder mit einer der vorhandenen Datenquellen, zu denen ist, ist bereits angewendet worden (IE. UniProt, Ensembl). - [Gelesen mehr BioMart] |
| BioProspector - http://robotics.stanford.edu/~xsliu/BioProspector/ Server, der stromaufwärts von Genen im gleichen Genausdruckblock auf regelnde Reihenfolgenmotive unter Verwendung einer Gibbs Probenahmestrategie scannt. Das Markov Hintergrundmodell wird für Nichtmotiv Unterseiten benutzt und verbessert Besonderheit der vorausgesagten Motivstandorte. - [Gelesen mehr BioProspector] |
| Codon-Verbrauch-Datenbank - http://www.kazusa.or.jp/codon/ Entdeckung GASCHROMATOGRAPHIE-Inhalt und Frequenz des Codonverbrauches für irgendeinen Organismus, der eine Reihenfolge in GenBank hat. - [Gelesen mehr Codon-Verbrauch-Datenbank] |
| CompareProspector - http://compareprospector.stanford.edu/ Server, der versucht, alle mögliche Motive zu identifizierenen, stand auf den Genen in Verbindung, die zu den regelnden Elementen des Anteiles vorausgesagt wurden. Er ändert Gibbs Probenahme durch das Beeinflussen von Recherchen in Richtung zu konservierten Reihenfolgen über mehrfachen Sorten. - [Gelesen mehr CompareProspector] |
| Consite - http://www.phylofoot.org/consite/ Entdecken Sie verbindliche Sites des Übertragungfaktors in den genomic Reihenfolgen unter Verwendung des phylogenetischen Footprinting und der experimentell-bestätigten verbindlichen Profile. - [Gelesen mehr Consite] |
| CREME - http://creme.dcode.org/ CREME (Diesseits-Regelnder Modul-Forscher für das menschliche Genom) ist ein Hilfsmittel für die Bestimmung und die Sichtbarmachung der diesseits-regelnden Module für ein gegebenes Set Gene, die möglicherweise Co-ausgedrückt oder Co-geregelt werden. Sie nimmt als Input eine Liste der Akzessionsnummern und Re - [gelesen mehr CREME] |
| Abdruckdatenbank der Taufliege-DNAse I - http://www.flyreg.org/ Datenbank der verbindlichen Sites des Übertragungfaktors hergestellt vom systematischen Literatur curation und von der Genomanmerkung der Abdrücke der DNAse I für Taufliege. - [Gelesen mehr Abdruckdatenbank der Taufliege-DNAse I] |
| eBioinformatics - http://www.ebioinformatics.org/ Diese Site stellt einige BioinformatikSoftware-Tools zur Verfügung, die zusammen für einfache Installation auf MacOSX Computern verpackt werden. Die Software umfaßt NCBI Hilfsmittel, PRÄGT, ClustalW, Staden, T-Kaffee und Primer3. - [Gelesen mehr eBioinformatics] |
| PRÄGEN Sie - http://cbrmain.cbr.nrc.ca/EMBOSS/ Verschiedene Suite der Hilfsmittel für Reihenfolgenanalyse; viele Programme analog GCG; kontextsensitive Hilfe für jedes Hilfsmittel. - [Gelesen mehr PRÄGEN Sie] |
| Eponine - http://www.sanger.ac.uk/Users/td2/eponine/ Eponine ist eine Wahrscheinlichkeitsmethode für das Entdecken der Übertragunganfangssites (TSS) in der Säugetier- genomic Reihenfolge, mit guter Besonderheit und ausgezeichneter Positionsgenauigkeit. - [Gelesen mehr Eponine] |
| VENTILATOR - http://bioinf.man.ac.uk/cgi-bin/neil/ntfront.pl Recherche-Nukleotidreihenfolgen des VENTILATORS (Fingerabdruck-Analyse der Nukleotidreihenfolgen) gegen die DRUCK-Datenbank, eine Ansammlung Proteinfingerabdrücke benutzt, um uncharacterised Reihenfolgen bekannten Familien zuzuweisen und vorläufige Funktionen folglich zu schließen. - [Gelesen mehr VENTILATOR] |
| FirstEF - http://rulai.cshl.org/tools/FirstEF/ Erster Exon-Sucher (FirstEF) ist ' Terminalvorhersageprogramm des exon 5 und des Förderers. Er besteht aus den verschiedenen diskriminierenden Funktionen, die als Entscheidungsbaum strukturiert werden. - [Gelesen mehr FirstEF] |
| GCUA: Grafischer Codon-Verbrauch-Analysator - http://gcua.schoedl.de Grafische Darstellung der Codonvorspannung - [gelesen mehr GCUA: Grafischer Codon-Verbrauch-Analysator] |
| Gibbs Motiv-Probeflasche - http://bayesweb.wadsworth.org/gibbs/gibbs.html Dieses Hilfsmittel erlaubt Ihnen, Motive oder konservierte Regionen im Protein oder IN DEN DNA-Reihenfolgen zu identifizierenen. - [Gelesen mehr Gibbs Motiv-Probeflasche] |
