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Gen-Ausdruck Analyse - Bioinformatics

Genausdruck kann durch einige Methoden einschließlich Proteinausdruck und mRNA Ausdruck grob ausgedrückt festgestellt werden.

mRNA Ausdruck Analyse

mRNA Ausdruck Analyse oder Ausdruck der mRNA Stufen können durch mehrfache Techniken auf einer großräumigen Stufe geprüft werden, die diese einschließen:

An einem Klein oder Resultate zu bestätigen groß-stufen Sie ein kann die folgenden mRNA Ausdruck Techniken verwenden ein:

Jedoch kann bioinformatic Analyse verwendet werden. Bioinformatic Analyse erlaubt das Umgehen der biologischen Messen-Vorspannung und die Geräusche der spezifischen Techniken und benutzt statistische Hilfsmittel, um bedeutende Änderung im Genausdruck von den Geräuschen zu trennen in den großräumigen oder Hochdurchsatz Gen-Ausdruck Studien.

Solche Studien können eingesetzt werden, um die Gene festzustellen, die in einer Störung impliziert werden: ein konnte microarray Daten von den cancerous Epithelzellen mit Daten von den nicht-non-cancerous Zellen vergleichen, um die Abschriften festzustellen, die in einer bestimmten Bevölkerung der Krebszellen oben-geregelt und unten-geregelt werden.

Affymetrix GeneChip Technologie-Analyse

Affymetrix GeneChip Technologie wird häufig verwendet, um mRNA Ausdruck Muster mit einer microarray Annäherung zu analysieren.

Die rohen Daten, die von den GeneChip Prüfspitze Reihen festgelegt werden, können mit dem Affymetrix analysiert werden ((Microarray Analyse Suite) Software MAS)4.0 und MAS5.0.

Microarray Analyse Suitesoftware kann, eine Vielzahl zu errechnen, die viele Messen das Verwenden der Hybridationintensität durch den Scanner von den Prüfspitze Reihen maß.

Einige Affymetrix Analyse Algorithmen

Rohe Datenanalyse

Die Intensität von der gesamten Prüfspitze Reihe wird für Hintergrund- und Geräuschberechnungen in der rohen Datenanalyse verwendet.

Andere Metriken vergleichen die Intensität der Reihenfolge-spezifischen vollkommenen Übereinstimmung (P.M.) Prüfspitze Zellen mit ihren Steuernichtübereinstimmung (Millimeter) Prüfspitze Zellen, damit jedes Prüfspitze Set feststellt, wenn eine Abschrift Geschenk (P), begrenztes (M) oder abwesendes (a) ist. Zunächst werden die Zahlen des Positivs und die negativen Prüfspitze Paare für jedes Prüfspitze Set festgestellt. Die Zahlen Positiv und negativen Prüfspitze Sets werden dann verwendet, um Metriken zu berechnen, die die Leistung jedes Prüfspitze Sets, des positiven Bruches und des Pos/Neg Verhältnisses beschreiben. Rohe Datenanalyse ergibt auch Abwesenheit und Anwesenheit Aufrufe, durchschnittlichen Unterschied und Ausdruck Stufen.

Vergleich Analyse

Vergleich Analyse gibt Normalisierung und Skalierung, Falte Änderung Berechnung und Korrelationskoeffizienten.

Funktions-Verhältnisse

Funktions-Verhältnisse können geprüft werden, indem man einige Methoden einschließlich verwendet:

Protein-Ausdruck Analyse

Sehen Sie Proteinausdruck Analyse zu mehr Information über dieses Thema.

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