| Erntemaschine - http://harvester.embl.de/ Erntemaschine stellt Schnellzugriffs zu den allgemeinen bioinformatic Datenbanken und zu den Servers für menschliche Proteine zur Verfügung. Resultate werden als einzelnes HTML page zurückgebracht, das die cachierte und querverbundene Ausgabe von den folgenden Datenbanken/von den Servers enthält: Uniprot/SWISSprot, ensEMBL, - [gelesen mehr Erntemaschine] |
| IBM-Bioinformatik-und Muster-Entdeckung-Gruppe - http://cbcsrv.watson.ibm.com/Tspd.html Umfangreicher Server, der eine große Auswahl der Hilfsmittel für Musterentdeckung in den DNA-und Proteinreihenfolgen sowie in Text besitzt. Hilfsmittel für mehrfache Reihenfolgenausrichtung, Genentdeckung, Proteinanmerkung und andere Anwendungen existieren auch von diesem Server. Ein Detail - [gelesen mehr IBM-Bioinformatik-und Muster-Entdeckung-Gruppe] |
| IslandPath - http://www.pathogenomics.sfu.ca/islandpath/ IslandPath unterstützt genomic Inselabfragung in den prokaryotic Genom seqeunces, unter Verwendung der Merkmale wie Dinucleotidvorspannung, G+C, Standort der tRNA Gene, Anmerkungen der Mobilitätsgene, Inseln etc.-Genomic werden definiert hier als genomic Regionen des möglichen horizonta - [gelesen mehr IslandPath] |
| IsoFinder - http://bioinfo2.ugr.es/IsoF/isofinder.html IsoFinder ist ein Hilfsmittel für die Vorhersage von isochores für eine user-supplied Reihenfolge. - [Gelesen mehr IsoFinder] |
| JASPAR - http://jaspar.cgb.ki.se/cgi-bin/jaspar_db.pl JASPAR ist eine non-redundant, curated Ansammlung verbindliche Profile des Übertragungfaktors. Jedes Profil wird von erschienenen, experimentell definierten verbindlichen Sites des eukaryotic Übertragungfaktors festgelegt. - [Gelesen mehr JASPAR] |
| LowComplexity - http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/programs/low_complexity/ LowComplexity ist ein Hilfsmittel, das nach niedrigen Kompliziertheitsregionen der DNA-oder Proteinreihenfolgen sucht. Unter Verwendung LowComplexity können Sie lange Reihenfolgen (Chromosomen, Genome) oder ein Set ausgerichtete Reihenfolgen suchen. Dieses Hilfsmittel enthält auch Links zu anderen Algorithmen f - [gelesen mehr LowComplexity] |
| MartView - http://www.ensembl.org/Multi/martview Die Ensembl EnsMart Genom-Datenbanksuchroutine (MartView) ist ein Hilfsmittel für Datenwiederherstellungs- und Datenbergbau, der Daten von Ensembl integriert. Durch die Web-Schnittstelle erlaubt MartView Ihnen, eine Reihe Filter anzuwenden, um kundenspezifische Datensätze zu erstellen, die in s konvertiert werden können - [gelesen worden mehr MartView] |
| MaskerAid - http://blast.wustl.edu/maskeraid/ MaskerAid ist eine Verbesserung zu RepeatMasker, das eine ungefähr Zunahme mit 30 Falten der Geschwindigkeit von RepeatMasker beim Beibehalten von Empfindlichkeit bewirken kann. - [Gelesen mehr MaskerAid] |
| MatInspector - http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html#matinspector Recherche nach verbindlichen Sites des möglichen Übertragungfaktors in Ihren eigenen Reihenfolgen unter Verwendung der TRANSFAC Matrizen; geben Sie für nicht gewerblichen Gebrauch frei. - [Gelesen mehr MatInspector] |
| McPromoter - http://genes.mit.edu/McPromoter.html Die Gebrauchstatistiken des Markovkette-Förderer-Vorhersage-Servers (McPromoter), zum der eukaryotic DNA-Übertragunganfangssites vorauszusagen. - [Gelesen mehr McPromoter] |
| MDscan - http://robotics.stanford.edu/~xsliu/MDscan/ Server konzipierte, der Interaktion ProteinDNA an den niedrigen waagerecht ausgerichteten Paaren festzulegen Sites. Gebrauch Chip-kleidet die Daten, Wortaufzählung und Position-spezifische Gewichtmatrix, die ändert, um nach den Motiven zu suchen, die diese Interaktionssites darstellen. - [Gelesen mehr MDscan] |
| MEME - http://meme.sdsc.edu/meme/website/meme.html Analysiert ein Set DNA-oder Proteinreihenfolgen für Ähnlichkeiten unter ihnen und produziert eine Beschreibung (Motiv) für jedes Muster, das es entdeckt. - [Gelesen mehr MEME] |
| Meta--MEME - http://metameme.sdsc.edu/ Erstellt verstecktes Markov Modell des Motivs von der MEME Ausgabe und sucht Reihenfolgendatenbank nach Abgleichungen zu diesem Motiv. - [Gelesen mehr Meta--MEME] |
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